seq1 = pF1KE9658.tfa, 633 bp
seq2 = pF1KE9658/gi568815597r_11574778.tfa (gi568815597r:11574778_11780601), 205824 bp

>pF1KE9658 633
>gi568815597r:11574778_11780601 (Chr1)

(complement)

1-40  (100001-100040)   100% ->
41-159  (100131-100249)   100% ->
160-231  (102988-103059)   100% ->
232-332  (103654-103754)   100% ->
333-427  (104462-104556)   100% ->
428-501  (104871-104944)   100% ->
502-594  (105428-105520)   100% ->
595-633  (105786-105824)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCACGCTCACACGACAAGACCTCAACTTTGGCCAAG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100001 ATGACCACGCTCACACGACAAGACCTCAACTTTGGCCAAGGTA...CAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GGTGGCCGATGTGCTCTGCGAGTTCCTGGAGGTGGCTGTGCATCTCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100132 GGTGGCCGATGTGCTCTGCGAGTTCCTGGAGGTGGCTGTGCATCTCATCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCTACGTGCGCGAGGTCTACCCCGTGGGCATCTTCCAGAAACGCAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100182 TCTACGTGCGCGAGGTCTACCCCGTGGGCATCTTCCAGAAACGCAAGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TACAACGTGCCGGTCCAG         ATGTCCTGCCACCCGGAGCTGAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100232 TACAACGTGCCGGTCCAGGTG...CAGATGTCCTGCCACCCGGAGCTGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TCAGTATATCCAGGACACGCTGCACTGCGTCAAGCCACTCCTGGAGAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 103011 TCAGTATATCCAGGACACGCTGCACTGCGTCAAGCCACTCCTGGAGAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    232         AATGATGTGGAGAAAGTGGTGGTGGTGATTTTGGATAAAGAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103061 TG...CAGAATGATGTGGAGAAAGTGGTGGTGGTGATTTTGGATAAAGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CACCGCCCAGTGGAGAAATTCGTCTTTGAGATCACCCAGCCTCCACTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103696 CACCGCCCAGTGGAGAAATTCGTCTTTGAGATCACCCAGCCTCCACTGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GTCCATCAG         CTCAGACTCGCTGTTGTCTCATGTGGAGCAGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 103746 GTCCATCAGGTG...CAGCTCAGACTCGCTGTTGTCTCATGTGGAGCAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TGCTCCGGGCCTTCATCCTGAAGATCAGCGTGTGCGATGCCGTCCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104494 TGCTCCGGGCCTTCATCCTGAAGATCAGCGTGTGCGATGCCGTCCTGGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CACAACCCCCCAG         GCTGTACCTTCACAGTCCTGGTGCACAC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 104544 CACAACCCCCCAGGTG...CAGGCTGTACCTTCACAGTCCTGGTGCACAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GAGAGAAGCCGCCACTCGCAACATGGAGAAGATCCAGGTCATCAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 104899 GAGAGAAGCCGCCACTCGCAACATGGAGAAGATCCAGGTCATCAAGGTG.

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    502      GATTTCCCCTGGATCCTGGCGGATGAGCAGGATGTCCACATGCAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104949 ..TAGGATTTCCCCTGGATCCTGGCGGATGAGCAGGATGTCCACATGCAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GACCCCCGGCTGATACCACTAAAAACCATGACGTCGGACATTTTAAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 105473 GACCCCCGGCTGATACCACTAAAAACCATGACGTCGGACATTTTAAAGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    595        ATGCAGCTTTACGTGGAAGAGCGCGCTCATAAAGGCAGC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105523 G...CAGATGCAGCTTTACGTGGAAGAGCGCGCTCATAAAGGCAGC