seq1 = pF1KE9656.tfa, 492 bp
seq2 = pF1KE9656/gi568815587r_65620045.tfa (gi568815587r:65620045_65820758), 200714 bp

>pF1KE9656 492
>gi568815587r:65620045_65820758 (Chr11)

(complement)

1-172  (100001-100172)   100% ->
173-348  (100342-100517)   100% ->
349-468  (100595-100714)   100% ->
469-492  (100950-100973)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGAGCGGCGACGAAGCGGCCATCGAGAGGCACCGCGTCCACTTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGAGCGGCGACGAAGCGGCCATCGAGAGGCACCGCGTCCACTTGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCCGCCACATTGCGCGACGCCGTACCCGCCACACTGCATCTGCTGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCCGCCACATTGCGCGACGCCGTACCCGCCACACTGCATCTGCTGCCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGAGGTTGCGGTGGACGGGCCCGCCCCGGTGGGGCGCTTCTTCACGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCGAGGTTGCGGTGGACGGGCCCGCCCCGGTGGGGCGCTTCTTCACGCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCATCCGCCAGGGCCCCGAGG         GACTCGAAGTGTCGTTTCG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100151 GCCATCCGCCAGGGCCCCGAGGGTG...CAGGACTCGAAGTGTCGTTTCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGGCCGCTGTCTACGGGGAGAGGAGGTGGCGGTGCCGCCTGGCCTCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100361 GGGCCGCTGTCTACGGGGAGAGGAGGTGGCGGTGCCGCCTGGCCTCGTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GATACGTGATGGTGACAGAAGAGAAGAAGGTGTCGATGGGGAAGCCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100411 GATACGTGATGGTGACAGAAGAGAAGAAGGTGTCGATGGGGAAGCCAGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CCCTTGCGGGATTCCGGGACTGACGACCAAGAGGAGGAGCCGCTGGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100461 CCCTTGCGGGATTCCGGGACTGACGACCAAGAGGAGGAGCCGCTGGAGCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGACTTC         GACCGCTTCATTGGAGCCACTGCCAACTTCAGCC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100511 GGACTTCGTG...CAGGACCGCTTCATTGGAGCCACTGCCAACTTCAGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCTTCACCCTGTGGGGTCTGGAGACCATCCCTGGCCCGGATGCCAAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100629 GCTTCACCCTGTGGGGTCTGGAGACCATCCCTGGCCCGGATGCCAAAGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CGTGGGGCCTTAACTTGGCCCAGCCTTGCGGCAGCG         ATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100679 CGTGGGGCCTTAACTTGGCCCAGCCTTGCGGCAGCGGTG...CAGATTCA

    500     .    :    .
    474 CGCACAGGTGCCCGAGGAC
        |||||||||||||||||||
 100955 CGCACAGGTGCCCGAGGAC