seq1 = pF1KE9680.tfa, 2421 bp
seq2 = pF1KE9680/gi568815596f_148545018.tfa (gi568815596f:148545018_148886374), 341357 bp

>pF1KE9680 2421
>gi568815596f:148545018_148886374 (Chr2)

1-153  (100001-100153)   100% ->
154-313  (145197-145356)   99% ->
314-459  (198605-198750)   100% ->
460-666  (208910-209116)   100% ->
667-815  (216765-216913)   100% ->
816-948  (217653-217785)   100% ->
949-1140  (219938-220129)   100% ->
1141-1230  (224134-224223)   100% ->
1231-1376  (225775-225920)   100% ->
1377-1720  (226027-226370)   100% ->
1721-1857  (236627-236763)   100% ->
1858-2017  (238580-238739)   100% ->
2018-2351  (239651-239984)   100% ->
2352-2421  (241288-241357)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTAAACTCTCCTTCCGAGCGCGGGCGCTGGACGCCGCCAAGCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGTAAACTCTCCTTCCGAGCGCGGGCGCTGGACGCCGCCAAGCCGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCTATCTACCGCGGCAAGGACATGCCTGATCTCAACGACTGCGTCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCTATCTACCGCGGCAAGGACATGCCTGATCTCAACGACTGCGTCTCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCAACCGGGCCGTGCCCCAGATGCCCACCGGGATGGAGAAGGAGGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCAACCGGGCCGTGCCCCAGATGCCCACCGGGATGGAGAAGGAGGAGGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCG         GAACATCATTTACAGCGAGCAATTTCAGCACAGCAAGT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCGGTA...CAGGAACATCATTTACAGCGAGCAATTTCAGCACAGCAAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTTTAGAGAAAAAAAAGAGAGTATGGTCATTCCTGTTCCTGAGGCAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145235 GTTTAGAGAAAAAAAAGAGAGTATGGTCATTCCTGTTCCTGAGGCAGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCAACGTCAACTATTACAATCGCTTGTACAAAGGAGAGTTCAAACAGCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 145285 GCAACGTCAACTATTACAATCGCTTGTACAAAGGAGAGTTTAAACAGCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAACAGTTCATTCATATTCAGC         CTTTTAATCTAGACAACGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 145335 AAACAGTTCATTCATATTCAGCGTA...TAGCTTTTAATCTAGACAACGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCAACCAGATTATGATATGGATTCAGAAGATGAGACTTTATTAAATAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198624 GCAACCAGATTATGATATGGATTCAGAAGATGAGACTTTATTAAATAGAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTAACAGAAAGATGGAAATTAAGCCTTTGCAATTTGAAATTATGATTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198674 TTAACAGAAAGATGGAAATTAAGCCTTTGCAATTTGAAATTATGATTGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AGACTTGAAAAAGCCAGTTCTAATCAG         CTTGTAACACTTCA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 198724 AGACTTGAAAAAGCCAGTTCTAATCAGGTA...TAGCTTGTAACACTTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGAAGCAAAACTGCTGCTAAACGAAGATGATTACCTTATTAAAGCTGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208924 AGAAGCAAAACTGCTGCTAAACGAAGATGATTACCTTATTAAAGCTGTAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATGACTACTGGGTGAGAAAACGTAAAAACTGCAGGGGGCCATCCCTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208974 ATGACTACTGGGTGAGAAAACGTAAAAACTGCAGGGGGCCATCCCTCATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CCTCAGATAAAACAAGAGAAAAGAGATGGCTCTACCAACAATGACCCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209024 CCTCAGATAAAACAAGAGAAAAGAGATGGCTCTACCAACAATGACCCTTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGTTGCCTTTCGGAGAAGAACAGAGAAAATGCAAACTCGAAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 209074 TGTTGCCTTTCGGAGAAGAACAGAGAAAATGCAAACTCGAAAGGTA...T

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    667   AATCGTAAGAATGATGAAGCCTCTTATGAAAAGATGTTGAAACTGAGA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216763 AGAATCGTAAGAATGATGAAGCCTCTTATGAAAAGATGTTGAAACTGAGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CGAGAATTTAGTAGAGCCATAACAATTTTGGAAATGATTAAGAGAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216813 CGAGAATTTAGTAGAGCCATAACAATTTTGGAAATGATTAAGAGAAGAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GAAAACAAAACGAGAATTATTGCACTTAACCTTAGAAGTTGTGGAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216863 GAAAACAAAACGAGAATTATTGCACTTAACCTTAGAAGTTGTGGAGAAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 G         ATACCATTTGGGAGACTATGGTGGTGAAATCCTTAATGAA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216913 GGTA...AAGATACCATTTGGGAGACTATGGTGGTGAAATCCTTAATGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GTAAAAATCAGTAGATCAGAAAAAGAGTTATATGCCACTCCAGCAACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217693 GTAAAAATCAGTAGATCAGAAAAAGAGTTATATGCCACTCCAGCAACTCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TCATAATGGAAATCATCACAAAGTTCAAGAATGTAAAACTAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 217743 TCATAATGGAAATCATCACAAAGTTCAAGAATGTAAAACTAAGGTG...C

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    949   CACCCTCATCATTTGTCTTTGAAAGAAGAGGCTTCTGATGTGGTTCGT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219936 AGCACCCTCATCATTTGTCTTTGAAAGAAGAGGCTTCTGATGTGGTTCGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CAAAAGAAGAAGTACCCAAAGAAGCCTAAAGCAGAGGCTTTGATAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219986 CAAAAGAAGAAGTACCCAAAGAAGCCTAAAGCAGAGGCTTTGATAACATC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TCAGCAACCCACTCCTGAGACATTGCCTGTGATCAATAAGAGTGACATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220036 TCAGCAACCCACTCCTGAGACATTGCCTGTGATCAATAAGAGTGACATTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 AGCAATATGATTTTCACAGCTCAGATGAAGATGAATTTCCACAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 220086 AGCAATATGATTTTCACAGCTCAGATGAAGATGAATTTCCACAGGTG...

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1141    GTATTGTCCCCAGTATCAGAACCGGAAGAAGAAAATGATCCTGATGG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224131 TAGGTATTGTCCCCAGTATCAGAACCGGAAGAAGAAAATGATCCTGATGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TCCCTGTGCTTTCAGAAGGCGGGCAGGATGCCAGTATTATGCT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 224181 TCCCTGTGCTTTCAGAAGGCGGGCAGGATGCCAGTATTATGCTGTA...C

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1231   CCTCGTTTGGACCAAGCTAACCATTCATGTGAAAATTCAGAATTGGCA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225773 AGCCTCGTTTGGACCAAGCTAACCATTCATGTGAAAATTCAGAATTGGCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GATTTGGATAAGTTGAGGTATAGGCATTGCCTTACAACACTTACAGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225823 GATTTGGATAAGTTGAGGTATAGGCATTGCCTTACAACACTTACAGTCCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 AAGAAGATGTATAGGATTTGCAAGGAGGCGAATTGGCAGAGGTGGAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 225873 AAGAAGATGTATAGGATTTGCAAGGAGGCGAATTGGCAGAGGTGGAAGGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1377        GGTCATAATGGACCGAATATCCACAGAACATGACCCAGTCCTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225923 G...CAGGGTCATAATGGACCGAATATCCACAGAACATGACCCAGTCCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 AAACAGATAGACCCTGAAATGCTGAATAGTTTTTCAAGCTCTTCCCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226070 AAACAGATAGACCCTGAAATGCTGAATAGTTTTTCAAGCTCTTCCCAAAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 TATAGACTTTTCTTCTAATTTCTCTCGGACCAATGCTTCCAGTAAACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226120 TATAGACTTTTCTTCTAATTTCTCTCGGACCAATGCTTCCAGTAAACATT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 GTGAAAATAGACTGTCTCTTTCTGAAATATTAAGCAATATCAGATCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226170 GTGAAAATAGACTGTCTCTTTCTGAAATATTAAGCAATATCAGATCATGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 CGACTACAGTGTTTCCAGCCAAGGCTACTAAATTTACAGGACAGTGATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226220 CGACTACAGTGTTTCCAGCCAAGGCTACTAAATTTACAGGACAGTGATAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 TGAAGAATGTACCTCAAGAAAACCAGGGCAGACTGTGAACAATAAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226270 TGAAGAATGTACCTCAAGAAAACCAGGGCAGACTGTGAACAATAAAAGAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 TTTCTGCAGCATCTGTAGCTTTATTGAACACCAGCAAGAATGGCATATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226320 TTTCTGCAGCATCTGTAGCTTTATTGAACACCAGCAAGAATGGCATATCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 G         TAACAGGGGGTATCACAGAAGAGCAGTTTCAGACACATCA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226370 GGTA...CAGTAACAGGGGGTATCACAGAAGAGCAGTTTCAGACACATCA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 GCAGCAGTTAGTTCAGATGCAAAGGCAGCAACTTGCCCAGCTTCAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 236667 GCAGCAGTTAGTTCAGATGCAAAGGCAGCAACTTGCCCAGCTTCAGCAGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 AACAGCAATCTCAGCATTCCTCGCAACAGACACATCCAAAAGCACAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 236717 AACAGCAATCTCAGCATTCCTCGCAACAGACACATCCAAAAGCACAGGTA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1858       GGCTCAAGCACCTCTGACTGTATGTCTAAAACACTTGACTCAGC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 236767 ...TAGGGCTCAAGCACCTCTGACTGTATGTCTAAAACACTTGACTCAGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 CAGCGCCCACTTTGCTGCATCTGCAGTGGTCAGTGCACCTGTTCCAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238624 CAGCGCCCACTTTGCTGCATCTGCAGTGGTCAGTGCACCTGTTCCAAGTC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 GCAGTGAGGTAGCCAAGGAACAGAACACTGGCCACAACAACATAAACGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238674 GCAGTGAGGTAGCCAAGGAACAGAACACTGGCCACAACAACATAAACGGT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2002 GTTGTCCAGCCTTCAG         GAACCTCTAAAACATTATACTCCAC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 238724 GTTGTCCAGCCTTCAGGTA...CAGGAACCTCTAAAACATTATACTCCAC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 CAATATGGCTTTATCATCCAGCCCAGGGATTTCAGCTGTACAGCTTGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239676 CAATATGGCTTTATCATCCAGCCCAGGGATTTCAGCTGTACAGCTTGTAA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2093 GGACAGTTGGCCACACCACTACAAACCACTTAATCCCAGCATTGTGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239726 GGACAGTTGGCCACACCACTACAAACCACTTAATCCCAGCATTGTGCACA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2143 AGCAGTCCTCAGACACTTCCCATGAACAATTCCTGCCTGACAAATGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239776 AGCAGTCCTCAGACACTTCCCATGAACAATTCCTGCCTGACAAATGCAGT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2193 GCACCTCAATAATGTCAGTGTTGTTTCTCCAGTCAATGTGCATATCAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239826 GCACCTCAATAATGTCAGTGTTGTTTCTCCAGTCAATGTGCATATCAATA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2243 CACGGACTTCAGCACCATCGCCAACAGCCTTAAAACTTGCCACAGTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239876 CACGGACTTCAGCACCATCGCCAACAGCCTTAAAACTTGCCACAGTTGCT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2293 GCCAGTATGGACAGAGTGCCAAAGGTTACTCCCAGCAGTGCCATCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239926 GCCAGTATGGACAGAGTGCCAAAGGTTACTCCCAGCAGTGCCATCAGCAG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2343 CATAGCAAG         AGAGAACCACGAACCAGAAAGATTGGGCTTAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 239976 CATAGCAAGGTG...TAGAGAGAACCACGAACCAGAAAGATTGGGCTTAA

   2500     .    :    .    :    .    :    .
   2384 ATGGAATAGCAGAGACAACAGTAGCTATGGAAGTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 241320 ATGGAATAGCAGAGACAACAGTAGCTATGGAAGTGACA