seq1 = pF1KE9660.tfa, 741 bp
seq2 = pF1KE9660/gi568815593f_69089635.tfa (gi568815593f:69089635_69309796), 220162 bp

>pF1KE9660 741
>gi568815593f:69089635_69309796 (Chr5)

1-134  (100001-100134)   100% ->
135-190  (102161-102216)   100% ->
191-239  (105013-105061)   100% ->
240-314  (106083-106157)   100% ->
315-371  (107419-107475)   100% ->
372-435  (112872-112935)   100% ->
436-487  (113285-113336)   100% ->
488-651  (118562-118725)   100% ->
652-741  (120073-120162)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGAGCAGCCCCAGATGCAAGACGCCGACGAGCCCGCGGACTCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGAGCAGCCCCAGATGCAAGACGCCGACGAGCCCGCGGACTCCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGGGAAGGCCGGGCAGGCGGGCCACCGCAGGTCGCCGGCGCCCAGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGGGAAGGCCGGGCAGGCGGGCCACCGCAGGTCGCCGGCGCCCAGGCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGTGCAGCGAGGACCGCATGACCCTGCTCCTCAG         GCTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100101 CGTGCAGCGAGGACCGCATGACCCTGCTCCTCAGGTT...CAGGCTGAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCACAGACAAAACAACAACTCTTAGAATATAAATCAATGGTTGATGCAA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 102168 GCACAGACAAAACAACAACTCTTAGAATATAAATCAATGGTTGATGCAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    191         GTGAAGAAAAAACTCCAGAACAAATTATGCAAGAAAAGCAAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102218 TA...CAGGTGAAGAAAAAACTCCAGAACAAATTATGCAAGAAAAGCAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCGAAGC         TAAAATTGAAGACCTGGAAAATGAAATTGAAGAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105055 TCGAAGCGTA...TAGTAAAATTGAAGACCTGGAAAATGAAATTGAAGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GTAAAAGTTGCTTTTGAGATAAAAAAGCTTGCATTAGACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 106117 GTAAAAGTTGCTTTTGAGATAAAAAAGCTTGCATTAGACAGGTA...TAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GATGAGACTTTCAACTGCACTTAAAAAAAACCTGGAGAAAATTAGCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107419 GATGAGACTTTCAACTGCACTTAAAAAAAACCTGGAGAAAATTAGCAGAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AGTCTAG         TGTGCTCATGGATAACATGAAACACCTATTAGAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107469 AGTCTAGGTA...CAGTGTGCTCATGGATAACATGAAACACCTATTAGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 CTAAATAAATTAATAATGAAATCACAGCAG         GAATCTTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 112906 CTAAATAAATTAATAATGAAATCACAGCAGGTA...CAGGAATCTTGGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 TTTAGAGGAAAAACTGCTTGATATTAGAAAGAAGAGATTGC         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 113296 TTTAGAGGAAAAACTGCTTGATATTAGAAAGAAGAGATTGCGTA...CAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    488 AATTAAAACAAGCTTCAGAAAGTAAGCTTTTAGAAATACAGACTGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118562 AATTAAAACAAGCTTCAGAAAGTAAGCTTTTAGAAATACAGACTGAAAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 AACAAACAGAAGATTGATTTGGACAGTATGGAAAACTCAGAGAGGATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118612 AACAAACAGAAGATTGATTTGGACAGTATGGAAAACTCAGAGAGGATAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 GATCATACGACAAAACCTACAGATGGAGATAAAAATTACTACTGTTATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118662 GATCATACGACAAAACCTACAGATGGAGATAAAAATTACTACTGTTATTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 AACATGTGTTCCAG         AACCTTATTTTGGGGAGTAAAGTCAAT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 118712 AACATGTGTTCCAGGTA...CAGAACCTTATTTTGGGGAGTAAAGTCAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 TGGGCAGAGGATCCTGCCCTTAAGGAAATTGTTCTGCAGCTTGAGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120100 TGGGCAGAGGATCCTGCCCTTAAGGAAATTGTTCTGCAGCTTGAGAAGAA

    800     .    :
    729 TGTTGACATGATG
        |||||||||||||
 120150 TGTTGACATGATG