seq1 = pF1KE9529.tfa, 1059 bp
seq2 = pF1KE9529/gi568815584f_96163683.tfa (gi568815584f:96163683_96364741), 201059 bp

>pF1KE9529 1059
>gi568815584f:96163683_96364741 (Chr14)

1-1059  (100001-101059)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCATCATCCTGGCCCCCTCTAGAGCTCCAATCCTCCAACCAGAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCATCATCCTGGCCCCCTCTAGAGCTCCAATCCTCCAACCAGAGCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTCTTCCCTCAAAATGCTACGGCCTGTGACAATGCTCCAGAAGCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTCTTCCCTCAAAATGCTACGGCCTGTGACAATGCTCCAGAAGCCTGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCTGCTGCACAGAGTGCTGCCGACATTTATCATCTCCATCTGTTTCTTC
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACCTGCTGCACAGAGTGCTGCCAACATTTATCATCTCCATCTGTTTCTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCCTCCTAGGGAACCTTTTTGTCCTGTTGGTCTTCCTCCTGCCCCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCCTCCTAGGGAACCTTTTTGTCCTGTTGGTCTTCCTCCTGCCCCGGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCAACTGAACGTGGCAGAAATCTACCTGGCCAACCTGGCAGCCTCTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCAACTGAACGTGGCAGAAATCTACCTGGCCAACCTGGCAGCCTCTGATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGTGTTTGTCTTGGGCTTGCCCTTCTGGGCAGAGAATATCTGGAACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGGTGTTTGTCTTGGGCTTGCCCTTCTGGGCAGAGAATATCTGGAACCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTTAACTGGCCTTTCGGAGCCCTCCTCTGCCGTGTCATCAACGGGGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTTAACTGGCCTTTCGGAGCCCTCCTCTGCCGTGTCATCAACGGGGTCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CAAGGCCAATTTGTTCATCAGCATCTTCCTGGTGGTGGCCATCAGCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CAAGGCCAATTTGTTCATCAGCATCTTCCTGGTGGTGGCCATCAGCCAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACCGCTACCGCGTGCTGGTGCACCCTATGGCCAGCCGGAGGCAGCAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACCGCTACCGCGTGCTGGTGCACCCTATGGCCAGCCGGAGGCAGCAGCGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CGGAGGCAGGCCCGGGTCACCTGCGTGCTCATCTGGGTTGTGGGGGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CGGAGGCAGGCCCGGGTCACCTGCGTGCTCATCTGGGTTGTGGGGGGCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTTGAGCATCCCCACATTCCTGCTGCGATCCATCCAAGCCGTCCCAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTTGAGCATCCCCACATTCCTGCTGCGATCCATCCAAGCCGTCCCAGATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGAACATCACCGCCTGCATCCTGCTCCTCCCCCATGAGGCCTGGCACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGAACATCACCGCCTGCATCCTGCTCCTCCCCCATGAGGCCTGGCACTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCAAGGATTGTGGAGTTAAATATTCTGGGTTTCCTCCTACCACTGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GCAAGGATTGTGGAGTTAAATATTCTGGGTTTCCTCCTACCACTGGCTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GATCGTCTTCTTCAACTACCACATCCTGGCCTCCCTGCGAACGCGGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GATCGTCTTCTTCAACTACCACATCCTGGCCTCCCTGCGAACGCGGGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGGTCAGCAGGACAAGGTGCGGGGGCCGCAAGGATAGCAAGACCACAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AGGTCAGCAGGACAAGGTGCGGGGGCCGCAAGGATAGCAAGACCACAGCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CTGATCCTCACGCTCGTGGTTGCCTTCCTGGTCTGCTGGGCCCCTTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CTGATCCTCACGCTCGTGGTTGCCTTCCTGGTCTGCTGGGCCCCTTACCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CTTCTTTGCCTTCCTGGAATTCTTATTCCAGGTGCAAGCAGTCCGAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CTTCTTTGCCTTCCTGGAATTCTTATTCCAGGTGCAAGCAGTCCGAGGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GCTTTTGGGAGGACTTCATTGACCTGGGCCTGCAATTGGCCAACTTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GCTTTTGGGAGGACTTCATTGACCTGGGCCTGCAATTGGCCAACTTCTTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GCCTTCACTAACAGCTCCCTGAATCCAGTAATTTATGTCTTTGTGGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GCCTTCACTAACAGCTCCCTGAATCCAGTAATTTATGTCTTTGTGGGCCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GCTCTTCAGGACCAAGGTCTGGGAACTTTATAAACAATGCACCCCTAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GCTCTTCAGGACCAAGGTCTGGGAACTTTATAAACAATGCACCCCTAAAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 GTCTTGCTCCAATATCTTCATCCCATAGGAAAGAAATCTTCCAACTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 GTCTTGCTCCAATATCTTCATCCCATAGGAAAGAAATCTTCCAACTTTTC

   1050     .
   1051 TGGCGGAAT
        |||||||||
 101051 TGGCGGAAT