seq1 = pF1KE9553.tfa, 2118 bp
seq2 = pF1KE9553/gi568815590f_103200108.tfa (gi568815590f:103200108_103431506), 231399 bp

>pF1KE9553 2118
>gi568815590f:103200108_103431506 (Chr8)

1-177  (100001-100177)   100% ->
178-374  (118483-118679)   100% ->
375-1392  (124374-125391)   100% ->
1393-1541  (128161-128309)   100% ->
1542-1952  (129548-129958)   100% ->
1953-2118  (131234-131399)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAATGTTTACATTTTTGTTGACGTGTATTTTTCTACCCCTCCTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAATGTTTACATTTTTGTTGACGTGTATTTTTCTACCCCTCCTAAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGGCACAGTCTCTTCACCTGTGAACCAATTACTGTTCCCAGATGTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGGCACAGTCTCTTCACCTGTGAACCAATTACTGTTCCCAGATGTATGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAATGGCCTACAACATGACGTTTTTCCCTAATCTGATGGGTCATTATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAATGGCCTACAACATGACGTTTTTCCCTAATCTGATGGGTCATTATGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGAGTATTGCCGCGGTGGAAATGGAG         CATTTTCTTCCTCT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100151 CAGAGTATTGCCGCGGTGGAAATGGAGGTG...TAGCATTTTCTTCCTCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGCAAATCTGGAATGTTCACCAAACATTGAAACTTTCCTCTGCAAAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118497 CGCAAATCTGGAATGTTCACCAAACATTGAAACTTTCCTCTGCAAAGCAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTGTACCAACCTGCATAGAACAAATTCATGTGGTTCCACCTTGTCGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118547 TTGTACCAACCTGCATAGAACAAATTCATGTGGTTCCACCTTGTCGTAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTTTGTGAGAAAGTATATTCTGATTGCAAAAAATTAATTGACACTTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118597 CTTTGTGAGAAAGTATATTCTGATTGCAAAAAATTAATTGACACTTTTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GATCCGATGGCCTGAGGAGCTTGAATGTGACAG         ATTACAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 118647 GATCCGATGGCCTGAGGAGCTTGAATGTGACAGGTA...CAGATTACAAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACTGTGATGAGACTGTTCCTGTAACTTTTGATCCACACACAGAATTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124382 ACTGTGATGAGACTGTTCCTGTAACTTTTGATCCACACACAGAATTTCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GGTCCTCAGAAGAAAACAGAACAAGTCCAAAGAGACATTGGATTTTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124432 GGTCCTCAGAAGAAAACAGAACAAGTCCAAAGAGACATTGGATTTTGGTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TCCAAGGCATCTTAAGACTTCTGGGGGACAAGGATATAAGTTTCTGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124482 TCCAAGGCATCTTAAGACTTCTGGGGGACAAGGATATAAGTTTCTGGGAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TTGACCAGTGTGCGCCTCCATGCCCCAACATGTATTTTAAAAGTGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124532 TTGACCAGTGTGCGCCTCCATGCCCCAACATGTATTTTAAAAGTGATGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CTAGAGTTTGCAAAAAGTTTTATTGGAACAGTTTCAATATTTTGTCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124582 CTAGAGTTTGCAAAAAGTTTTATTGGAACAGTTTCAATATTTTGTCTTTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TGCAACTCTGTTCACATTCCTTACTTTTTTAATTGATGTTAGAAGATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124632 TGCAACTCTGTTCACATTCCTTACTTTTTTAATTGATGTTAGAAGATTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GATACCCAGAGAGACCAATTATATATTACTCTGTCTGTTACAGCATTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124682 GATACCCAGAGAGACCAATTATATATTACTCTGTCTGTTACAGCATTGTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TCTCTTATGTACTTCATTGGATTTTTGCTAGGCGATAGCACAGCCTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124732 TCTCTTATGTACTTCATTGGATTTTTGCTAGGCGATAGCACAGCCTGCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TAAGGCAGATGAGAAGCTAGAACTTGGTGACACTGTTGTCCTAGGCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124782 TAAGGCAGATGAGAAGCTAGAACTTGGTGACACTGTTGTCCTAGGCTCTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 AAAATAAGGCTTGCACCGTTTTGTTCATGCTTTTGTATTTTTTCACAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124832 AAAATAAGGCTTGCACCGTTTTGTTCATGCTTTTGTATTTTTTCACAATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GCTGGCACTGTGTGGTGGGTGATTCTTACCATTACTTGGTTCTTAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124882 GCTGGCACTGTGTGGTGGGTGATTCTTACCATTACTTGGTTCTTAGCTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 AGGAAGAAAATGGAGTTGTGAAGCCATCGAGCAAAAAGCAGTGTGGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124932 AGGAAGAAAATGGAGTTGTGAAGCCATCGAGCAAAAAGCAGTGTGGTTTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 ATGCTGTTGCATGGGGAACACCAGGTTTCCTGACTGTTATGCTTCTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124982 ATGCTGTTGCATGGGGAACACCAGGTTTCCTGACTGTTATGCTTCTTGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 ATGAACAAAGTTGAAGGAGACAACATTAGTGGAGTTTGCTTTGTTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125032 ATGAACAAAGTTGAAGGAGACAACATTAGTGGAGTTTGCTTTGTTGGCCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 TTATGACCTGGATGCTTCTCGCTACTTTGTACTCTTGCCACTGTGCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125082 TTATGACCTGGATGCTTCTCGCTACTTTGTACTCTTGCCACTGTGCCTTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 GTGTGTTTGTTGGGCTCTCTCTTCTTTTAGCTGGCATTATTTCCTTAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125132 GTGTGTTTGTTGGGCTCTCTCTTCTTTTAGCTGGCATTATTTCCTTAAAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 CATGTTCGACAAGTCATACAACATGATGGCCGGAACCAAGAAAAACTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125182 CATGTTCGACAAGTCATACAACATGATGGCCGGAACCAAGAAAAACTAAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 GAAATTTATGATTCGAATTGGAGTCTTCAGCGGCTTGTATCTTGTGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125232 GAAATTTATGATTCGAATTGGAGTCTTCAGCGGCTTGTATCTTGTGCCAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 TAGTGACACTTCTCGGATGTTACGTCTATGAGCAAGTGAACAGGATTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125282 TAGTGACACTTCTCGGATGTTACGTCTATGAGCAAGTGAACAGGATTACC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 TGGGAGATAACTTGGGTCTCTGATCATTGTCGTCAGTACCATATCCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125332 TGGGAGATAACTTGGGTCTCTGATCATTGTCGTCAGTACCATATCCCATG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 TCCTTATCAG         GCAAAAGCAAAAGCTCGACCAGAATTGGCTT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 125382 TCCTTATCAGGTA...TAGGCAAAAGCAAAAGCTCGACCAGAATTGGCTT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 TATTTATGATAAAATACCTGATGACATTAATTGTTGGCATCTCTGCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128192 TATTTATGATAAAATACCTGATGACATTAATTGTTGGCATCTCTGCTGTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 TTCTGGGTTGGAAGCAAAAAGACATGCACAGAATGGGCTGGGTTTTTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128242 TTCTGGGTTGGAAGCAAAAAGACATGCACAGAATGGGCTGGGTTTTTTAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 ACGAAATCGCAAGAGAGA         TCCAATCAGTGAAAGTCGAAGAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 128292 ACGAAATCGCAAGAGAGAGTA...TAGTCCAATCAGTGAAAGTCGAAGAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 TACTACAGGAATCATGTGAGTTTTTCTTAAAGCACAATTCTAAAGTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129571 TACTACAGGAATCATGTGAGTTTTTCTTAAAGCACAATTCTAAAGTTAAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 CACAAAAAGAAGCACTATAAACCAAGTTCACACAAGCTGAAGGTCATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129621 CACAAAAAGAAGCACTATAAACCAAGTTCACACAAGCTGAAGGTCATTTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1665 CAAATCCATGGGAACCAGCACAGGAGCTACAGCAAATCATGGCACTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129671 CAAATCCATGGGAACCAGCACAGGAGCTACAGCAAATCATGGCACTTCTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1715 CAGTAGCAATTACTAGCCATGATTACCTAGGACAAGAAACTTTGACAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129721 CAGTAGCAATTACTAGCCATGATTACCTAGGACAAGAAACTTTGACAGAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1765 ATCCAAACCTCACCAGAAACATCAATGAGAGAGGTGAAAGCGGACGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129771 ATCCAAACCTCACCAGAAACATCAATGAGAGAGGTGAAAGCGGACGGAGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1815 TAGCACCCCCAGGTTAAGAGAACAGGACTGTGGTGAACCTGCCTCGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129821 TAGCACCCCCAGGTTAAGAGAACAGGACTGTGGTGAACCTGCCTCGCCAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1865 CAGCATCCATCTCCAGACTCTCTGGGGAACAGGTCGACGGGAAGGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129871 CAGCATCCATCTCCAGACTCTCTGGGGAACAGGTCGACGGGAAGGGCCAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1915 GCAGGCAGTGTATCTGAAAGTGCGCGGAGTGAAGGAAG         GAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 129921 GCAGGCAGTGTATCTGAAAGTGCGCGGAGTGAAGGAAGGTG...TAGGAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1956 TAGTCCAAAGAGTGATATTACTGACACTGGCCTGGCACAGAGCAACAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131237 TAGTCCAAAGAGTGATATTACTGACACTGGCCTGGCACAGAGCAACAATT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2006 TGCAGGTCCCCAGTTCTTCAGAACCAAGCAGCCTCAAAGGTTCCACATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131287 TGCAGGTCCCCAGTTCTTCAGAACCAAGCAGCCTCAAAGGTTCCACATCT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2056 CTGCTTGTTCACCCGGTTTCAGGAGTGAGAAAAGAGCAGGGAGGTGGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131337 CTGCTTGTTCACCCGGTTTCAGGAGTGAGAAAAGAGCAGGGAGGTGGTTG

   2150     .    :
   2106 TCATTCAGATACT
        |||||||||||||
 131387 TCATTCAGATACT