seq1 = pF1KE9569.tfa, 1161 bp
seq2 = pF1KE9569/gi568815581f_75974884.tfa (gi568815581f:75974884_76177428), 202545 bp

>pF1KE9569 1161
>gi568815581f:75974884_76177428 (Chr17)

1-368  (100001-100368)   100% ->
369-1161  (101753-102545)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACGTCTCGGGCTGCCCAGGGGCCGGGAACGCGAGCCAGGCGGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACGTCTCGGGCTGCCCAGGGGCCGGGAACGCGAGCCAGGCGGGCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGGGGAGGCTGGCACCCCGAGGCGGTCATCGTGCCCCTGCTCTTCGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGGGGAGGCTGGCACCCCGAGGCGGTCATCGTGCCCCTGCTCTTCGCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCATCTTCCTCGTGGGCACCGTGGGCAACACGCTGGTGCTGGCGGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCATCTTCCTCGTGGGCACCGTGGGCAACACGCTGGTGCTGGCGGTGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGCGCGGCGGCCAGGCGGTCAGCACTACCAACCTGTTCATCCTTAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGCGCGGCGGCCAGGCGGTCAGCACTACCAACCTGTTCATCCTTAACCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGGCGTGGCCGACCTGTGTTTCATCCTGTGCTGCGTGCCCTTCCAGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGGCGTGGCCGACCTGTGTTTCATCCTGTGCTGCGTGCCCTTCCAGGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCATCTACACCCTGGACGGCTGGGTGTTCGGCTCGCTGCTGTGCAAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCATCTACACCCTGGACGGCTGGGTGTTCGGCTCGCTGCTGTGCAAGGCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTGCACTTCCTCATCTTCCTCACCATGCACGCCAGCAGCTTCACGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTGCACTTCCTCATCTTCCTCACCATGCACGCCAGCAGCTTCACGCTGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGCCGTCTCCCTGGACAG         GTATCTGGCCATCCGCTACCCGC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100351 CGCCGTCTCCCTGGACAGGTG...CAGGTATCTGGCCATCCGCTACCCGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGCACTCCCGCGAGCTGCGCACGCCTCGAAACGCGCTGGCAGCCATCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101776 TGCACTCCCGCGAGCTGCGCACGCCTCGAAACGCGCTGGCAGCCATCGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CTCATCTGGGGGCTGTCGCTGCTCTTCTCCGGGCCCTACCTGAGCTACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101826 CTCATCTGGGGGCTGTCGCTGCTCTTCTCCGGGCCCTACCTGAGCTACTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CCGCCAGTCGCAGCTGGCCAACCTGACCGTGTGCCATCCCGCGTGGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101876 CCGCCAGTCGCAGCTGGCCAACCTGACCGTGTGCCATCCCGCGTGGAGCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CCCCTCGCCGCCGCGCCATGGACATCTGCACCTTCGTCTTCAGCTACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101926 CCCCTCGCCGCCGCGCCATGGACATCTGCACCTTCGTCTTCAGCTACCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CTTCCTGTGCTGGTTCTCGGCCTGACCTACGCGCGCACCTTGCGCTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101976 CTTCCTGTGCTGGTTCTCGGCCTGACCTACGCGCGCACCTTGCGCTACCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CTGGCGCGCCGTCGACCCGGTGGCCGCGGGCTCGGGTGCCCGGCGCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102026 CTGGCGCGCCGTCGACCCGGTGGCCGCGGGCTCGGGTGCCCGGCGCGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AGCGCAAGGTGACACGCATGATCCTCATCGTGGCCGCGCTCTTCTGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102076 AGCGCAAGGTGACACGCATGATCCTCATCGTGGCCGCGCTCTTCTGCCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TGCTGGATGCCCCACCACGCGCTCATCCTCTGCGTGTGGTTCGGCCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102126 TGCTGGATGCCCCACCACGCGCTCATCCTCTGCGTGTGGTTCGGCCAGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CCCGCTCACGCGCGCCACTTATGCGCTTCGCATCCTCTCGCACCTGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102176 CCCGCTCACGCGCGCCACTTATGCGCTTCGCATCCTCTCGCACCTGGTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CCTACGCCAACTCCTGCGTCAACCCCATCGTTTACGCGCTGGTCTCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102226 CCTACGCCAACTCCTGCGTCAACCCCATCGTTTACGCGCTGGTCTCCAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CACTTCCGCAAAGGCTTCCGCACGATTTGCGCGGGCCTGCTGGGCCGTGC
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 102276 CACTTCCGCAAAGGCTTCCGCACGATCTGCGCGGGCCTGCTGGGCCGTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CCCAGGCCGAGCCTCGGGCCGTGTGTGCGCTGCCGCGCGGGGCACCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102326 CCCAGGCCGAGCCTCGGGCCGTGTGTGCGCTGCCGCGCGGGGCACCCACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 GTGGCAGCGTGTTGGAGCGCGAGTCCAGCGACCTGTTGCACATGAGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102376 GTGGCAGCGTGTTGGAGCGCGAGTCCAGCGACCTGTTGCACATGAGCGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 GCGGCGGGGGCCCTTCGTCCCTGCCCCGGCGCTTCCCAGCCATGCATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102426 GCGGCGGGGGCCCTTCGTCCCTGCCCCGGCGCTTCCCAGCCATGCATCCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CGAGCCCTGTCCTGGCCCGTCCTGGCAGGGCCCAAAGGCAGGCGACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102476 CGAGCCCTGTCCTGGCCCGTCCTGGCAGGGCCCAAAGGCAGGCGACAGCA

   1150     .    :    .    :
   1142 TCCTGACGGTTGATGTGGCC
        ||||||||||||||||||||
 102526 TCCTGACGGTTGATGTGGCC