seq1 = pF1KE9525.tfa, 1092 bp
seq2 = pF1KE9525/gi568815575f_154196038.tfa (gi568815575f:154196038_154257619), 61582 bp

>pF1KE9525 1092
>gi568815575f:154196038_154257619 (ChrX)

1-112  (23779-23890)   100% ->
113-409  (28871-29167)   98% ->
410-578  (31155-31323)   97% ->
579-744  (32791-32956)   97% ->
745-984  (34511-34750)   95% ->
985-1092  (37033-37140)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCAGCAGTGGAGCCTCCAAAGGCTCGCAGGCCGCCATCCGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  23779 ATGGCCCAGCAGTGGAGCCTCCAAAGGCTCGCAGGCCGCCATCCGCAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCTATGAGGACAGCACCCAGTCCAGCATCTTCACCTACACCAACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  23829 CAGCTATGAGGACAGCACCCAGTCCAGCATCTTCACCTACACCAACAGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACTCCACCAGAG         GCCCCTTCGAAGGCCCGAATTACCACATC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
  23879 ACTCCACCAGAGGTG...CAGGCCCCTTCGAAGGCCCGAATTACCACATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTCCCAGATGGGTGTACCACCTCACCAGTGTCTGGATGATCTTTGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  28900 GCTCCCAGATGGGTGTACCACCTCACCAGTGTCTGGATGATCTTTGTGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CACTGCATCCGTCTTCACAAATGGGCTTGTGCTGGCGGCCACCATGAAGT
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  28950 CATTGCATCCGTCTTCACAAATGGGCTTGTGCTGGCGGCCACCATGAAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCAAGAAGCTGCGCCACCCGCTGAACTGGATCCTGGTGAACCTGGCGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  29000 TCAAGAAGCTGCGCCACCCGCTGAACTGGATCCTGGTGAACCTGGCGGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCTGACCTAGCAGAGACCGTCATCGCCAGCACTATCAGCATTGTGAACCA
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
  29050 GCTGACCTGGCAGAGACCGTCATCGCCAGCACTATCAGCGTTGTGAACCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGTCTCTGGCTACTTCGTGCTGGGCCACCCTATGTGTGTCCTGGAGGGCT
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  29100 GGTCTATGGCTACTTCGTGCTGGGCCACCCTATGTGTGTCCTGGAGGGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ACACCGTCTCCCTGTGTG         GGATCACAGGTCTCTGGTCTCTG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
  29150 ACACCGTCTCCCTGTGTGGTA...TAGGGATCACAGGTCTCTGGTCTCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCCATCATTTCCTGGGAGAGGTGGCTGGTGGTGTGCAAGCCCTTTGGCAA
        |||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||
  31178 GCCATCATTTCCTGGGAGAGATGGATGGTGGTCTGCAAGCCCTTTGGCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGTGAGATTTGATGCCAAGCTGGCCATCGTGGGCATTGCCTTCTCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  31228 TGTGAGATTTGATGCCAAGCTGGCCATCGTGGGCATTGCCTTCTCCTGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCTGGTCTGCTGTGTGGACAGCCCCGCCCATCTTTGGTTGGAGCAG    
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
  31278 TCTGGGCTGCTGTGTGGACAGCCCCGCCCATCTTTGGTTGGAGCAGGTA.

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    579      GTACTGGCCCCACGGCCTGAAGACTTCATGCGGCCCAGACGTGTT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  31328 ..CAGGTACTGGCCCCACGGCCTGAAGACTTCATGCGGCCCAGACGTGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CAGCGGCAGCTCGTACCCCGGGGTGCAGTCTTACATGATTGTCCTCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  32836 CAGCGGCAGCTCGTACCCCGGGGTGCAGTCTTACATGATTGTCCTCATGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TCACCTGCTGCATCATCCCACTC GCTATCATCATGCTCTGCTACCTCCA
        ||||||||||||||| |||||||-||-|||||| ||||||||||||||||
  32886 TCACCTGCTGCATCACCCCACTCAGC ATCATCGTGCTCTGCTACCTCCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    723 AGTGTGGCTGGCCATCCGAGCG         GTGGCAAAGCAGCAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
  32935 AGTGTGGCTGGCCATCCGAGCGGTA...TAGGTGGCAAAGCAGCAGAAAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    764 AGTCTGAATCCACCCAGAAGGCAGAGAAGGAAGTGACGCGCATGGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  34530 AGTCTGAATCCACCCAGAAGGCAGAGAAGGAAGTGACGCGCATGGTGGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    814 GTGATGATCTTTGCGTACTGCGTCTGCTGGGGACCCTACACCTTCTTCGC
        |||||| || | || | |||| ||||||||||||||||| ||||||||||
  34580 GTGATGGTCCTGGCATTCTGCTTCTGCTGGGGACCCTACGCCTTCTTCGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    864 ATGCTTTGCTGCTGCCAACCCTGGTTACGCCTTCCACCCTTTGATGGCTG
        |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||
  34630 ATGCTTTGCTGCTGCCAACCCTGGCTACCCCTTCCACCCTTTGATGGCTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    914 CCCTGCCGGCCTACTTTGCCAAAAGTGCCACTATCTACAACCCCGTTATC
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  34680 CCCTGCCGGCCTTCTTTGCCAAAAGTGCCACTATCTACAACCCCGTTATC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    964 TATGTCTTTATGAACCGGCAG         TTTCGAAACTGCATCTTGCA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
  34730 TATGTCTTTATGAACCGGCAGGTA...CAGTTTCGAAACTGCATCTTGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1005 GCTTTTCGGGAAGAAGGTTGACGATGGCTCTGAACTCTCCAGCGCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  37053 GCTTTTCGGGAAGAAGGTTGACGATGGCTCTGAACTCTCCAGCGCCTCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .
   1055 AAACGGAGGTCTCATCTGTGTCCTCGGTATCGCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  37103 AAACGGAGGTCTCATCTGTGTCCTCGGTATCGCCTGCA