seq1 = pF1KE9626.tfa, 2580 bp
seq2 = pF1KE9626/gi568815597f_35845688.tfa (gi568815597f:35845688_36155742), 310055 bp

>pF1KE9626 2580
>gi568815597f:35845688_36155742 (Chr1)

1-19  (85740-85758)   100% ->
20-191  (100005-100176)   100% ->
192-312  (121268-121388)   100% ->
313-521  (126337-126545)   100% ->
522-658  (127688-127824)   100% ->
659-793  (158654-158788)   100% ->
794-881  (163003-163090)   100% ->
882-1029  (163210-163357)   100% ->
1030-1149  (163788-163907)   100% ->
1150-1272  (167943-168065)   100% ->
1273-1406  (168228-168361)   100% ->
1407-1591  (181427-181611)   100% ->
1592-1751  (188487-188646)   100% ->
1752-1842  (190490-190580)   100% ->
1843-2037  (194103-194297)   100% ->
2038-2172  (194620-194754)   100% ->
2173-2274  (197760-197861)   100% ->
2275-2474  (209259-209458)   100% ->
2475-2580  (209950-210055)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAATCGGCTCCGCAG         GACCCGCTGGGGCCCAGCCCCT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
  85740 ATGGAAATCGGCTCCGCAGGTG...CAGGACCCGCTGGGGCCCAGCCCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 ACTCATGGTGCCCAGAAGACCTGGCTATGGCACCATGGGCAAACCCATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100027 ACTCATGGTGCCCAGAAGACCTGGCTATGGCACCATGGGCAAACCCATTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AACTGCTGGCTAACTGTTTTCAAGTTGAAATCCCAAAGATTGATGTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100077 AACTGCTGGCTAACTGTTTTCAAGTTGAAATCCCAAAGATTGATGTCTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTCTATGAGGTAGATATTAAACCAGACAAGTGTCCTAGGAGAGTGAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100127 CTCTATGAGGTAGATATTAAACCAGACAAGTGTCCTAGGAGAGTGAACAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192          GGAGGTGGTTGACTCAATGGTTCAGCATTTTAAAGTAACTA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100177 GTA...TAGGGAGGTGGTTGACTCAATGGTTCAGCATTTTAAAGTAACTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TATTTGGAGACCGTAGACCAGTTTATGATGGAAAAAGAAGTCTTTACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121309 TATTTGGAGACCGTAGACCAGTTTATGATGGAAAAAGAAGTCTTTACACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCCAATCCACTTCCTGTGGCAACTACAGGG         GTAGATTTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 121359 GCCAATCCACTTCCTGTGGCAACTACAGGGGTA...CAGGTAGATTTAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CGTTACTTTACCTGGGGAAGGTGGAAAAGATCGACCTTTCAAGGTGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126348 CGTTACTTTACCTGGGGAAGGTGGAAAAGATCGACCTTTCAAGGTGTCAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCAAATTTGTCTCTCGGGTGAGTTGGCACCTACTGCATGAAGTACTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126398 TCAAATTTGTCTCTCGGGTGAGTTGGCACCTACTGCATGAAGTACTGACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGACGGACCTTGCCTGAGCCACTGGAATTAGACAAGCCAATCAGCACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126448 GGACGGACCTTGCCTGAGCCACTGGAATTAGACAAGCCAATCAGCACTAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCCTGTCCATGCCGTTGATGTGGTGCTACGACATCTGCCCTCCATGAA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 126498 CCCTGTCCATGCCGTTGATGTGGTGCTACGACATCTGCCCTCCATGAAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    522        ATACACACCTGTGGGGCGTTCATTTTTCTCCGCTCCAGAAGGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126548 G...TAGATACACACCTGTGGGGCGTTCATTTTTCTCCGCTCCAGAAGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TATGACCACCCTCTGGGAGGGGGCAGGGAAGTGTGGTTTGGATTCCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127731 TATGACCACCCTCTGGGAGGGGGCAGGGAAGTGTGGTTTGGATTCCATCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GTCTGTTCGGCCTGCCATGTGGAAAATGATGCTTAATATCGATG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 127781 GTCTGTTCGGCCTGCCATGTGGAAAATGATGCTTAATATCGATGGTA...

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    659    TTTCTGCCACTGCCTTCTACAAAGCACAACCTGTAATTCAGTTCATG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158651 TAGTTTCTGCCACTGCCTTCTACAAAGCACAACCTGTAATTCAGTTCATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TGTGAAGTTCTTGATATTCATAATATTGATGAGCAACCAAGACCTCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158701 TGTGAAGTTCTTGATATTCATAATATTGATGAGCAACCAAGACCTCTGAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGATTCTCATCGGGTAAAATTCACCAAAGAGATAAAAG         GTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 158751 TGATTCTCATCGGGTAAAATTCACCAAAGAGATAAAAGGTG...CAGGTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGAAGGTTGAAGTGACTCATTGTGGAACAATGAGACGGAAATACCGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163006 TGAAGGTTGAAGTGACTCATTGTGGAACAATGAGACGGAAATACCGTGTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TGTAATGTAACAAGGAGGCCTGCCAGTCATCAAAC         CTTTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 163056 TGTAATGTAACAAGGAGGCCTGCCAGTCATCAAACGTA...CAGCTTTCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TTTACAGTTAGAAAACGGCCAAACTGTGGAGAGAACAGTAGCGCAGTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163216 TTTACAGTTAGAAAACGGCCAAACTGTGGAGAGAACAGTAGCGCAGTATT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TCAGAGAAAAGTATACTCTTCAGCTGAAGTACCCGCACCTTCCCTGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163266 TCAGAGAAAAGTATACTCTTCAGCTGAAGTACCCGCACCTTCCCTGTCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CAAGTCGGGCAGGAACAGAAACACACCTACCTGCCACTAGAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 163316 CAAGTCGGGCAGGAACAGAAACACACCTACCTGCCACTAGAAGTA...TA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1030  GTCTGTAATATTGTGGCAGGGCAACGATGTATCAAGAAGCTAACAGACA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163787 GGTCTGTAATATTGTGGCAGGGCAACGATGTATCAAGAAGCTAACAGACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 ATCAGACTTCCACTATGATCAAGGCAACAGCAAGATCTGCACCAGATAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163837 ATCAGACTTCCACTATGATCAAGGCAACAGCAAGATCTGCACCAGATAGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CAAGAGGAAATTAGCAGATTG         GTAAGAAGTGCAAATTATGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 163887 CAAGAGGAAATTAGCAGATTGGTT...TAGGTAAGAAGTGCAAATTATGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 AACAGATCCATTTGTTCAGGAGTTTCAATTTAAAGTTCGGGATGAAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167963 AACAGATCCATTTGTTCAGGAGTTTCAATTTAAAGTTCGGGATGAAATGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CTCATGTAACTGGACGCGTACTTCCAGCACCTATGCTCCAGTATGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168013 CTCATGTAACTGGACGCGTACTTCCAGCACCTATGCTCCAGTATGGAGGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CGG         AATCGGACAGTAGCAACACCGAGCCATGGAGTATGGGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168063 CGGGTA...TAGAATCGGACAGTAGCAACACCGAGCCATGGAGTATGGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CATGCGAGGGAAACAATTCCACACAGGAGTTGAAATCAAAATGTGGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168266 CATGCGAGGGAAACAATTCCACACAGGAGTTGAAATCAAAATGTGGGCTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TCGCTTGTTTTGCCACACAGAGGCAGTGCAGAGAAGAAATATTGAA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 168316 TCGCTTGTTTTGCCACACAGAGGCAGTGCAGAGAAGAAATATTGAAGTA.

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1407      GGGTTTCACAGACCAGCTGCGTAAGATTTCTAAGGATGCAGGGAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168366 ..CAGGGGTTTCACAGACCAGCTGCGTAAGATTTCTAAGGATGCAGGGAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 GCCCATCCAGGGCCAGCCATGCTTCTGCAAATATGCACAGGGGGCAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181472 GCCCATCCAGGGCCAGCCATGCTTCTGCAAATATGCACAGGGGGCAGACA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 GCGTAGAGCCCATGTTCCGGCATCTCAAGAACACATATTCTGGCCTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181522 GCGTAGAGCCCATGTTCCGGCATCTCAAGAACACATATTCTGGCCTACAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 CTTATTATCGTCATCCTGCCGGGGAAGACACCAGTGTATG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 181572 CTTATTATCGTCATCCTGCCGGGGAAGACACCAGTGTATGGTA...TAGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 GGAAGTGAAACGTGTAGGAGACACACTTTTGGGTATGGCTACACAATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188488 GGAAGTGAAACGTGTAGGAGACACACTTTTGGGTATGGCTACACAATGTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 TTCAAGTCAAGAATGTAATAAAAACATCTCCTCAAACTCTGTCAAACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188538 TTCAAGTCAAGAATGTAATAAAAACATCTCCTCAAACTCTGTCAAACTTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 TGCCTAAAGATAAATGTTAAACTCGGAGGGATCAATAATATTCTTGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188588 TGCCTAAAGATAAATGTTAAACTCGGAGGGATCAATAATATTCTTGTACC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 TCATCAAAG         ACCTTCTGTGTTCCAGCAACCAGTGATCTTTT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 188638 TCATCAAAGGTA...AAGACCTTCTGTGTTCCAGCAACCAGTGATCTTTT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 TGGGAGCCGATGTCACTCATCCACCTGCTGGTGATGGAAAGAAGCCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190522 TGGGAGCCGATGTCACTCATCCACCTGCTGGTGATGGAAAGAAGCCTTCT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 ATTGCTGCT         GTTGTAGGTAGTATGGATGCACACCCAAGCAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 190572 ATTGCTGCTGTG...TAGGTTGTAGGTAGTATGGATGCACACCCAAGCAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 ATACTGTGCCACAGTAAGAGTTCAGAGACCCCGACAGGAGATCATCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194135 ATACTGTGCCACAGTAAGAGTTCAGAGACCCCGACAGGAGATCATCCAGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 ACTTGGCCTCCATGGTCCGGGAACTTCTTATTCAATTTTATAAGTCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194185 ACTTGGCCTCCATGGTCCGGGAACTTCTTATTCAATTTTATAAGTCAACT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 CGGTTCAAGCCTACTCGTATCATCTTTTATCGGGATGGTGTTTCAGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194235 CGGTTCAAGCCTACTCGTATCATCTTTTATCGGGATGGTGTTTCAGAGGG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 GCAGTTTAGGCAG         GTATTATATTATGAACTACTAGCAATTC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 194285 GCAGTTTAGGCAGGTT...TAGGTATTATATTATGAACTACTAGCAATTC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 GAGAAGCCTGCATCAGTTTGGAGAAAGACTATCAACCTGGAATAACCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194648 GAGAAGCCTGCATCAGTTTGGAGAAAGACTATCAACCTGGAATAACCTAC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2116 ATTGTAGTTCAGAAGAGACATCACACTCGATTATTTTGTGCTGATAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194698 ATTGTAGTTCAGAAGAGACATCACACTCGATTATTTTGTGCTGATAGGAC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2166 AGAAAGG         GTTGGAAGAAGTGGCAATATCCCAGCTGGAACAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194748 AGAAAGGGTA...TAGGTTGGAAGAAGTGGCAATATCCCAGCTGGAACAA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2207 CAGTTGATACAGACATTACACACCCATATGAGTTCGATTTTTACCTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197794 CAGTTGATACAGACATTACACACCCATATGAGTTCGATTTTTACCTCTGT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2257 AGCCATGCTGGAATACAG         GGTACCAGTCGTCCTTCACACTA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 197844 AGCCATGCTGGAATACAGGTA...TAGGGTACCAGTCGTCCTTCACACTA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2298 TCATGTTTTATGGGATGATAACTGCTTTACTGCAGATGAACTTCAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209282 TCATGTTTTATGGGATGATAACTGCTTTACTGCAGATGAACTTCAGCTGC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2348 TAACTTACCAGCTCTGCCACACTTACGTACGCTGTACACGATCTGTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209332 TAACTTACCAGCTCTGCCACACTTACGTACGCTGTACACGATCTGTTTCT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2398 ATACCTGCACCAGCGTATTATGCTCACCTGGTAGCATTTAGAGCCAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209382 ATACCTGCACCAGCGTATTATGCTCACCTGGTAGCATTTAGAGCCAGATA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2448 TCATCTTGTGGACAAAGAACATGACAG         TGCTGAAGGAAGTC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 209432 TCATCTTGTGGACAAAGAACATGACAGGTA...CAGTGCTGAAGGAAGTC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2489 ACGTTTCAGGACAAAGCAATGGGCGAGATCCACAAGCTCTTGCCAAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209964 ACGTTTCAGGACAAAGCAATGGGCGAGATCCACAAGCTCTTGCCAAGGCT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :
   2539 GTACAGATTCACCAAGATACCTTACGCACAATGTACTTCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210014 GTACAGATTCACCAAGATACCTTACGCACAATGTACTTCGCT