seq1 = pF1KE9525.tfa, 1092 bp
seq2 = pF1KE9525/gi568815575f_154233178.tfa (gi568815575f:154233178_154370981), 137804 bp

>pF1KE9525 1092
>gi568815575f:154233178_154370981 (ChrX)

1-112  (24443-24554)   100% ->
113-409  (29535-29831)   98% ->
410-578  (31819-31987)   97% ->
579-744  (33455-33620)   97% ->
745-984  (35175-35414)   95% ->
985-1092  (37697-37804)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCAGCAGTGGAGCCTCCAAAGGCTCGCAGGCCGCCATCCGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  24443 ATGGCCCAGCAGTGGAGCCTCCAAAGGCTCGCAGGCCGCCATCCGCAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCTATGAGGACAGCACCCAGTCCAGCATCTTCACCTACACCAACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  24493 CAGCTATGAGGACAGCACCCAGTCCAGCATCTTCACCTACACCAACAGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACTCCACCAGAG         GCCCCTTCGAAGGCCCGAATTACCACATC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
  24543 ACTCCACCAGAGGTG...CAGGCCCCTTCGAAGGCCCGAATTACCACATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTCCCAGATGGGTGTACCACCTCACCAGTGTCTGGATGATCTTTGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  29564 GCTCCCAGATGGGTGTACCACCTCACCAGTGTCTGGATGATCTTTGTGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CACTGCATCCGTCTTCACAAATGGGCTTGTGCTGGCGGCCACCATGAAGT
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  29614 CATTGCATCCGTCTTCACAAATGGGCTTGTGCTGGCGGCCACCATGAAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCAAGAAGCTGCGCCACCCGCTGAACTGGATCCTGGTGAACCTGGCGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  29664 TCAAGAAGCTGCGCCACCCGCTGAACTGGATCCTGGTGAACCTGGCGGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCTGACCTAGCAGAGACCGTCATCGCCAGCACTATCAGCATTGTGAACCA
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
  29714 GCTGACCTGGCAGAGACCGTCATCGCCAGCACTATCAGCGTTGTGAACCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGTCTCTGGCTACTTCGTGCTGGGCCACCCTATGTGTGTCCTGGAGGGCT
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  29764 GGTCTATGGCTACTTCGTGCTGGGCCACCCTATGTGTGTCCTGGAGGGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ACACCGTCTCCCTGTGTG         GGATCACAGGTCTCTGGTCTCTG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
  29814 ACACCGTCTCCCTGTGTGGTA...TAGGGATCACAGGTCTCTGGTCTCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCCATCATTTCCTGGGAGAGGTGGCTGGTGGTGTGCAAGCCCTTTGGCAA
        |||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||
  31842 GCCATCATTTCCTGGGAGAGATGGATGGTGGTCTGCAAGCCCTTTGGCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGTGAGATTTGATGCCAAGCTGGCCATCGTGGGCATTGCCTTCTCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  31892 TGTGAGATTTGATGCCAAGCTGGCCATCGTGGGCATTGCCTTCTCCTGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCTGGTCTGCTGTGTGGACAGCCCCGCCCATCTTTGGTTGGAGCAG    
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
  31942 TCTGGGCTGCTGTGTGGACAGCCCCGCCCATCTTTGGTTGGAGCAGGTA.

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    579      GTACTGGCCCCACGGCCTGAAGACTTCATGCGGCCCAGACGTGTT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  31992 ..CAGGTACTGGCCCCACGGCCTGAAGACTTCATGCGGCCCAGACGTGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CAGCGGCAGCTCGTACCCCGGGGTGCAGTCTTACATGATTGTCCTCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  33500 CAGCGGCAGCTCGTACCCCGGGGTGCAGTCTTACATGATTGTCCTCATGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TCACCTGCTGCATCATCCCACTC GCTATCATCATGCTCTGCTACCTCCA
        ||||||||||||||| |||||||-||-|||||| ||||||||||||||||
  33550 TCACCTGCTGCATCACCCCACTCAGC ATCATCGTGCTCTGCTACCTCCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    723 AGTGTGGCTGGCCATCCGAGCG         GTGGCAAAGCAGCAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
  33599 AGTGTGGCTGGCCATCCGAGCGGTA...TAGGTGGCAAAGCAGCAGAAAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    764 AGTCTGAATCCACCCAGAAGGCAGAGAAGGAAGTGACGCGCATGGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  35194 AGTCTGAATCCACCCAGAAGGCAGAGAAGGAAGTGACGCGCATGGTGGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    814 GTGATGATCTTTGCGTACTGCGTCTGCTGGGGACCCTACACCTTCTTCGC
        |||||| || | || | |||| ||||||||||||||||| ||||||||||
  35244 GTGATGGTCCTGGCATTCTGCTTCTGCTGGGGACCCTACGCCTTCTTCGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    864 ATGCTTTGCTGCTGCCAACCCTGGTTACGCCTTCCACCCTTTGATGGCTG
        |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||
  35294 ATGCTTTGCTGCTGCCAACCCTGGCTACCCCTTCCACCCTTTGATGGCTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    914 CCCTGCCGGCCTACTTTGCCAAAAGTGCCACTATCTACAACCCCGTTATC
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  35344 CCCTGCCGGCCTTCTTTGCCAAAAGTGCCACTATCTACAACCCCGTTATC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    964 TATGTCTTTATGAACCGGCAG         TTTCGAAACTGCATCTTGCA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
  35394 TATGTCTTTATGAACCGGCAGGTA...CAGTTTCGAAACTGCATCTTGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1005 GCTTTTCGGGAAGAAGGTTGACGATGGCTCTGAACTCTCCAGCGCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  37717 GCTTTTCGGGAAGAAGGTTGACGATGGCTCTGAACTCTCCAGCGCCTCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .
   1055 AAACGGAGGTCTCATCTGTGTCCTCGGTATCGCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  37767 AAACGGAGGTCTCATCTGTGTCCTCGGTATCGCCTGCA