seq1 = pF1KE9503.tfa, 1152 bp
seq2 = pF1KE9503/gi568815579f_3078793.tfa (gi568815579f:3078793_3279944), 201152 bp

>pF1KE9503 1152
>gi568815579f:3078793_3279944 (Chr19)

1-1152  (100001-101152)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACGCCACGGGGACCCCGGTGGCCCCCGAGTCCTGCCAACAGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACGCCACGGGGACCCCGGTGGCCCCCGAGTCCTGCCAACAGCTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCGGCGGGCACAGCCGGCTCATTGTTCTGCACTACAACCACTCGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCGGCGGGCACAGCCGGCTCATTGTTCTGCACTACAACCACTCGGGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGCTGGCCGGGCGCGGGGGGCCGGAGGATGGCGGCCTGGGGGCCCTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGCTGGCCGGGCGCGGGGGGCCGGAGGATGGCGGCCTGGGGGCCCTGCGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGCTGTCGGTGGCCGCCAGCTGCCTGGTGGTGCTGGAGAACTTGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGGCTGTCGGTGGCCGCCAGCTGCCTGGTGGTGCTGGAGAACTTGCTGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCTGGCGGCCATCACCAGCCACATGCGGTCGCGACGCTGGGTCTACTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCTGGCGGCCATCACCAGCCACATGCGGTCGCGACGCTGGGTCTACTATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCCTGGTGAACATCACGCTGAGTGACCTGCTCACGGGCGCGGCCTACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCCTGGTGAACATCACGCTGAGTGACCTGCTCACGGGCGCGGCCTACCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCCAACGTGCTGCTGTCGGGGGCCCGCACCTTCCGTCTGGCGCCTGCCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 100301 GCCAACGTGCTGCTGTCGGGGGCCCGCACCTTCCGTCTGGCGCCCGCCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GTGGTTCCTACGGGAGGGCCTGCTCTTCACCGCCCTGGCCGCCTCCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GTGGTTCCTACGGGAGGGCCTGCTCTTCACCGCCCTGGCCGCCTCCACCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCAGCCTGCTCTTCACTGCAGGGGAGCGCTTTGCCACCATGGTGCGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCAGCCTGCTCTTCACTGCAGGGGAGCGCTTTGCCACCATGGTGCGGCCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GTGGCCGAGAGCGGGGCCACCAAGACCAGCCGCGTCTACGGCTTCATCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GTGGCCGAGAGCGGGGCCACCAAGACCAGCCGCGTCTACGGCTTCATCGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCTCTGCTGGCTGCTGGCCGCGCTGCTGGGGATGCTGCCTTTGCTGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCTCTGCTGGCTGCTGGCCGCGCTGCTGGGGATGCTGCCTTTGCTGGGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GGAACTGCCTGTGCGCCTTTGACCGCTGCTCCAGCCTTCTGCCCCTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GGAACTGCCTGTGCGCCTTTGACCGCTGCTCCAGCCTTCTGCCCCTCTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TCCAAGCGCTACATCCTCTTCTGCCTGGTGATCTTCGCCGGCGTCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TCCAAGCGCTACATCCTCTTCTGCCTGGTGATCTTCGCCGGCGTCCTGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CACCATCATGGGCCTCTATGGGGCCATCTTCCGCCTGGTGCAGGCCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CACCATCATGGGCCTCTATGGGGCCATCTTCCGCCTGGTGCAGGCCAGCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GGCAGAAGGCCCCACGCCCAGCGGCCCGCCGCAAGGCCCGCCGCCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GGCAGAAGGCCCCACGCCCAGCGGCCCGCCGCAAGGCCCGCCGCCTGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AAGACGGTGCTGATGATCCTGCTGGCCTTCCTGGTGTGCTGGGGCCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AAGACGGTGCTGATGATCCTGCTGGCCTTCCTGGTGTGCTGGGGCCCACT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CTTCGGGCTGCTGCTGGCCGACGTCTTTGGCTCCAACCTCTGGGCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CTTCGGGCTGCTGCTGGCCGACGTCTTTGGCTCCAACCTCTGGGCCCAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 AGTACCTGCGGGGCATGGACTGGATCCTGGCCCTGGCCGTCCTCAACTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 AGTACCTGCGGGGCATGGACTGGATCCTGGCCCTGGCCGTCCTCAACTCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GCGGTCAACCCCATCATCTACTCCTTCCGCAGCAGGGAGGTGTGCAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GCGGTCAACCCCATCATCTACTCCTTCCGCAGCAGGGAGGTGTGCAGAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CGTGCTCAGCTTCCTCTGCTGCGGGTGTCTCCGGCTGGGCATGCGAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CGTGCTCAGCTTCCTCTGCTGCGGGTGTCTCCGGCTGGGCATGCGAGGGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CCGGGGACTGCCTGGCCCGGGCCGTCGAGGCTCACTCCGGAGCTTCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 CCGGGGACTGCCTGGCCCGGGCCGTCGAGGCTCACTCCGGAGCTTCCACC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 ACCGACAGCTCTCTGAGGCCAAGGGACAGCTTTCGCGGCTCCCGCTCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 ACCGACAGCTCTCTGAGGCCAAGGGACAGCTTTCGCGGCTCCCGCTCGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CAGCTTTCGGATGCGGGAGCCCCTGTCCAGCATCTCCAGCGTGCGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CAGCTTTCGGATGCGGGAGCCCCTGTCCAGCATCTCCAGCGTGCGGAGCA

   1150 
   1151 TC
        ||
 101151 TC