seq1 = pF1KE9527.tfa, 1191 bp
seq2 = pF1KE9527/gi568815593f_76719183.tfa (gi568815593f:76719183_76933798), 214616 bp

>pF1KE9527 1191
>gi568815593f:76719183_76933798 (Chr5)

1-82  (100001-100082)   100% ->
83-1191  (113508-114616)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGGAGCCCCAGCGCGGCGTGGCTGCTGGGGGCCGCCATCCTGCTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGGAGCCCCAGCGCGGCGTGGCTGCTGGGGGCCGCCATCCTGCTAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCCTCTCTCTCCTGCAGTGGCACCATCCAAG         GAACCAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||| ||
 100051 AGCCTCTCTCTCCTGCAGTGGCACCATCCAAGGTG...CAGGAACCAGTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GATCCTCTAAAGGAAGAAGCCTTATTGGTAAGGTTGATGGCACATCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113517 GATCCTCTAAAGGAAGAAGCCTTATTGGTAAGGTTGATGGCACATCCCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTCACTGGAAAAGGAGTTACAGTTGAAACAGTCTTTTCTGTGGATGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113567 GTCACTGGAAAAGGAGTTACAGTTGAAACAGTCTTTTCTGTGGATGAGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTCTGCATCTGTCCTCACTGGAAAACTGACCACTGTCTTCCTTCCAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113617 TTCTGCATCTGTCCTCACTGGAAAACTGACCACTGTCTTCCTTCCAATTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCTACACAATTGTGTTTGTGGTGGGTTTGCCAAGTAACGGCATGGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113667 TCTACACAATTGTGTTTGTGGTGGGTTTGCCAAGTAACGGCATGGCCCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TGGGTCTTTCTTTTCCGAACTAAGAAGAAGCACCCTGCTGTGATTTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113717 TGGGTCTTTCTTTTCCGAACTAAGAAGAAGCACCCTGCTGTGATTTACAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGCCAATCTGGCCTTGGCTGACCTCCTCTCTGTCATCTGGTTCCCCTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113767 GGCCAATCTGGCCTTGGCTGACCTCCTCTCTGTCATCTGGTTCCCCTTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGATTGCCTATCACATACATGGCAACAACTGGATTTATGGGGAAGCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113817 AGATTGCCTATCACATACATGGCAACAACTGGATTTATGGGGAAGCTCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TGTAATGTGCTTATTGGCTTTTTCTATGGCAACATGTACTGTTCCATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113867 TGTAATGTGCTTATTGGCTTTTTCTATGGCAACATGTACTGTTCCATTCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CTTCATGACCTGCCTCAGTGTGCAGAGGTATTGGGTCATCGTGAACCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113917 CTTCATGACCTGCCTCAGTGTGCAGAGGTATTGGGTCATCGTGAACCCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGGGGCACTCCAGGAAGAAGGCAAACATTGCCATTGGCATCTCCCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113967 TGGGGCACTCCAGGAAGAAGGCAAACATTGCCATTGGCATCTCCCTGGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ATATGGCTGCTGATTCTGCTGGTCACCATCCCTTTGTATGTCGTGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 114017 ATATGGCTGCTGATTCTGCTGGTCACCATTCCTTTGTATGTCGTGAAGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GACCATCTTCATTCCTGCCCTGAACATCACGACCTGTCATGATGTTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114067 GACCATCTTCATTCCTGCCCTGAACATCACGACCTGTCATGATGTTTTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CTGAGCAGCTCTTGGTGGGAGACATGTTCAATTACTTCCTCTCTCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114117 CTGAGCAGCTCTTGGTGGGAGACATGTTCAATTACTTCCTCTCTCTGGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 ATTGGGGTCTTTCTGTTCCCAGCCTTCCTCACAGCCTCTGCCTATGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114167 ATTGGGGTCTTTCTGTTCCCAGCCTTCCTCACAGCCTCTGCCTATGTGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GATGATCAGAATGCTGCGATCTTCTGCCATGGATGAAAACTCAGAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114217 GATGATCAGAATGCTGCGATCTTCTGCCATGGATGAAAACTCAGAGAAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 AAAGGAAGAGGGCCATCAAACTCATTGTCTCTGTCCTGGCCATGTACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 114267 AAAGGAAGAGGGCCATCAAACTCATTGTCACTGTCCTGGCCATGTACCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 ATCTGCTTCACTCCTAGTAACCTTCTGCTTGTGGTGCATTATTTTCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114317 ATCTGCTTCACTCCTAGTAACCTTCTGCTTGTGGTGCATTATTTTCTGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TAAGAGCCAGGGCCAGAGCCATGTCTATGCCCTGTACATTGTAGCCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114367 TAAGAGCCAGGGCCAGAGCCATGTCTATGCCCTGTACATTGTAGCCCTCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 GCCTCTCTACCCTTAACAGCTGCATCGACCCCTTTGTCTATTACTTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114417 GCCTCTCTACCCTTAACAGCTGCATCGACCCCTTTGTCTATTACTTTGTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 TCACATGATTTCAGGGATCATGCAAAGAACGCTCTCCTTTGCCGAAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114467 TCACATGATTTCAGGGATCATGCAAAGAACGCTCTCCTTTGCCGAAGTGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CCGCACTGTAAAGCAGATGCAAGTATCCCTCACCTCAAAGAAACACTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114517 CCGCACTGTAAAGCAGATGCAAGTATCCCTCACCTCAAAGAAACACTCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 GGAAATCCAGCTCTTACTCTTCAAGTTCAACCACTGTTAAGACCTCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114567 GGAAATCCAGCTCTTACTCTTCAAGTTCAACCACTGTTAAGACCTCCTAT