seq1 = pF1KE9610.tfa, 897 bp
seq2 = pF1KE9610/gi568815579f_12706674.tfa (gi568815579f:12706674_12913463), 206790 bp

>pF1KE9610 897
>gi568815579f:12706674_12913463 (Chr19)

1-127  (100001-100127)   100% ->
128-199  (100335-100406)   100% ->
200-323  (100533-100656)   100% ->
324-411  (100746-100833)   100% ->
412-549  (103398-103535)   100% ->
550-637  (103644-103731)   100% ->
638-761  (106410-106533)   100% ->
762-897  (106655-106790)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATCTCAGCGAGCTGGAGAGAGACAATACAGGCCGCTGTCGCCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATCTCAGCGAGCTGGAGAGAGACAATACAGGCCGCTGTCGCCTGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCGCCTGTGCCCGCGGTGTGCCGCAAGGAGCCTTGCGTCCTGGGCGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTCGCCTGTGCCCGCGGTGTGCCGCAAGGAGCCTTGCGTCCTGGGCGTCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATGAGGCGGGCAGGGGCCCCGTGCTGG         GCCCCATGGTCTAC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100101 ATGAGGCGGGCAGGGGCCCCGTGCTGGGTG...CAGGCCCCATGGTCTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCCATCTGTTATTGTCCCCTGCCTCGCCTGGCAGATCTGGAGGCGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100349 GCCATCTGTTATTGTCCCCTGCCTCGCCTGGCAGATCTGGAGGCGCTGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGTGGCAG         ACTCAAAGACCCTATTGGAGAGCGAGCGGGAAA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100399 AGTGGCAGGTG...CAGACTCAAAGACCCTATTGGAGAGCGAGCGGGAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGCTGTTTGCGAAAATGGAGGACACGGACTTTGTCGGCTGGGCGCTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100566 GGCTGTTTGCGAAAATGGAGGACACGGACTTTGTCGGCTGGGCGCTGGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTGCTGTCTCCAAACCTCATCTCTACCAGCATGCTTGGGCG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100616 GTGCTGTCTCCAAACCTCATCTCTACCAGCATGCTTGGGCGGTG...CAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGTCAAATACAACCTGAACTCCCTGTCACATGATACAGCCACTGGGCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100746 GGTCAAATACAACCTGAACTCCCTGTCACATGATACAGCCACTGGGCTTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TACAGTATGCATTGGACCAGGGCGTGAACGTCACCCAG         GTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100796 TACAGTATGCATTGGACCAGGGCGTGAACGTCACCCAGGTG...CAGGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TTCGTGGACACCGTAGGGATGCCAGAGACATACCAGGCGCGGCTGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103401 TTCGTGGACACCGTAGGGATGCCAGAGACATACCAGGCGCGGCTGCAGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AAGTTTTCCCGGGATTGAGGTGACGGTCAAGGCCAAAGCAGATGCCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103451 AAGTTTTCCCGGGATTGAGGTGACGGTCAAGGCCAAAGCAGATGCCCTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACCCGGTGGTTAGTGCTGCCAGCATCTGTGCCAAG         GTGGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 103501 ACCCGGTGGTTAGTGCTGCCAGCATCTGTGCCAAGGTC...CAGGTGGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CGGGACCAGGCCGTGAAGAAATGGCAGTTCGTGGAGAAACTGCAGGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103650 CGGGACCAGGCCGTGAAGAAATGGCAGTTCGTGGAGAAACTGCAGGACTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGATACTGATTATGGCTCAGGCTACCCCAATG         ATCCCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 103700 GGATACTGATTATGGCTCAGGCTACCCCAATGGTG...CAGATCCCAAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CAAAAGCGTGGTTGAAGGAGCACGTGGAGCCTGTGTTCGGCTTCCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106419 CAAAAGCGTGGTTGAAGGAGCACGTGGAGCCTGTGTTCGGCTTCCCCCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TTTGTCCGGTTCAGCTGGCGCACGGCCCAGACCATCCTGGAGAAAGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106469 TTTGTCCGGTTCAGCTGGCGCACGGCCCAGACCATCCTGGAGAAAGAGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGAAGATGTTATATG         GGAGGACTCAGCATCCGAGAATCAGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 106519 GGAAGATGTTATATGGTG...CAGGGAGGACTCAGCATCCGAGAATCAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AGGGACTCAGGAAGATCACATCCTACTTCCTCAATGAAGGGTCCCAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106681 AGGGACTCAGGAAGATCACATCCTACTTCCTCAATGAAGGGTCCCAAGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CGTCCCCGTTCTTCCCACCGATATTTCCTGGAACGCGGCCTGGAGTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106731 CGTCCCCGTTCTTCCCACCGATATTTCCTGGAACGCGGCCTGGAGTCAGC

    950     .    :
    888 AACCAGCCTC
        ||||||||||
 106781 AACCAGCCTC