seq1 = pF1KE9629.tfa, 3003 bp
seq2 = pF1KE9629/gi568815581r_18174805.tfa (gi568815581r:18174805_18414778), 239974 bp

>pF1KE9629 3003
>gi568815581r:18174805_18414778 (Chr17)

(complement)

1-180  (100001-100180)   100% ->
181-240  (105838-105897)   100% ->
241-314  (106355-106428)   100% ->
315-390  (107813-107888)   100% ->
391-499  (109559-109667)   100% ->
500-643  (112056-112199)   100% ->
644-814  (112345-112515)   100% ->
815-915  (112794-112894)   100% ->
916-990  (115146-115220)   100% ->
991-1073  (119994-120076)   100% ->
1074-1281  (121927-122134)   100% ->
1282-1467  (123752-123937)   100% ->
1468-1597  (124093-124222)   100% ->
1598-1711  (129259-129372)   100% ->
1712-1877  (129472-129637)   100% ->
1878-2021  (131938-132081)   100% ->
2022-2144  (134121-134243)   100% ->
2145-2827  (136422-137104)   100% ->
2828-3003  (139799-139974)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATCTTTCCTGTCGCCCGCTACGCGCTCCGGTGGCTGCGACGGCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATCTTTCCTGTCGCCCGCTACGCGCTCCGGTGGCTGCGACGGCCCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGACCGTGCCTTTTCCCGCGCCGCCATGGAGATGGCCCTCCGAGGCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGACCGTGCCTTTTCCCGCGCCGCCATGGAGATGGCCCTCCGAGGCGTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGAAAGTCCTCTGTGTGGCCGAAAAAAACGACGCGGCCAAGGGGATCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGAAAGTCCTCTGTGTGGCCGAAAAAAACGACGCGGCCAAGGGGATCGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GACCTGCTGTCAAACGGTCGCATGAGGCGG         AGAGAAGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100151 GACCTGCTGTCAAACGGTCGCATGAGGCGGGTA...TAGAGAGAAGGACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTCAAAATTCAACAAGATCTATGAATTTGATTATCATCTGTATGGCCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 105849 TTCAAAATTCAACAAGATCTATGAATTTGATTATCATCTGTATGGCCAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    241         AATGTTACCATGGTAATGACTTCAGTTTCTGGACATTTACTG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105899 TA...CAGAATGTTACCATGGTAATGACTTCAGTTTCTGGACATTTACTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCTCATGATTTCCAGATGCAGTTTCGAAAATG         GCAGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 106397 GCTCATGATTTCCAGATGCAGTTTCGAAAATGGTC...TAGGCAGAGCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAACCCTCTTGTCCTCTTTGAAGCAGAAATTGAAAAGTACTGCCCAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107822 CAACCCTCTTGTCCTCTTTGAAGCAGAAATTGAAAAGTACTGCCCAGAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATTTTGTAGACATCAAG         AAAACTTTGGAACGAGAGACTCGC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 107872 ATTTTGTAGACATCAAGGTA...AAGAAAACTTTGGAACGAGAGACTCGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CAGTGCCAGGCTCTGGTGATCTGGACTGACTGTGATAGAGAAGGCGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109583 CAGTGCCAGGCTCTGGTGATCTGGACTGACTGTGATAGAGAAGGCGAAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CATCGGGTTTGAGATTATCCACGTGTGTAAGGCTG         TAAAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 109633 CATCGGGTTTGAGATTATCCACGTGTGTAAGGCTGGTA...CAGTAAAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CCAATCTGCAGGTGTTGCGAGCCCGATTCTCTGAGATCACACCCCATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112062 CCAATCTGCAGGTGTTGCGAGCCCGATTCTCTGAGATCACACCCCATGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTCAGGACAGCTTGTGAAAACCTGACCGAGCCTGATCAGAGGGTGAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112112 GTCAGGACAGCTTGTGAAAACCTGACCGAGCCTGATCAGAGGGTGAGCGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGCTGTGGATGTGAGGCAGGAGCTGGACCTGAGGATTG         GAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 112162 TGCTGTGGATGTGAGGCAGGAGCTGGACCTGAGGATTGGTG...CAGGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CTGCCTTTACTAGGTTCCAGACCCTGCGGCTTCAGAGGATTTTTCCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112348 CTGCCTTTACTAGGTTCCAGACCCTGCGGCTTCAGAGGATTTTTCCTGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GTGCTGGCAGAGCAGCTCATCAGTTACGGCAGCTGCCAGTTCCCCACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112398 GTGCTGGCAGAGCAGCTCATCAGTTACGGCAGCTGCCAGTTCCCCACACT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGGCTTTGTGGTGGAGCGGTTCAAAGCCATTCAGGCTTTTGTACCAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112448 GGGCTTTGTGGTGGAGCGGTTCAAAGCCATTCAGGCTTTTGTACCAGAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TCTTCCACAGAATTAAAG         TAACTCATGACCACAAAGATGGT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 112498 TCTTCCACAGAATTAAAGGTA...TAGTAACTCATGACCACAAAGATGGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ATCGTAGAATTCAACTGGAAAAGGCATCGACTCTTTAACCACACGGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112817 ATCGTAGAATTCAACTGGAAAAGGCATCGACTCTTTAACCACACGGCTTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CCTAGTTCTCTATCAGTTGTGTGTGGAG         GATCCCATGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 112867 CCTAGTTCTCTATCAGTTGTGTGTGGAGGTA...TAGGATCCCATGGCAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CTGTGGTAGAGGTCAGATCTAAGCCCAAGAGCAAGTGGCGGCCTCAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115159 CTGTGGTAGAGGTCAGATCTAAGCCCAAGAGCAAGTGGCGGCCTCAAGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TTGGACACTGTG         GAGCTTGAGAAGCTGGCTTCTCGAAAGTT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 115209 TTGGACACTGTGGTA...CAGGAGCTTGAGAAGCTGGCTTCTCGAAAGTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GAGAATAAATGCTAAAGAAACCATGAGGATTGCTGAGAAGCTCTACACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120023 GAGAATAAATGCTAAAGAAACCATGAGGATTGCTGAGAAGCTCTACACTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AAGG         GTACATCAGCTATCCCCGAACAGAAACAAACATTTTT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120073 AAGGGTA...TAGGTACATCAGCTATCCCCGAACAGAAACAAACATTTTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CCCAGAGACTTAAACCTGACGGTGTTGGTGGAACAGCAGACCCCCGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121964 CCCAGAGACTTAAACCTGACGGTGTTGGTGGAACAGCAGACCCCCGATCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 ACGCTGGGGGGCCTTTGCCCAGAGCATTCTAGAGCGGGGTGGTCCCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122014 ACGCTGGGGGGCCTTTGCCCAGAGCATTCTAGAGCGGGGTGGTCCCACCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CACGCAATGGGAACAAGTCTGACCAAGCTCACCCTCCCATTCACCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122064 CACGCAATGGGAACAAGTCTGACCAAGCTCACCCTCCCATTCACCCCACC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 AAATACACCAACAACTTACAG         GGAGATGAACAGCGACTGTA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 122114 AAATACACCAACAACTTACAGGTT...TAGGGAGATGAACAGCGACTGTA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CGAGTTTATTGTTCGCCATTTCCTGGCTTGCTGCTCCCAGGATGCTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123772 CGAGTTTATTGTTCGCCATTTCCTGGCTTGCTGCTCCCAGGATGCTCAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 GGCAGGAGACCACAGTGGAGATCGACATCGCTCAGGAACGCTTTGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123822 GGCAGGAGACCACAGTGGAGATCGACATCGCTCAGGAACGCTTTGTGGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CATGGCCTCATGATTCTGGCCCGAAACTATCTGGATGTGTATCCATATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123872 CATGGCCTCATGATTCTGGCCCGAAACTATCTGGATGTGTATCCATATGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 TCACTGGAGTGACAAG         ATCCTCCCTGTCTATGAGCAAGGAT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 123922 TCACTGGAGTGACAAGGTA...TAGATCCTCCCTGTCTATGAGCAAGGAT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 CCCACTTTCAGCCCAGCACCGTGGAGATGGTGGACGGGGAGACCAGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124118 CCCACTTTCAGCCCAGCACCGTGGAGATGGTGGACGGGGAGACCAGCCCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 CCCAAGCTGCTCACCGAGGCCGACCTCATTGCCCTCATGGAGAAGCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124168 CCCAAGCTGCTCACCGAGGCCGACCTCATTGCCCTCATGGAGAAGCATGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 CATTG         GTACGGATGCCACTCATGCGGAGCACATCGAGACCA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124218 CATTGGTC...CAGGTACGGATGCCACTCATGCGGAGCACATCGAGACCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 TCAAAGCCCGGATGTACGTGGGCCTCACCCCAGACAAGCGGTTCCTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129295 TCAAAGCCCGGATGTACGTGGGCCTCACCCCAGACAAGCGGTTCCTCCCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 GGGCACCTGGGCATGGGACTTGTGGAAG         GTTATGATTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 129345 GGGCACCTGGGCATGGGACTTGTGGAAGGTA...CAGGTTATGATTCCAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 GGGCTATGAAATGTCTAAGCCTGACCTCCGGGCTGAACTGGAAGCTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129485 GGGCTATGAAATGTCTAAGCCTGACCTCCGGGCTGAACTGGAAGCTGATC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 TGAAGCTGATCTGTGATGGCAAAAAGGACAAATTTGTGGTTCTAAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129535 TGAAGCTGATCTGTGATGGCAAAAAGGACAAATTTGTGGTTCTAAGGCAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 CAAGTGCAGAAATACAAGCAGGTTTTCATTGAAGCGGTGGCTAAAGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129585 CAAGTGCAGAAATACAAGCAGGTTTTCATTGAAGCGGTGGCTAAAGCAAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 GAA         ATTGGACGAGGCCTTGGCCCAGTACTTTGGGAATGGGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129635 GAAGTA...CAGATTGGACGAGGCCTTGGCCCAGTACTTTGGGAATGGGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 CAGAGTTGGCCCAGCAAGAAGATATCTACCCAGCCATGCCAGAGCCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131976 CAGAGTTGGCCCAGCAAGAAGATATCTACCCAGCCATGCCAGAGCCCATC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 AGGAAGTGCCCACAGTGCAACAAGGACATGGTCCTTAAGACCAAGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132026 AGGAAGTGCCCACAGTGCAACAAGGACATGGTCCTTAAGACCAAGAAGAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 TGGCGG         GTTCTACCTCAGCTGCATGGGTTTCCCAGAGTGTC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132076 TGGCGGGTG...CAGGTTCTACCTCAGCTGCATGGGTTTCCCAGAGTGTC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 GCTCAGCTGTGTGGCTTCCTGACTCGGTGCTGGAGGCCAGCAGGGACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134156 GCTCAGCTGTGTGGCTTCCTGACTCGGTGCTGGAGGCCAGCAGGGACAGC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 AGTGTGTGTCCAGTTTGTCAGCCACACCCTGTGTACAG         GTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 134206 AGTGTGTGTCCAGTTTGTCAGCCACACCCTGTGTACAGGTG...TAGGTT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2148 AAAGTTAAAGTTTAAGCGCGGTAGCCTTCCCCCGACCATGCCTCTGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136425 AAAGTTAAAGTTTAAGCGCGGTAGCCTTCCCCCGACCATGCCTCTGGAGT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2198 TTGTTTGCTGCATCGGCGGATGCGACGACACCCTGAGGGAGATCCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136475 TTGTTTGCTGCATCGGCGGATGCGACGACACCCTGAGGGAGATCCTGGAC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2248 CTGAGATTTTCAGGGGGCCCCCCCAGGGCTAGCCAGCCCTCTGGCCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136525 CTGAGATTTTCAGGGGGCCCCCCCAGGGCTAGCCAGCCCTCTGGCCGCCT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2298 GCAGGCTAACCAGTCCCTGAACAGGATGGACAACAGCCAGCACCCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136575 GCAGGCTAACCAGTCCCTGAACAGGATGGACAACAGCCAGCACCCCCAGC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2348 CTGCTGACAGCAGACAGACTGGGTCCTCAAAGGCTCTGGCCCAGACCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136625 CTGCTGACAGCAGACAGACTGGGTCCTCAAAGGCTCTGGCCCAGACCCTC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2398 CCACCACCCACGGCTGCTGGTGAAAGCAATTCTGTGACCTGCAACTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136675 CCACCACCCACGGCTGCTGGTGAAAGCAATTCTGTGACCTGCAACTGTGG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2448 CCAGGAGGCTGTGCTGCTCACTGTCCGTAAGGAGGGCCCCAACCGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136725 CCAGGAGGCTGTGCTGCTCACTGTCCGTAAGGAGGGCCCCAACCGGGGCC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2498 GGCAGTTCTTTAAGTGCAACGGAGGTAGCTGCAACTTCTTCCTGTGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136775 GGCAGTTCTTTAAGTGCAACGGAGGTAGCTGCAACTTCTTCCTGTGGGCA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2548 GACAGCCCCAATCCGGGAGCAGGAGGGCCTCCTGCCTTGGCATATAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136825 GACAGCCCCAATCCGGGAGCAGGAGGGCCTCCTGCCTTGGCATATAGACC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2598 CCTGGGCGCCTCCCTGGGATGCCCACCAGGCCCAGGGATCCACCTAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136875 CCTGGGCGCCTCCCTGGGATGCCCACCAGGCCCAGGGATCCACCTAGGTG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2648 GGTTTGGCAACCCTGGTGATGGCAGTGGTAGTGGCACATCCTGCCTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136925 GGTTTGGCAACCCTGGTGATGGCAGTGGTAGTGGCACATCCTGCCTTTGC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2698 AGCCAGCCCTCCGTCACACGGACTGTGCAGAAGGATGGACCCAACAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136975 AGCCAGCCCTCCGTCACACGGACTGTGCAGAAGGATGGACCCAACAAGGG

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2748 GCGCCAGTTCCACACATGTGCCAAGCCGAGAGAGCAGCAGTGTGGCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137025 GCGCCAGTTCCACACATGTGCCAAGCCGAGAGAGCAGCAGTGTGGCTTTT

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2798 TCCAGTGGGTCGATGAGAACACCGCTCCAG         GGACTTCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 137075 TCCAGTGGGTCGATGAGAACACCGCTCCAGGTG...CAGGGACTTCTGGA

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2839 GCCCCGTCCTGGACAGGAGACAGAGGAAGAACCCTGGAGTCGGAAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139810 GCCCCGTCCTGGACAGGAGACAGAGGAAGAACCCTGGAGTCGGAAGCCAG

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2889 AAGCAAAAGGCCCCGGGCCAGTTCCTCAGACATGGGGTCCACAGCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139860 AAGCAAAAGGCCCCGGGCCAGTTCCTCAGACATGGGGTCCACAGCAAAGA

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2939 AACCCCGGAAATGCAGCCTTTGCCACCAGCCTGGACACACCCGTCCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139910 AACCCCGGAAATGCAGCCTTTGCCACCAGCCTGGACACACCCGTCCCTTT

   3150     .    :    .
   2989 TGTCCTCAGAACAGA
        |||||||||||||||
 139960 TGTCCTCAGAACAGA