seq1 = pF1KE9630.tfa, 3255 bp
seq2 = pF1KE9630/gi568815596r_110537967.tfa (gi568815596r:110537967_110774365), 236399 bp

>pF1KE9630 3255
>gi568815596r:110537967_110774365 (Chr2)

(complement)

1-26  (96371-96396)   100% ->
27-86  (100001-100060)   100% ->
87-225  (100142-100280)   100% ->
226-422  (101509-101705)   100% ->
423-466  (103798-103841)   100% ->
467-567  (104813-104913)   100% ->
568-620  (106517-106569)   100% ->
621-805  (106661-106845)   100% ->
806-957  (107952-108103)   100% ->
958-1217  (112525-112784)   100% ->
1218-1276  (114330-114388)   100% ->
1277-1405  (115624-115752)   100% ->
1406-1516  (115846-115956)   100% ->
1517-1616  (116721-116820)   100% ->
1617-1698  (117249-117330)   100% ->
1699-1876  (118450-118627)   100% ->
1877-1964  (120843-120930)   100% ->
1965-2203  (123582-123820)   100% ->
2204-2347  (124989-125132)   100% ->
2348-2463  (132132-132247)   100% ->
2464-2625  (132563-132724)   100% ->
2626-2783  (132902-133059)   100% ->
2784-2955  (133161-133332)   100% ->
2956-3062  (134518-134624)   100% ->
3063-3255  (136207-136399)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACACCCCGGAAAATGTCCTTCA         GATGCTTGAAGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
  96371 ATGGACACCCCGGAAAATGTCCTTCAGTA...TAGGATGCTTGAAGCCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CATGCAGAGCTACAAGGGCAATGACCCTCTTGGTGAATGGGAAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100016 CATGCAGAGCTACAAGGGCAATGACCCTCTTGGTGAATGGGAAAGGTC..

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     87     ATACATACAGTGGGTAGAAGAGAATTTTCCTGAGAATAAAGAATAC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100066 .TAGATACATACAGTGGGTAGAAGAGAATTTTCCTGAGAATAAAGAATAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TTGATAACTTTACTAGAACATTTAATGAAGGAATTTTTAGATAAGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100188 TTGATAACTTTACTAGAACATTTAATGAAGGAATTTTTAGATAAGAAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ATACCACAATGACCCAAGATTCATCAGTTATTGTTTAAAATTT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100238 ATACCACAATGACCCAAGATTCATCAGTTATTGTTTAAAATTTGTA...T

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    226   GCTGAGTACAACAGTGACCTCCATCAATTTTTTGAGTTTCTGTACAAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101507 AGGCTGAGTACAACAGTGACCTCCATCAATTTTTTGAGTTTCTGTACAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CATGGGATTGGAACCCTGTCATCCCCTCTGTACATTGCCTGGGCGGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101557 CATGGGATTGGAACCCTGTCATCCCCTCTGTACATTGCCTGGGCGGGGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TCTGGAAGCCCAAGGAGAGCTGCAGCATGCCAGTGCTGTCCTTCAGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101607 TCTGGAAGCCCAAGGAGAGCTGCAGCATGCCAGTGCTGTCCTTCAGAGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GAATTCAAAACCAGGCTGAACCCAGAGAGTTCCTGCAACAACAATACAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 101657 GAATTCAAAACCAGGCTGAACCCAGAGAGTTCCTGCAACAACAATACAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    423         GTTATTTCAGACACGCCTCACTGAAACCCATTTGCCAGCTCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101707 TA...TAGGTTATTTCAGACACGCCTCACTGAAACCCATTTGCCAGCTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AG         CTAGAACCTCAGAACCTCTGCATAATGTTCAGGTTTTAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103840 AGGTA...TAGCTAGAACCTCAGAACCTCTGCATAATGTTCAGGTTTTAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ATCAAATGATAACATCAAAATCAAATCCAGGAAATAACATGGCCTGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104852 ATCAAATGATAACATCAAAATCAAATCCAGGAAATAACATGGCCTGCATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TCTAAGAATCAG         GGTTCAGAGCTTTCTGGAGTGATATCTTC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 104902 TCTAAGAATCAGGTA...TAGGGTTCAGAGCTTTCTGGAGTGATATCTTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AGCTTGTGATAAAGAGTCAAATAT         GGAACGAAGAGTGATCA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 106546 AGCTTGTGATAAAGAGTCAAATATGCA...TAGGGAACGAAGAGTGATCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 CGATTTCTAAATCAGAATATTCTGTGCACTCATCTTTGGCATCCAAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106678 CGATTTCTAAATCAGAATATTCTGTGCACTCATCTTTGGCATCCAAAGTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GATGTTGAGCAGGTTGTTATGTATTGCAAGGAGAAGCTTATTCGTGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106728 GATGTTGAGCAGGTTGTTATGTATTGCAAGGAGAAGCTTATTCGTGGGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 ATCAGAATTTTCCTTTGAAGAATTGAGAGCCCAGAAATACAATCAACGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106778 ATCAGAATTTTCCTTTGAAGAATTGAGAGCCCAGAAATACAATCAACGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GAAAGCATGAGCAATGGG         TAAATGAAGACAGACATTATATG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 106828 GAAAGCATGAGCAATGGGGTA...AAGTAAATGAAGACAGACATTATATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AAAAGGAAAGAAGCAAATGCTTTTGAAGAACAGCTATTAAAACAGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107975 AAAAGGAAAGAAGCAAATGCTTTTGAAGAACAGCTATTAAAACAGAAAAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GGATGAACTTCATAAGAAGTTGCATCAGGTGGTGGAGACATCCCATGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108025 GGATGAACTTCATAAGAAGTTGCATCAGGTGGTGGAGACATCCCATGAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ATCTGCCCGCTTCCCAGGAAAGGTCCGAG         GTTAATCCAGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 108075 ATCTGCCCGCTTCCCAGGAAAGGTCCGAGGTA...AAGGTTAATCCAGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CGTATGGGGCCAAGTGTAGGCTCCCAGCAGGAACTGAGAGCGCCATGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112537 CGTATGGGGCCAAGTGTAGGCTCCCAGCAGGAACTGAGAGCGCCATGTCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TCCAGTAACCTATCAGCAGACACCAGTGAACATGGAAAAGAACCCAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112587 TCCAGTAACCTATCAGCAGACACCAGTGAACATGGAAAAGAACCCAAGAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AGGCACCTCCTGTTGTTCCTCCTTTGGCAAATGCTATTTCTGCAGCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112637 AGGCACCTCCTGTTGTTCCTCCTTTGGCAAATGCTATTTCTGCAGCTTTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GTGTCCCCAGCCACCAGCCAGAGCATTGCTCCTCCTGTTCCTTTGAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112687 GTGTCCCCAGCCACCAGCCAGAGCATTGCTCCTCCTGTTCCTTTGAAAGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CCAGACAGTAACAGACTCCATGTTTGCAGTGGCCAGCAAAGATGCTGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 112737 CCAGACAGTAACAGACTCCATGTTTGCAGTGGCCAGCAAAGATGCTGGGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1218        ATGTGTGAATAAGAGTACTCATGAATTCAAGCCACAGAGTGGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112787 A...CAGATGTGTGAATAAGAGTACTCATGAATTCAAGCCACAGAGTGGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GCAGAGATCAAAGAAG         GGTGTGAAACACATAAGGTTGCCAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 114373 GCAGAGATCAAAGAAGGTA...TAGGGTGTGAAACACATAAGGTTGCCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CACAAGTTCTTTTCACACAACTCCAAACACATCACTGGGAATGGTTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115649 CACAAGTTCTTTTCACACAACTCCAAACACATCACTGGGAATGGTTCAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 CAACGCCATCCAAAGTGCAGCCATCACCCACCGTGCACACAAAAGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115699 CAACGCCATCCAAAGTGCAGCCATCACCCACCGTGCACACAAAAGAAGCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 TTAG         GTTTCATCATGAATATGTTTCAGGCTCCTACACTTCC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115749 TTAGGTA...AAGGTTTCATCATGAATATGTTTCAGGCTCCTACACTTCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 TGATATTTCTGATGACAAAGATGAATGGCAATCTCTAGATCAAAATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115883 TGATATTTCTGATGACAAAGATGAATGGCAATCTCTAGATCAAAATGAAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 ATGCATTTGAAGCCCAGTTTCAAA         AAAATGTAAGGTCATCT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 115933 ATGCATTTGAAGCCCAGTTTCAAAGTA...CAGAAAATGTAAGGTCATCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 GGGGCTTGGGGAGTCAATAAGATCATCTCTTCTTTGTCATCTGCTTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116738 GGGGCTTGGGGAGTCAATAAGATCATCTCTTCTTTGTCATCTGCTTTTCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 TGTGTTTGAAGATGGAAACAAAGAAAATTATGG         ATTACCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 116788 TGTGTTTGAAGATGGAAACAAAGAAAATTATGGGTA...TAGATTACCAC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 AGCCTAAAAATAAACCCACAGGAGCCAGGACCTTTGGAGAACGCTCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117257 AGCCTAAAAATAAACCCACAGGAGCCAGGACCTTTGGAGAACGCTCTGTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 AGCAGACTTCCTTCAAAACCAAAG         GAGGAAGTGCCTCATGC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 117307 AGCAGACTTCCTTCAAAACCAAAGGTA...TAGGAGGAAGTGCCTCATGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 TGAAGAGTTTTTGGATGACTCAACTGTATGGGGTATTCGCTGCAACAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118467 TGAAGAGTTTTTGGATGACTCAACTGTATGGGGTATTCGCTGCAACAAAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 CCCTGGCACCCAGTCCTAAGAGCCCAGGAGACTTCACATCTGCTGCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118517 CCCTGGCACCCAGTCCTAAGAGCCCAGGAGACTTCACATCTGCTGCACAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 CTTGCGTCTACACCATTCCACAAGCTTCCAGTGGAGTCAGTGCACATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118567 CTTGCGTCTACACCATTCCACAAGCTTCCAGTGGAGTCAGTGCACATTTT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 AGAAGATAAAG         AAAATGTGGTAGCAAAACAGTGTACCCAGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 118617 AGAAGATAAAGGTG...CAGAAAATGTGGTAGCAAAACAGTGTACCCAGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1907 CGACTTTGGATTCTTGTGAGGAAAACATGGTGGTGCCTTCAAGGGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120873 CGACTTTGGATTCTTGTGAGGAAAACATGGTGGTGCCTTCAAGGGATGGA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 AAATTCAG         TCCAATTCAAGAGAAAAGCCCAAAACAGGCCTT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 120923 AAATTCAGGTA...CAGTCCAATTCAAGAGAAAAGCCCAAAACAGGCCTT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1998 GTCGTCTCACATGTATTCAGCATCCTTACTTCGTCTGAGCCAGCCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123615 GTCGTCTCACATGTATTCAGCATCCTTACTTCGTCTGAGCCAGCCTGCTG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2048 CAGGTGGGGTACTTACCTGTGAGGCAGAGTTGGGCGTTGAGGCTTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123665 CAGGTGGGGTACTTACCTGTGAGGCAGAGTTGGGCGTTGAGGCTTGCAGA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2098 CTCACAGACACTGACGCTGCCATTGCAGAAGATCCACCAGATGCTATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123715 CTCACAGACACTGACGCTGCCATTGCAGAAGATCCACCAGATGCTATTGC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2148 TGGGCTCCAAGCAGAATGGATGCAGATGAGTTCACTTGGGACTGTTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123765 TGGGCTCCAAGCAGAATGGATGCAGATGAGTTCACTTGGGACTGTTGATG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2198 CTCCAA         ACTTCATTGTTGGGAACCCATGGGATGATAAGCTG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123815 CTCCAAGTA...AAGACTTCATTGTTGGGAACCCATGGGATGATAAGCTG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2239 ATTTTCAAACTTTTATCTGGGCTTTCTAAACCAGTGAGTTCCTATCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125024 ATTTTCAAACTTTTATCTGGGCTTTCTAAACCAGTGAGTTCCTATCCAAA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2289 TACTTTTGAATGGCAATGTAAACTTCCAGCCATCAAGCCCAAGACTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125074 TACTTTTGAATGGCAATGTAAACTTCCAGCCATCAAGCCCAAGACTGAAT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2339 TTCAATTGG         GTTCTAAGCTGGTCTATGTCCATCACCTTCTT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 125124 TTCAATTGGGTA...AAGGTTCTAAGCTGGTCTATGTCCATCACCTTCTT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2380 GGAGAAGGAGCCTTTGCCCAGGTGTACGAAGCTACCCAGGGAGATCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132164 GGAGAAGGAGCCTTTGCCCAGGTGTACGAAGCTACCCAGGGAGATCTGAA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2430 TGATGCTAAAAATAAACAGAAATTTGTTTTAAAG         GTCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 132214 TGATGCTAAAAATAAACAGAAATTTGTTTTAAAGGTA...CAGGTCCAAA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2471 AGCCTGCCAACCCCTGGGAATTCTACATTGGGACCCAGTTGATGGAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132570 AGCCTGCCAACCCCTGGGAATTCTACATTGGGACCCAGTTGATGGAAAGA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2521 CTAAAGCCATCTATGCAGCACATGTTTATGAAGTTCTATTCTGCCCACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132620 CTAAAGCCATCTATGCAGCACATGTTTATGAAGTTCTATTCTGCCCACTT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2571 ATTCCAGAATGGCAGTGTATTAGTAGGAGAGCTCTACAGCTATGGAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132670 ATTCCAGAATGGCAGTGTATTAGTAGGAGAGCTCTACAGCTATGGAACAT

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2621 TATTA         AATGCCATTAACCTCTATAAAAATACCCCTGAAAAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132720 TATTAGTA...TAGAATGCCATTAACCTCTATAAAAATACCCCTGAAAAA

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2662 GTGATGCCTCAAGGTCTTGTCATCTCTTTTGCTATGAGAATGCTTTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132938 GTGATGCCTCAAGGTCTTGTCATCTCTTTTGCTATGAGAATGCTTTACAT

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2712 GATTGAGCAAGTGCATGACTGTGAAATCATTCATGGAGACATTAAACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132988 GATTGAGCAAGTGCATGACTGTGAAATCATTCATGGAGACATTAAACCAG

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2762 ACAATTTCATACTTGGAAACGG         ATTTTTGGAACAGGATGAT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 133038 ACAATTTCATACTTGGAAACGGGCA...TAGATTTTTGGAACAGGATGAT

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2803 GAAGATGATTTATCTGCTGGCTTGGCACTGATTGACCTGGGTCAGAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133180 GAAGATGATTTATCTGCTGGCTTGGCACTGATTGACCTGGGTCAGAGTAT

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2853 AGATATGAAACTTTTTCCAAAAGGAACTATATTCACAGCAAAGTGTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133230 AGATATGAAACTTTTTCCAAAAGGAACTATATTCACAGCAAAGTGTGAAA

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2903 CATCTGGTTTTCAGTGTGTTGAGATGCTCAGCAACAAACCATGGAACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133280 CATCTGGTTTTCAGTGTGTTGAGATGCTCAGCAACAAACCATGGAACTAC

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2953 CAG         ATCGATTACTTTGGGGTTGCTGCAACAGTATATTGCAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133330 CAGGTA...TAGATCGATTACTTTGGGGTTGCTGCAACAGTATATTGCAT

   3200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2994 GCTCTTTGGCACTTACATGAAAGTGAAAAATGAAGGAGGAGAGTGTAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134556 GCTCTTTGGCACTTACATGAAAGTGAAAAATGAAGGAGGAGAGTGTAAGC

   3250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3044 CTGAAGGTCTTTTTAGAAG         GCTTCCTCATTTGGATATGTGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 134606 CTGAAGGTCTTTTTAGAAGGTG...CAGGCTTCCTCATTTGGATATGTGG

   3300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3085 AATGAATTTTTTCATGTTATGTTGAATATTCCAGATTGTCATCATCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136229 AATGAATTTTTTCATGTTATGTTGAATATTCCAGATTGTCATCATCTTCC

   3350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3135 ATCTTTGGATTTGTTAAGGCAAAAGCTGAAGAAAGTATTTCAACAACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136279 ATCTTTGGATTTGTTAAGGCAAAAGCTGAAGAAAGTATTTCAACAACACT

   3400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3185 ATACTAACAAGATTAGGGCCCTACGTAATAGGCTAATTGTACTGCTCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136329 ATACTAACAAGATTAGGGCCCTACGTAATAGGCTAATTGTACTGCTCTTA

   3450     .    :    .    :
   3235 GAATGTAAGCGTTCACGAAAA
        |||||||||||||||||||||
 136379 GAATGTAAGCGTTCACGAAAA