seq1 = pF1KE9663.tfa, 1116 bp
seq2 = pF1KE9663/gi568815593r_135234979.tfa (gi568815593r:135234979_135489093), 254115 bp

>pF1KE9663 1116
>gi568815593r:135234979_135489093 (Chr5)

(complement)

1-172  (100001-100172)   100% ->
173-279  (118952-119058)   100% ->
280-477  (119491-119688)   100% ->
478-588  (128487-128597)   100% ->
589-688  (136049-136148)   100% ->
689-778  (143037-143126)   100% ->
779-953  (145660-145834)   99% ->
954-1116  (153953-154115)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGAGCCGCGGTGGGAAGAAGAAGTCCACCAAGACGTCCAGGTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGAGCCGCGGTGGGAAGAAGAAGTCCACCAAGACGTCCAGGTCTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAAGCAGGAGTCATCTTTCCCGTGGGGCGGATGCTGCGGTACATCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAAAGCAGGAGTCATCTTTCCCGTGGGGCGGATGCTGCGGTACATCAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGGCCACCCCAAGTACAGGATTGGAGTGGGGGCACCCGTGTACATGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAGGCCACCCCAAGTACAGGATTGGAGTGGGGGCACCCGTGTACATGGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCGTCCTGGAATACCTGACAG         CGGAGATTCTGGAGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100151 GCCGTCCTGGAATACCTGACAGGTG...CAGCGGAGATTCTGGAGCTGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGGCAATGCAGCGAGAGACAACAAGAAGGGACGGGTCACACCCCGGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118971 TGGCAATGCAGCGAGAGACAACAAGAAGGGACGGGTCACACCCCGGCACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCCTGCTGGCTGTGGCCAATGATGAAGAGCTGAATCAG         CTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 119021 TCCTGCTGGCTGTGGCCAATGATGAAGAGCTGAATCAGGTA...AAGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTAAAAGGAGTCACCATAGCCAGTGGGGGTGTGTTACCCAACATCCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119494 CTAAAAGGAGTCACCATAGCCAGTGGGGGTGTGTTACCCAACATCCACCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CGAGTTGCTAGCGAAGAAGCGGGGATCCAAAGGAAAGTTGGAAGCCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119544 CGAGTTGCTAGCGAAGAAGCGGGGATCCAAAGGAAAGTTGGAAGCCATCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCACACCACCCCCAGCCAAAAAGGCCAAGTCTCCATCCCAGAAGAAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119594 TCACACCACCCCCAGCCAAAAAGGCCAAGTCTCCATCCCAGAAGAAGCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTATCTAAAAAAGCAGGAGGCAAGAAAGGGGCCCGGAAATCCAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 119644 GTATCTAAAAAAGCAGGAGGCAAGAAAGGGGCCCGGAAATCCAAGGTA..

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    478     AAGAAGCAGGGTGAAGTCAGTAAGGCAGCCAGCGCCGACAGCACAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119694 .AAGAAGAAGCAGGGTGAAGTCAGTAAGGCAGCCAGCGCCGACAGCACAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCGAGGGCACACCTGCCGACGGCTTCACAGTCCTCTCCACCAAGAGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128533 CCGAGGGCACACCTGCCGACGGCTTCACAGTCCTCTCCACCAAGAGCCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TTCCTTGGCCAGAAG         CTGAACCTTATTCACAGTGAAATCAG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 128583 TTCCTTGGCCAGAAGGTA...CAGCTGAACCTTATTCACAGTGAAATCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TAATTTAGCCGGCTTTGAGGTGGAGGCCATAATCAATCCTACCAATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136075 TAATTTAGCCGGCTTTGAGGTGGAGGCCATAATCAATCCTACCAATGCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACATTGACCTTAAAGATGACCTAG         GAAACACGCTGGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 136125 ACATTGACCTTAAAGATGACCTAGGTA...TAGGAAACACGCTGGAGAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AAAGGTGGCAAGGAGTTTGTGGAAGCTGTCCTGGAACTCCGGAAAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143054 AAAGGTGGCAAGGAGTTTGTGGAAGCTGTCCTGGAACTCCGGAAAAAGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CGGGCCCTTGGAAGTAGCTGGAG         CTGCTGTCAGCGCAGGCC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 143104 CGGGCCCTTGGAAGTAGCTGGAGGTG...TAGCTGCTGTCAGCGCAGGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ATGGCCTGCCTGCCAAGTTTGTGATCCACTGTAATAGTCCAGTTTGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145678 ATGGCCTGCCTGCCAAGTTTGTGATCCACTGTAATAGTCCAGTTTGGGGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCAGACAAGTGTGAAGAACTTCTGGGAAAGACAGTGAAAAACTGCTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 145728 GCAGACAAGTGTGAAGAACTTCTGGAAAAGACAGTGAAAAACTGCTTGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CCTGGCTGATGATAAGAAGCTGAAATCCATTGCATTTCCATCCATCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145778 CCTGGCTGATGATAAGAAGCTGAAATCCATTGCATTTCCATCCATCGGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GCGGCAG         GAACGGTTTTCCAAAGCAGACAGCAGCTCAGCTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145828 GCGGCAGGTA...CAGGAACGGTTTTCCAAAGCAGACAGCAGCTCAGCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ATTCTGAAGGCCATCTCCAGTTACTTCGTGTCTACAATGTCCTCTTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153987 ATTCTGAAGGCCATCTCCAGTTACTTCGTGTCTACAATGTCCTCTTCCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CAAAACGGTGTACTTCGTGCTTTTTGACAGCGAGAGTATAGGCATCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154037 CAAAACGGTGTACTTCGTGCTTTTTGACAGCGAGAGTATAGGCATCTATG

   1150     .    :    .    :    .
   1088 TGCAGGAAATGGCCAAGCTGGACGCCAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||
 154087 TGCAGGAAATGGCCAAGCTGGACGCCAAC