seq1 = pF1KE9528.tfa, 1152 bp
seq2 = pF1KE9528/gi568815594r_163225306.tfa (gi568815594r:163225306_163426554), 201249 bp

>pF1KE9528 1152
>gi568815594r:163225306_163426554 (Chr4)

(complement)

1-699  (100001-100699)   100% ->
700-1152  (100797-101249)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATTCAACATTATTTTCCCAGGTTGAAAATCATTCAGTCCACTCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATTCAACATTATTTTCCCAGGTTGAAAATCATTCAGTCCACTCTAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTTCTCAGAGAAGAATGCCCAGCTTCTGGCTTTTGAAAATGATGATTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTTCTCAGAGAAGAATGCCCAGCTTCTGGCTTTTGAAAATGATGATTGTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATCTGCCCTTGGCCATGATATTTACCTTAGCTCTTGCTTATGGAGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATCTGCCCTTGGCCATGATATTTACCTTAGCTCTTGCTTATGGAGCTGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCATTCTTGGTGTCTCTGGAAACCTGGCCTTGATCATAATCATCTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATCATTCTTGGTGTCTCTGGAAACCTGGCCTTGATCATAATCATCTTGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ACAAAAGGAGATGAGAAATGTTACCAACATCCTGATTGTGAACCTTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ACAAAAGGAGATGAGAAATGTTACCAACATCCTGATTGTGAACCTTTCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCTCAGACTTGCTTGTTGCCATCATGTGTCTCCCCTTTACATTTGTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCTCAGACTTGCTTGTTGCCATCATGTGTCTCCCCTTTACATTTGTCTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ACATTAATGGACCACTGGGTCTTTGGTGAGGCGATGTGTAAGTTGAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ACATTAATGGACCACTGGGTCTTTGGTGAGGCGATGTGTAAGTTGAATCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TTTTGTGCAATGTGTTTCAATCACTGTGTCCATTTTCTCTCTGGTTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TTTTGTGCAATGTGTTTCAATCACTGTGTCCATTTTCTCTCTGGTTCTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TTGCTGTGGAACGACATCAGCTGATAATCAACCCTCGAGGGTGGAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TTGCTGTGGAACGACATCAGCTGATAATCAACCCTCGAGGGTGGAGACCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AATAATAGACATGCTTATGTAGGTATTGCTGTGATTTGGGTCCTTGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AATAATAGACATGCTTATGTAGGTATTGCTGTGATTTGGGTCCTTGCTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGCTTCTTCTTTGCCTTTCCTGATCTACCAAGTAATGACTGATGAGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGCTTCTTCTTTGCCTTTCCTGATCTACCAAGTAATGACTGATGAGCCGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCCAAAATGTAACACTTGATGCGTACAAAGACAAATACGTGTGCTTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TCCAAAATGTAACACTTGATGCGTACAAAGACAAATACGTGTGCTTTGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CAATTTCCATCGGACTCTCATAGGTTGTCTTATACCACTCTCCTCTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CAATTTCCATCGGACTCTCATAGGTTGTCTTATACCACTCTCCTCTTGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GCTGCAGTATTTTGGTCCACTTTGTTTTATATTTATTTGCTACTTCAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100651 GCTGCAGTATTTTGGTCCACTTTGTTTTATATTTATTTGCTACTTCAAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    700         ATATATATACGCCTAAAAAGGAGAAACAACATGATGGACAAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TA...TAGATATATATACGCCTAAAAAGGAGAAACAACATGATGGACAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 ATGAGAGACAATAAGTACAGGTCCAGTGAAACCAAAAGAATCAATATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100839 ATGAGAGACAATAAGTACAGGTCCAGTGAAACCAAAAGAATCAATATCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GCTGCTCTCCATTGTGGTAGCATTTGCAGTCTGCTGGCTCCCTCTTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100889 GCTGCTCTCCATTGTGGTAGCATTTGCAGTCTGCTGGCTCCCTCTTACCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TCTTTAACACTGTGTTTGATTGGAATCATCAGATCATTGCTACCTGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100939 TCTTTAACACTGTGTTTGATTGGAATCATCAGATCATTGCTACCTGCAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CACAATCTGTTATTCCTGCTCTGCCACCTCACAGCAATGATATCCACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100989 CACAATCTGTTATTCCTGCTCTGCCACCTCACAGCAATGATATCCACTTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TGTCAACCCCATATTTTATGGGTTCCTGAACAAAAACTTCCAGAGAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101039 TGTCAACCCCATATTTTATGGGTTCCTGAACAAAAACTTCCAGAGAGACT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TGCAGTTCTTCTTCAACTTTTGTGATTTCCGGTCTCGGGATGATGATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101089 TGCAGTTCTTCTTCAACTTTTGTGATTTCCGGTCTCGGGATGATGATTAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 GAAACAATAGCCATGTCCACGATGCACACAGATGTTTCCAAAACTTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101139 GAAACAATAGCCATGTCCACGATGCACACAGATGTTTCCAAAACTTCTTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 GAAGCAAGCAAGCCCAGTCGCATTTAAAAAAATCAACAACAATGATGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101189 GAAGCAAGCAAGCCCAGTCGCATTTAAAAAAATCAACAACAATGATGATA

   1150     .    :
   1142 ATGAAAAAATC
        |||||||||||
 101239 ATGAAAAAATC