seq1 = pF1KE9545.tfa, 3234 bp
seq2 = pF1KE9545/gi568815595f_122154190.tfa (gi568815595f:122154190_122385188), 230999 bp

>pF1KE9545 3234
>gi568815595f:122154190_122385188 (Chr3)

1-185  (100001-100185)   100% ->
186-492  (102892-103198)   100% ->
493-1377  (107339-108223)   100% ->
1378-1608  (121623-121853)   100% ->
1609-1732  (127924-128047)   100% ->
1733-3234  (129498-130999)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCATTTTATAGCTGCTGCTGGGTCCTCTTGGCACTCACCTGGCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCATTTTATAGCTGCTGCTGGGTCCTCTTGGCACTCACCTGGCACAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCTGCCTACGGGCCAGACCAGCGAGCCCAAAAGAAGGGGGACATTATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCTGCCTACGGGCCAGACCAGCGAGCCCAAAAGAAGGGGGACATTATCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTGGGGGGCTCTTTCCTATTCATTTTGGAGTAGCAGCTAAAGATCAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTGGGGGGCTCTTTCCTATTCATTTTGGAGTAGCAGCTAAAGATCAAGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTCAAATCAAGGCCGGAGTCTGTGGAATGTATCAG         GTATAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100151 CTCAAATCAAGGCCGGAGTCTGTGGAATGTATCAGGTA...CAGGTATAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTTCCGTGGGTTTCGCTGGTTACAGGCTATGATATTTGCCATAGAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102898 TTTCCGTGGGTTTCGCTGGTTACAGGCTATGATATTTGCCATAGAGGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TAAACAGCAGCCCAGCCCTTCTTCCCAACTTGACGCTGGGATACAGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102948 TAAACAGCAGCCCAGCCCTTCTTCCCAACTTGACGCTGGGATACAGGATA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTTGACACTTGCAACACCGTTTCTAAGGCCTTGGAAGCCACCCTGAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102998 TTTGACACTTGCAACACCGTTTCTAAGGCCTTGGAAGCCACCCTGAGTTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGTTGCTCAAAACAAAATTGATTCTTTGAACCTTGATGAGTTCTGCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103048 TGTTGCTCAAAACAAAATTGATTCTTTGAACCTTGATGAGTTCTGCAACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GCTCAGAGCACATTCCCTCTACGATTGCTGTGGTGGGAGCAACTGGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103098 GCTCAGAGCACATTCCCTCTACGATTGCTGTGGTGGGAGCAACTGGCTCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GGCGTCTCCACGGCAGTGGCAAATCTGCTGGGGCTCTTCTACATTCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103148 GGCGTCTCCACGGCAGTGGCAAATCTGCTGGGGCTCTTCTACATTCCCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 G         GTCAGTTATGCCTCCTCCAGCAGACTCCTCAGCAACAAGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103198 GGTA...CAGGTCAGTTATGCCTCCTCCAGCAGACTCCTCAGCAACAAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ATCAATTCAAGTCTTTCCTCCGAACCATCCCCAATGATGAGCACCAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107379 ATCAATTCAAGTCTTTCCTCCGAACCATCCCCAATGATGAGCACCAGGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 ACTGCCATGGCAGACATCATCGAGTATTTCCGCTGGAACTGGGTGGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107429 ACTGCCATGGCAGACATCATCGAGTATTTCCGCTGGAACTGGGTGGGCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 AATTGCAGCTGATGACGACTATGGGCGGCCGGGGATTGAGAAATTCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107479 AATTGCAGCTGATGACGACTATGGGCGGCCGGGGATTGAGAAATTCCGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AGGAAGCTGAGGAAAGGGATATCTGCATCGACTTCAGTGAACTCATCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107529 AGGAAGCTGAGGAAAGGGATATCTGCATCGACTTCAGTGAACTCATCTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CAGTACTCTGATGAGGAAGAGATCCAGCATGTGGTAGAGGTGATTCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107579 CAGTACTCTGATGAGGAAGAGATCCAGCATGTGGTAGAGGTGATTCAAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TTCCACGGCCAAAGTCATCGTGGTTTTCTCCAGTGGCCCAGATCTTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107629 TTCCACGGCCAAAGTCATCGTGGTTTTCTCCAGTGGCCCAGATCTTGAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 CCCTCATCAAGGAGATTGTCCGGCGCAATATCACGGGCAAGATCTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107679 CCCTCATCAAGGAGATTGTCCGGCGCAATATCACGGGCAAGATCTGGCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GCCAGCGAGGCCTGGGCCAGCTCCTCCCTGATCGCCATGCCTCAGTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107729 GCCAGCGAGGCCTGGGCCAGCTCCTCCCTGATCGCCATGCCTCAGTACTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CCACGTGGTTGGCGGCACCATTGGATTCGCTCTGAAGGCTGGGCAGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107779 CCACGTGGTTGGCGGCACCATTGGATTCGCTCTGAAGGCTGGGCAGATCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 CAGGCTTCCGGGAATTCCTGAAGAAGGTCCATCCCAGGAAGTCTGTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107829 CAGGCTTCCGGGAATTCCTGAAGAAGGTCCATCCCAGGAAGTCTGTCCAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 AATGGTTTTGCCAAGGAGTTTTGGGAAGAAACATTTAACTGCCACCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107879 AATGGTTTTGCCAAGGAGTTTTGGGAAGAAACATTTAACTGCCACCTCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 AGAAGGTGCAAAAGGACCTTTACCTGTGGACACCTTTCTGAGAGGTCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107929 AGAAGGTGCAAAAGGACCTTTACCTGTGGACACCTTTCTGAGAGGTCACG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 AAGAAAGTGGCGACAGGTTTAGCAACAGCTCGACAGCCTTCCGACCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107979 AAGAAAGTGGCGACAGGTTTAGCAACAGCTCGACAGCCTTCCGACCCCTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 TGTACAGGGGATGAGAACATCAGCAGTGTCGAGACCCCTTACATAGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108029 TGTACAGGGGATGAGAACATCAGCAGTGTCGAGACCCCTTACATAGATTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 CACGCATTTACGGATATCCTACAATGTGTACTTAGCAGTCTACTCCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108079 CACGCATTTACGGATATCCTACAATGTGTACTTAGCAGTCTACTCCATTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 CCCACGCCTTGCAAGATATATATACCTGCTTACCTGGGAGAGGGCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108129 CCCACGCCTTGCAAGATATATATACCTGCTTACCTGGGAGAGGGCTCTTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 ACCAATGGCTCCTGTGCAGACATCAAGAAAGTTGAGGCGTGGCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 108179 ACCAATGGCTCCTGTGCAGACATCAAGAAAGTTGAGGCGTGGCAGGTG..

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1378     GTCCTGAAGCACCTACGGCATCTAAACTTTACAAACAATATGGGGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108229 .TAGGTCCTGAAGCACCTACGGCATCTAAACTTTACAAACAATATGGGGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 AGCAGGTGACCTTTGATGAGTGTGGTGACCTGGTGGGGAACTATTCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121669 AGCAGGTGACCTTTGATGAGTGTGGTGACCTGGTGGGGAACTATTCCATC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 ATCAACTGGCACCTCTCCCCAGAGGATGGCTCCATCGTGTTTAAGGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121719 ATCAACTGGCACCTCTCCCCAGAGGATGGCTCCATCGTGTTTAAGGAAGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 CGGGTATTACAACGTCTATGCCAAGAAGGGAGAAAGACTCTTCATCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121769 CGGGTATTACAACGTCTATGCCAAGAAGGGAGAAAGACTCTTCATCAACG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1574 AGGAGAAAATCCTGTGGAGTGGGTTCTCCAGGGAG         GTGCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 121819 AGGAGAAAATCCTGTGGAGTGGGTTCTCCAGGGAGGTA...CAGGTGCCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 TTCTCCAACTGCAGCCGAGACTGCCTGGCAGGGACCAGGAAAGGGATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127930 TTCTCCAACTGCAGCCGAGACTGCCTGGCAGGGACCAGGAAAGGGATCAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1665 TGAGGGGGAGCCCACCTGCTGCTTTGAGTGTGTGGAGTGTCCTGATGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127980 TGAGGGGGAGCCCACCTGCTGCTTTGAGTGTGTGGAGTGTCCTGATGGGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1715 AGTATAGTGATGAGACAG         ATGCCAGTGCCTGTAACAAGTGC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 128030 AGTATAGTGATGAGACAGGTA...CAGATGCCAGTGCCTGTAACAAGTGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1756 CCAGATGACTTCTGGTCCAATGAGAACCACACCTCCTGCATTGCCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129521 CCAGATGACTTCTGGTCCAATGAGAACCACACCTCCTGCATTGCCAAGGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1806 GATCGAGTTTCTGTCGTGGACGGAGCCCTTTGGGATCGCACTCACCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129571 GATCGAGTTTCTGTCGTGGACGGAGCCCTTTGGGATCGCACTCACCCTCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1856 TTGCCGTGCTGGGCATTTTCCTGACAGCCTTTGTGCTGGGTGTGTTTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129621 TTGCCGTGCTGGGCATTTTCCTGACAGCCTTTGTGCTGGGTGTGTTTATC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1906 AAGTTCCGCAACACACCCATTGTCAAGGCCACCAACCGAGAGCTCTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129671 AAGTTCCGCAACACACCCATTGTCAAGGCCACCAACCGAGAGCTCTCCTA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1956 CCTCCTCCTCTTCTCCCTGCTCTGCTGCTTCTCCAGCTCCCTGTTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129721 CCTCCTCCTCTTCTCCCTGCTCTGCTGCTTCTCCAGCTCCCTGTTCTTCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2006 TCGGGGAGCCCCAGGACTGGACGTGCCGCCTGCGCCAGCCGGCCTTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129771 TCGGGGAGCCCCAGGACTGGACGTGCCGCCTGCGCCAGCCGGCCTTTGGC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2056 ATCAGCTTCGTGCTCTGCATCTCATGCATCCTGGTGAAAACCAACCGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129821 ATCAGCTTCGTGCTCTGCATCTCATGCATCCTGGTGAAAACCAACCGTGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2106 CCTCCTGGTGTTTGAGGCCAAGATCCCCACCAGCTTCCACCGCAAGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129871 CCTCCTGGTGTTTGAGGCCAAGATCCCCACCAGCTTCCACCGCAAGTGGT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2156 GGGGGCTCAACCTGCAGTTCCTGCTGGTTTTCCTCTGCACCTTCATGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129921 GGGGGCTCAACCTGCAGTTCCTGCTGGTTTTCCTCTGCACCTTCATGCAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2206 ATTGTCATCTGTGTGATCTGGCTCTACACCGCGCCCCCCTCAAGCTACCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 129971 ATTGTCATCTGTGTGATCTGGCTCTACACCGCGCCCCCGTCAAGCTACCG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2256 CAACCAGGAGCTGGAGGATGAGATCATCTTCATCACGTGCCACGAGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130021 CAACCAGGAGCTGGAGGATGAGATCATCTTCATCACGTGCCACGAGGGCT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2306 CCCTCATGGCCCTGGGCTTCCTGATCGGCTACACCTGCCTGCTGGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130071 CCCTCATGGCCCTGGGCTTCCTGATCGGCTACACCTGCCTGCTGGCTGCC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2356 ATCTGCTTCTTCTTTGCCTTCAAGTCCCGGAAGCTGCCGGAGAACTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130121 ATCTGCTTCTTCTTTGCCTTCAAGTCCCGGAAGCTGCCGGAGAACTTCAA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2406 TGAAGCCAAGTTCATCACCTTCAGCATGCTCATCTTCTTCATCGTCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130171 TGAAGCCAAGTTCATCACCTTCAGCATGCTCATCTTCTTCATCGTCTGGA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2456 TCTCCTTCATTCCAGCCTATGCCAGCACCTATGGCAAGTTTGTCTCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130221 TCTCCTTCATTCCAGCCTATGCCAGCACCTATGGCAAGTTTGTCTCTGCC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2506 GTAGAGGTGATTGCCATCCTGGCAGCCAGCTTTGGCTTGCTGGCGTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130271 GTAGAGGTGATTGCCATCCTGGCAGCCAGCTTTGGCTTGCTGGCGTGCAT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2556 CTTCTTCAACAAGATCTACATCATTCTCTTCAAGCCATCCCGCAACACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130321 CTTCTTCAACAAGATCTACATCATTCTCTTCAAGCCATCCCGCAACACCA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2606 TCGAGGAGGTGCGTTGCAGCACCGCAGCTCACGCTTTCAAGGTGGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130371 TCGAGGAGGTGCGTTGCAGCACCGCAGCTCACGCTTTCAAGGTGGCTGCC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2656 CGGGCCACGCTGCGCCGCAGCAACGTCTCCCGCAAGCGGTCCAGCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130421 CGGGCCACGCTGCGCCGCAGCAACGTCTCCCGCAAGCGGTCCAGCAGCCT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2706 TGGAGGCTCCACGGGATCCACCCCCTCCTCCTCCATCAGCAGCAAGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130471 TGGAGGCTCCACGGGATCCACCCCCTCCTCCTCCATCAGCAGCAAGAGCA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2756 ACAGCGAAGACCCATTCCCACAGCCCGAGAGGCAGAAGCAGCAGCAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130521 ACAGCGAAGACCCATTCCCACAGCCCGAGAGGCAGAAGCAGCAGCAGCCG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2806 CTGGCCCTAACCCAGCAAGAGCAGCAGCAGCAGCCCCTGACCCTCCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130571 CTGGCCCTAACCCAGCAAGAGCAGCAGCAGCAGCCCCTGACCCTCCCACA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2856 GCAGCAACGATCTCAGCAGCAGCCCAGATGCAAGCAGAAGGTCATCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130621 GCAGCAACGATCTCAGCAGCAGCCCAGATGCAAGCAGAAGGTCATCTTTG

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2906 GCAGCGGCACGGTCACCTTCTCACTGAGCTTTGATGAGCCTCAGAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130671 GCAGCGGCACGGTCACCTTCTCACTGAGCTTTGATGAGCCTCAGAAGAAC

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2956 GCCATGGCCCACAGGAATTCTACGCACCAGAACTCCCTGGAGGCCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130721 GCCATGGCCCACAGGAATTCTACGCACCAGAACTCCCTGGAGGCCCAGAA

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3006 AAGCAGCGATACGCTGACCCGACACCAGCCATTACTCCCGCTGCAGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 130771 AAGCAGCGATACGCTGACCCGACACGAGCCATTACTCCCGCTGCAGTGCG

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3056 GGGAAACGGACTTAGATCTGACCGTCCAGGAAACAGGTCTGCAAGGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130821 GGGAAACGGACTTAGATCTGACCGTCCAGGAAACAGGTCTGCAAGGACCT

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3106 GTGGGTGGAGACCAGCGGCCAGAGGTGGAGGACCCTGAAGAGTTGTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130871 GTGGGTGGAGACCAGCGGCCAGAGGTGGAGGACCCTGAAGAGTTGTCCCC

   3200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3156 AGCACTTGTAGTGTCCAGTTCACAGAGCTTTGTCATCAGTGGTGGAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130921 AGCACTTGTAGTGTCCAGTTCACAGAGCTTTGTCATCAGTGGTGGAGGCA

   3250     .    :    .    :    .
   3206 GCACTGTTACAGAAAACGTAGTGAATTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||
 130971 GCACTGTTACAGAAAACGTAGTGAATTCA