seq1 = pF1KE9509.tfa, 966 bp
seq2 = pF1KE9509/gi568815587f_18037203.tfa (gi568815587f:18037203_18238168), 200966 bp

>pF1KE9509 966
>gi568815587f:18037203_18238168 (Chr11)

1-966  (100001-100966)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATTCAACCATCCCAGTCTTGGGTACAGAACTGACACCAATCAACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATTCAACCATCCCAGTCTTGGGTACAGAACTGACACCAATCAACGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACGTGAGGAGACTCCTTGCTACAAGCAGACCCTGAGCTTCACGGGGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACGTGAGGAGACTCCTTGCTACAAGCAGACCCTGAGCTTCACGGGGCTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGTGCATCGTTTCCCTTGTCGCGCTGACAGGAAACGCGGTTGTGCTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGTGCATCGTTTCCCTTGTCGCGCTGACAGGAAACGCGGTTGTGCTCTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTCCTGGGCTGCCGCATGCGCAGGAACGCTGTCTCCATCTACATCCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTCCTGGGCTGCCGCATGCGCAGGAACGCTGTCTCCATCTACATCCTCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTGGTCGCGGCCGACTTCCTCTTCCTTAGCGGCCACATTATATGTTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTGGTCGCGGCCGACTTCCTCTTCCTTAGCGGCCACATTATATGTTCGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGTTACGCCTCATCAATATCCGCCATCCCATCTCCAAAATCCTCAGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CGTTACGCCTCATCAATATCCGCCATCCCATCTCCAAAATCCTCAGTCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTGATGACCTTTCCCTACTTTATAGGCCTAAGCATGCTGAGCGCCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTGATGACCTTTCCCTACTTTATAGGCCTAAGCATGCTGAGCGCCATCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CACCGAGCGCTGCCTGTCCATCCTGTGGCCCATCTGGTACCACTGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CACCGAGCGCTGCCTGTCCATCCTGTGGCCCATCTGGTACCACTGCCGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCCCCAGATACCTGTCATCGGTCATGTGTGTCCTGCTCTGGGCCCTGTCC
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCCCCAGATACCTGTCATCAGTCATGTGTGTCCTGCTCTGGGCCCTGTCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTGCTGCGGAGTATCCTGGAGTGGATGTTCTGTGACTTCCTGTTTAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CTGCTGCGGAGTATCCTGGAGTGGATGTTCTGTGACTTCCTGTTTAGTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGCTGATTCTGTTTGGTGTGAAACGTCAGATTTCATTACAATCGCGTGGC
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TGCTAATTCTGTTTGGTGTGAAACGTCAGATTTCATTACAATCGCGTGGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGGTTTTTTTATGTGTGGTTCTCTGTGGGTCCAGCCTGGTCCTGCTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGGTTTTTTTATGTGTGGTTCTCTGTGGGTCCAGCCTGGTCCTGCTGGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AGGATTCTCTGTGGATCCCGGAAGATGCCGCTGACCAGGCTGTACGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AGGATTCTCTGTGGATCCCGGAAGATGCCGCTGACCAGGCTGTACGTGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CATCCTCCTCACAGTGCTGGTCTTCCTCCTCTGTGGCCTGCCCTTTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CATCCTCCTCACAGTGCTGGTCTTCCTCCTCTGTGGCCTGCCCTTTGGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TTCAGTGGGCCCTGTTTTCCAGGATCCACCTGGATTGGAAAGTCTTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TTCAGTGGGCCCTGTTTTCCAGGATCCACCTGGATTGGAAAGTCTTATTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TGTCATGTGCATCTAGTTTCCATTTTCCTGTCCGCTCTTAACAGCAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TGTCATGTGCATCTAGTTTCCATTTTCCTGTCCGCTCTTAACAGCAGTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CAACCCCATCATTTACTTCTTCGTGGGCTCCTTTAGGCAGCGTCAAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CAACCCCATCATTTACTTCTTCGTGGGCTCCTTTAGGCAGCGTCAAAATA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GGCAGAACCTGAAGCTGGTTCTCCAGAGGGCTCTGCAGGACACGCCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GGCAGAACCTGAAGCTGGTTCTCCAGAGGGCTCTGCAGGACACGCCTGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GTGGATGAAGGTGGAGGGTGGCTTCCTCAGGAAACCCTGGAGCTGTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GTGGATGAAGGTGGAGGGTGGCTTCCTCAGGAAACCCTGGAGCTGTCGGG

    950     .    :    .
    951 AAGCAGATTGGAGCAG
        ||||||||||||||||
 100951 AAGCAGATTGGAGCAG