seq1 = pF1KE9459.tfa, 1587 bp
seq2 = pF1KE9459/gi568815597r_167985534.tfa (gi568815597r:167985534_168204850), 219317 bp

>pF1KE9459 1587
>gi568815597r:167985534_168204850 (Chr1)

(complement)

1-374  (100001-100374)   100% ->
375-1099  (107619-108343)   100% ->
1100-1204  (114183-114287)   100% ->
1205-1324  (117147-117266)   100% ->
1325-1587  (119055-119317)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCCTCAACTCCTCCCTCAGCTGCAGGAAGGAGCTGAGTAATCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCCTCAACTCCTCCCTCAGCTGCAGGAAGGAGCTGAGTAATCTCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGAGGAGGAGGGTGGCGAAGGGGGCGTCATCATCACCCAGTTCATCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGAGGAGGAGGGTGGCGAAGGGGGCGTCATCATCACCCAGTTCATCGCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCATTGTCATCACCATTTTTGTCTGCCTGGGAAACCTGGTCATCGTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCATTGTCATCACCATTTTTGTCTGCCTGGGAAACCTGGTCATCGTGGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACCTTGTACAAGAAGTCCTACCTCCTCACCCTCAGCAACAAGTTCGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACCTTGTACAAGAAGTCCTACCTCCTCACCCTCAGCAACAAGTTCGTCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAGCCTGACTCTGTCCAACTTCCTGCTGTCCGTGTTGGTGCTGCCTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAGCCTGACTCTGTCCAACTTCCTGCTGTCCGTGTTGGTGCTGCCTTTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGTGACGAGCTCCATCCGCAGGGAATGGATCTTTGGTGTAGTGTGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGGTGACGAGCTCCATCCGCAGGGAATGGATCTTTGGTGTAGTGTGGTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AACTTCTCTGCCCTCCTCTACCTGCTGATCAGCTCTGCCAGCATGCTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AACTTCTCTGCCCTCCTCTACCTGCTGATCAGCTCTGCCAGCATGCTAAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCTCGGGGTCATTGCCATCGACCG         CTACTATGCTGTCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100351 CCTCGGGGTCATTGCCATCGACCGGTA...TAGCTACTATGCTGTCCTGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ACCCCATGGTGTACCCCATGAAGATCACAGGGAACCGGGCTGTGATGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107636 ACCCCATGGTGTACCCCATGAAGATCACAGGGAACCGGGCTGTGATGGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CTTGTCTACATCTGGCTTCACTCGCTCATCGGCTGCCTGCCACCCCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107686 CTTGTCTACATCTGGCTTCACTCGCTCATCGGCTGCCTGCCACCCCTGTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TGGTTGGTCATCCGTGGAGTTTGACGAGTTCAAATGGATGTGTGTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107736 TGGTTGGTCATCCGTGGAGTTTGACGAGTTCAAATGGATGTGTGTGGCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CTTGGCACCGGGAGCCTGGCTACACGGCCTTCTGGCAGATCTGGTGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107786 CTTGGCACCGGGAGCCTGGCTACACGGCCTTCTGGCAGATCTGGTGTGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CTCTTCCCCTTTCTGGTCATGCTGGTGTGCTATGGCTTCATCTTCCGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107836 CTCTTCCCCTTTCTGGTCATGCTGGTGTGCTATGGCTTCATCTTCCGCGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GGCCAGGGTCAAGGCACGCAAGGTGCACTGTGGCACAGTCGTCATCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107886 GGCCAGGGTCAAGGCACGCAAGGTGCACTGTGGCACAGTCGTCATCGTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AGGAGGATGCTCAGAGGACCGGGAGGAAGAACTCCAGCACCTCCACCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107936 AGGAGGATGCTCAGAGGACCGGGAGGAAGAACTCCAGCACCTCCACCTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TCTTCAGGCAGCAGGAGGAATGCCTTTCAGGGTGTGGTCTACTCGGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107986 TCTTCAGGCAGCAGGAGGAATGCCTTTCAGGGTGTGGTCTACTCGGCCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CCAGTGCAAAGCCCTCATCACCATCCTGGTGGTCCTCGGTGCCTTCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108036 CCAGTGCAAAGCCCTCATCACCATCCTGGTGGTCCTCGGTGCCTTCATGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TCACCTGGGGCCCCTACATGGTTGTCATCGCCTCTGAGGCCCTCTGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108086 TCACCTGGGGCCCCTACATGGTTGTCATCGCCTCTGAGGCCCTCTGGGGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 AAAAGCTCCGTCTCCCCGAGCCTGGAGACTTGGGCCACATGGCTGTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108136 AAAAGCTCCGTCTCCCCGAGCCTGGAGACTTGGGCCACATGGCTGTCCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TGCCAGCGCTGTCTGCCACCCCCTGATCTATGGACTCTGGAACAAGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108186 TGCCAGCGCTGTCTGCCACCCCCTGATCTATGGACTCTGGAACAAGACAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TTCGCAAAGAACTACTGGGCATGTGCTTTGGGGACCGGTATTATCGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108236 TTCGCAAAGAACTACTGGGCATGTGCTTTGGGGACCGGTATTATCGGGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 CCATTTGTGCAACGACAGAGGACTTCCAGGCTCTTCAGCATTTCCAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108286 CCATTTGTGCAACGACAGAGGACTTCCAGGCTCTTCAGCATTTCCAACAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 GATCACAG         ACCTGGGCCTGTCCCCACACCTCACTGCGCTCA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 108336 GATCACAGGTA...CAGACCTGGGCCTGTCCCCACACCTCACTGCGCTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 TGGCAGGTGGACAGCCCCTGGGGCACAGCAGCAGCACGGGGGACACTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114216 TGGCAGGTGGACAGCCCCTGGGGCACAGCAGCAGCACGGGGGACACTGGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 TTCAGCTGCTCCCAGGACTCAG         GGACAGATATGATGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 114266 TTCAGCTGCTCCCAGGACTCAGGTA...TAGGGACAGATATGATGCTGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 TGAGGACTACACGTCTGATGACAACCCTCCCTCTCACTGCACTTGCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117166 TGAGGACTACACGTCTGATGACAACCCTCCCTCTCACTGCACTTGCCCAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 CCAAGAGAAGGAGCTCGGTGACATTTGAGGATGAAGTGGAACAAATCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117216 CCAAGAGAAGGAGCTCGGTGACATTTGAGGATGAAGTGGAACAAATCAAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 G         AAGCTGCCAAGAACTCGATTCTTCATGTGAAAGCTGAAGT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117266 GGTT...CAGAAGCTGCCAAGAACTCGATTCTTCATGTGAAAGCTGAAGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 ACACAAGTCCTTGGACAGTTACGCAGCAAGCTTGGCCAAAGCCATTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119095 ACACAAGTCCTTGGACAGTTACGCAGCAAGCTTGGCCAAAGCCATTGAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 CCGAAGCCAAAATCAACTTATTTGGGGAGGAGGCTTTGCCAGGGGTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119145 CCGAAGCCAAAATCAACTTATTTGGGGAGGAGGCTTTGCCAGGGGTCTTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 GTTACAGCACGGACTGTCCCGGGGGGCGGCTTCGGGGGCCGCCGAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119195 GTTACAGCACGGACTGTCCCGGGGGGCGGCTTCGGGGGCCGCCGAGGCAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 CAGAACTCTTGTGAGCCAGAGGCTGCAGTTGCAGAGCATCGAAGAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119245 CAGAACTCTTGTGAGCCAGAGGCTGCAGTTGCAGAGCATCGAAGAAGGAG

   1600     .    :    .    :
   1565 ATGTTTTAGCTGCCGAGCAGAGA
        |||||||||||||||||||||||
 119295 ATGTTTTAGCTGCCGAGCAGAGA