seq1 = pF1KE9544.tfa, 1398 bp
seq2 = pF1KE9544/gi568815579f_45569521.tfa (gi568815579f:45569521_45781932), 212412 bp

>pF1KE9544 1398
>gi568815579f:45569521_45781932 (Chr19)

1-72  (100001-100072)   100% ->
73-172  (101115-101214)   100% ->
173-280  (101765-101872)   100% ->
281-384  (103331-103434)   100% ->
385-488  (104554-104657)   100% ->
489-633  (105162-105306)   100% ->
634-793  (107429-107588)   100% ->
794-854  (107803-107863)   100% ->
855-924  (108190-108259)   100% ->
925-1013  (108386-108474)   100% ->
1014-1152  (108568-108706)   100% ->
1153-1194  (112084-112125)   100% ->
1195-1398  (112209-112412)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTACCTCTCCGATCCTGCAGCTGCTGCTGCGGCTCTCACTGTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACTACCTCTCCGATCCTGCAGCTGCTGCTGCGGCTCTCACTGTGCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGCTGCTCCAGAGGGCGGAG         ACAGGCTCTAAGGGGCAGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100051 GCTGCTGCTCCAGAGGGCGGAGGTG...TAGACAGGCTCTAAGGGGCAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CGGCGGGGGAGCTGTACCAGCGCTGGGAACGGTACCGCAGGGAGTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101134 CGGCGGGGGAGCTGTACCAGCGCTGGGAACGGTACCGCAGGGAGTGCCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGACCTTGGCAGCCGCGGAACCGCCTTCAG         GCCTCGCCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 101184 GAGACCTTGGCAGCCGCGGAACCGCCTTCAGGTG...CAGGCCTCGCCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TAACGGGTCCTTCGATATGTACGTCTGCTGGGACTATGCTGCACCCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101775 TAACGGGTCCTTCGATATGTACGTCTGCTGGGACTATGCTGCACCCAATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCACTGCCCGTGCGTCCTGCCCCTGGTACCTGCCCTGGCACCACCATG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 101825 CCACTGCCCGTGCGTCCTGCCCCTGGTACCTGCCCTGGCACCACCATGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    281        TGGCTGCAGGTTTCGTCCTCCGCCAGTGTGGCAGTGATGGCCA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101875 G...CAGTGGCTGCAGGTTTCGTCCTCCGCCAGTGTGGCAGTGATGGCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ATGGGGACTTTGGAGAGACCATACACAATGTGAGAACCCAGAGAAGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103374 ATGGGGACTTTGGAGAGACCATACACAATGTGAGAACCCAGAGAAGAATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGGCCTTTCTG         GACCAAAGGCTCATCTTGGAGCGGTTGCAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 103424 AGGCCTTTCTGGTA...CAGGACCAAAGGCTCATCTTGGAGCGGTTGCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GTCATGTACACTGTCGGCTACTCCCTGTCTCTCGCCACACTGCTGCTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104584 GTCATGTACACTGTCGGCTACTCCCTGTCTCTCGCCACACTGCTGCTAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCTGCTCATCTTGAGTTTGTTCAG         GCGGCTACATTGCACTA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 104634 CCTGCTCATCTTGAGTTTGTTCAGGTG...TAGGCGGCTACATTGCACTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GAAACTATATCCACATCAACCTGTTCACGTCTTTCATGCTGCGAGCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105179 GAAACTATATCCACATCAACCTGTTCACGTCTTTCATGCTGCGAGCTGCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GCCATTCTCAGCCGAGACCGTCTGCTACCTCGACCTGGCCCCTACCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105229 GCCATTCTCAGCCGAGACCGTCTGCTACCTCGACCTGGCCCCTACCTTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGACCAGGCCCTTGCGCTGTGGAACCAG         GCCCTCGCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 105279 GGACCAGGCCCTTGCGCTGTGGAACCAGGTG...TAGGCCCTCGCTGCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GCCGCACGGCCCAGATCGTGACCCAGTACTGCGTGGGTGCCAACTACACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107442 GCCGCACGGCCCAGATCGTGACCCAGTACTGCGTGGGTGCCAACTACACG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TGGCTGCTGGTGGAGGGCGTCTACCTGCACAGTCTCCTGGTGCTCGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107492 TGGCTGCTGGTGGAGGGCGTCTACCTGCACAGTCTCCTGGTGCTCGTGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGGCTCCGAGGAGGGCCACTTCCGCTACTACCTGCTCCTCGGCTGGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 107542 AGGCTCCGAGGAGGGCCACTTCCGCTACTACCTGCTCCTCGGCTGGGGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    794       GGGCCCCCGCGCTTTTCGTCATTCCCTGGGTGATCGTCAGGTAC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107592 ...CAGGGGCCCCCGCGCTTTTCGTCATTCCCTGGGTGATCGTCAGGTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CTGTACGAGAACACGCA         GTGCTGGGAGCGCAACGAAGTCAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 107847 CTGTACGAGAACACGCAGTG...CAGGTGCTGGGAGCGCAACGAAGTCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GGCCATTTGGTGGATTATACGGACCCCCATCCTCATGACCATCTTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 108214 GGCCATTTGGTGGATTATACGGACCCCCATCCTCATGACCATCTTGGTA.

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    925      ATTAATTTCCTCATTTTTATCCGCATTCTTGGCATTCTCCTGTCC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108264 ..CAGATTAATTTCCTCATTTTTATCCGCATTCTTGGCATTCTCCTGTCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 AAGCTGAGGACACGGCAAATGCGCTGCCGGGATTACCGGCTGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 108431 AAGCTGAGGACACGGCAAATGCGCTGCCGGGATTACCGGCTGAGGTG...

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1014    GCTGGCTCGCTCCACGCTGACGCTGGTGCCCCTGCTGGGTGTCCACG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108565 CAGGCTGGCTCGCTCCACGCTGACGCTGGTGCCCCTGCTGGGTGTCCACG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 AGGTGGTGTTTGCTCCCGTGACAGAGGAACAGGCCCGGGGCGCCCTGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108615 AGGTGGTGTTTGCTCCCGTGACAGAGGAACAGGCCCGGGGCGCCCTGCGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 TTCGCCAAGCTCGGCTTTGAGATCTTCCTCAGCTCCTTCCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 108665 TTCGCCAAGCTCGGCTTTGAGATCTTCCTCAGCTCCTTCCAGGTG...CA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1153  GGCTTCCTGGTCAGCGTCCTCTACTGCTTCATCAACAAGGAG       
        >||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 112083 GGGCTTCCTGGTCAGCGTCCTCTACTGCTTCATCAACAAGGAGGTA...C

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1195   GTGCAGTCGGAGATCCGCCGTGGCTGGCACCACTGCCGCCTGCGCCGC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112207 AGGTGCAGTCGGAGATCCGCCGTGGCTGGCACCACTGCCGCCTGCGCCGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 AGCCTGGGCGAGGAGCAACGCCAGCTCCCGGAGCGCGCCTTCCGGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112257 AGCCTGGGCGAGGAGCAACGCCAGCTCCCGGAGCGCGCCTTCCGGGCCCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 GCCCTCCGGCTCCGGCCCGGGCGAGGTCCCCACCAGCCGCGGCTTGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112307 GCCCTCCGGCTCCGGCCCGGGCGAGGTCCCCACCAGCCGCGGCTTGTCCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 CGGGGACCCTCCCAGGGCCTGGGAATGAGGCCAGCCGGGAGTTGGAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112357 CGGGGACCCTCCCAGGGCCTGGGAATGAGGCCAGCCGGGAGTTGGAAAGT

   1500     .
   1393 TACTGC
        ||||||
 112407 TACTGC