seq1 = pF1KE9456.tfa, 2085 bp
seq2 = pF1KE9456/gi568815592f_47607246.tfa (gi568815592f:47607246_47818439), 211194 bp

>pF1KE9456 2085
>gi568815592f:47607246_47818439 (Chr6)

1-93  (100001-100093)   100% ->
94-148  (100979-101033)   100% ->
149-300  (103490-103641)   100% ->
301-552  (105112-105363)   100% ->
553-1932  (106553-107932)   100% ->
1933-1974  (109561-109602)   100% ->
1975-2034  (110047-110106)   100% ->
2035-2085  (111144-111194)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAAATGAAGTCCCAGGCAACCATGATTTGCTGCTTAGTGTTCTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAAATGAAGTCCCAGGCAACCATGATTTGCTGCTTAGTGTTCTTTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTCCACAGAATGTTCCCACTATAGATCCAAGATTCACCTAAAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100051 GTCCACAGAATGTTCCCACTATAGATCCAAGATTCACCTAAAAGTA...C

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     94   GCTGGAGATAAACTTCAAAGCCCTGAAGGGAAACCCAAGACTGGAAGG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100977 AGGCTGGAGATAAACTTCAAAGCCCTGAAGGGAAACCCAAGACTGGAAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATCCAAG         AGAAATGCGAAGGACCTTGTATTTCTTCTTCCAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101027 ATCCAAGGTA...TAGAGAAATGCGAAGGACCTTGTATTTCTTCTTCCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTGCAGCCAGCCCTGTGCTAAGGACTTTCATGGAGAAATAGGATTTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103524 CTGCAGCCAGCCCTGTGCTAAGGACTTTCATGGAGAAATAGGATTTACAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTAATCAAAAAAAGTGGCAAAAATCAGCTGAAACATGTACAAGCCTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103574 GTAATCAAAAAAAGTGGCAAAAATCAGCTGAAACATGTACAAGCCTTTCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTGGAAAAACTCTTTAAG         GACTCAACTGGTGCATCTCGCCT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 103624 GTGGAAAAACTCTTTAAGGTG...CAGGACTCAACTGGTGCATCTCGCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TTCTGTAGCAGCACCATCTATACCTCTGCATATTCTAGACTTTCGAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105135 TTCTGTAGCAGCACCATCTATACCTCTGCATATTCTAGACTTTCGAGCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CAGAGACCATTGAGAGTGTAGCTCAAGGAATCCGTAAGAACTGCCCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105185 CAGAGACCATTGAGAGTGTAGCTCAAGGAATCCGTAAGAACTGCCCCTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GATTATGCCTGCATCACTGACATGGTGAAATCATCAGAAACAACATCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105235 GATTATGCCTGCATCACTGACATGGTGAAATCATCAGAAACAACATCTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AAATATTGCATTTATAGTGGAGTTATTAAAAAATATTTCTACAGACTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105285 AAATATTGCATTTATAGTGGAGTTATTAAAAAATATTTCTACAGACTTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CTGATAATGTTACTCGAGAGAAAATGAAG         AGCTATAGTGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 105335 CTGATAATGTTACTCGAGAGAAAATGAAGGTA...CAGAGCTATAGTGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTGGCCAACCACATCCTCGACACAGCAGCCATTTCAAACTGGGCTTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106565 GTGGCCAACCACATCCTCGACACAGCAGCCATTTCAAACTGGGCTTTCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TCCCAACAAAAATGCCAGCTCGGATTTGTTGCAGTCAGTGAATTTGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106615 TCCCAACAAAAATGCCAGCTCGGATTTGTTGCAGTCAGTGAATTTGTTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CCAGACAACTCCACATCCACAATAATTCTGAGAACATTGTGAATGAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106665 CCAGACAACTCCACATCCACAATAATTCTGAGAACATTGTGAATGAACTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TTCATTCAGACAAAAGGGTTTCACATCAACCATAATACCTCAGAGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106715 TTCATTCAGACAAAAGGGTTTCACATCAACCATAATACCTCAGAGAAAAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CCTCAATTTCTCCATGAGCATGAACAATACCACAGAAGATATCTTAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106765 CCTCAATTTCTCCATGAGCATGAACAATACCACAGAAGATATCTTAGGAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TGGTACAGATTCCCAGGCAAGAGCTAAGGAAGCTGTGGCCAAATGCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106815 TGGTACAGATTCCCAGGCAAGAGCTAAGGAAGCTGTGGCCAAATGCATCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CAAGCCATTAGCATAGCTTTCCCAACCTTGGGGGCTATCCTGAGAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106865 CAAGCCATTAGCATAGCTTTCCCAACCTTGGGGGCTATCCTGAGAGAAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CCACTTGCAAAATGTGAGTCTTCCCAGACAGGTAAATGGTCTGGTGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106915 CCACTTGCAAAATGTGAGTCTTCCCAGACAGGTAAATGGTCTGGTGCTAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 CAGTGGTTTTACCAGAAAGGTTGCAAGAAATCATACTCACCTTCGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106965 CAGTGGTTTTACCAGAAAGGTTGCAAGAAATCATACTCACCTTCGAAAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 ATCAATAAAACCCGCAATGCCAGAGCCCAGTGTGTTGGCTGGCACTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107015 ATCAATAAAACCCGCAATGCCAGAGCCCAGTGTGTTGGCTGGCACTCCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 GAAAAGGAGATGGGATGAGAAAGCGTGCCAAATGATGTTGGATATCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107065 GAAAAGGAGATGGGATGAGAAAGCGTGCCAAATGATGTTGGATATCAGGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 ACGAAGTGAAATGCCGCTGTAACTACACCAGTGTGGTGATGTCTTTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107115 ACGAAGTGAAATGCCGCTGTAACTACACCAGTGTGGTGATGTCTTTTTCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 ATTCTCATGTCCTCCAAATCGATGACCGACAAAGTTCTGGACTACATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107165 ATTCTCATGTCCTCCAAATCGATGACCGACAAAGTTCTGGACTACATCAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 CTGCATTGGGCTCAGCGTCTCAATCCTAAGCTTGGTTCTTTGCCTGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107215 CTGCATTGGGCTCAGCGTCTCAATCCTAAGCTTGGTTCTTTGCCTGATCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 TTGAAGCCACAGTGTGGTCCCGGGTGGTTGTGACGGAGATATCATACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107265 TTGAAGCCACAGTGTGGTCCCGGGTGGTTGTGACGGAGATATCATACATG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 CGTCACGTGTGCATCGTGAATATAGCAGTGTCCCTTCTGACTGCCAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107315 CGTCACGTGTGCATCGTGAATATAGCAGTGTCCCTTCTGACTGCCAATGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 GTGGTTTATCATAGGCTCTCACTTTAACATTAAGGCCCAGGACTACAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107365 GTGGTTTATCATAGGCTCTCACTTTAACATTAAGGCCCAGGACTACAACA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 TGTGTGTTGCAGTGACATTTTTCAGCCACTTTTTCTACCTCTCTCTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107415 TGTGTGTTGCAGTGACATTTTTCAGCCACTTTTTCTACCTCTCTCTGTTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 TTCTGGATGCTCTTCAAAGCATTGCTCATCATTTATGGAATATTGGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107465 TTCTGGATGCTCTTCAAAGCATTGCTCATCATTTATGGAATATTGGTCAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 TTTCCGTAGGATGATGAAGTCCCGAATGATGGTCATTGGCTTTGCCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107515 TTTCCGTAGGATGATGAAGTCCCGAATGATGGTCATTGGCTTTGCCATTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 GCTATGGGTGCCCATTGATCATTGCTGTCACTACAGTTGCTATCACAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107565 GCTATGGGTGCCCATTGATCATTGCTGTCACTACAGTTGCTATCACAGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 CCAGAGAAAGGCTACATGAGACCTGAGGCCTGTTGGCTTAACTGGGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107615 CCAGAGAAAGGCTACATGAGACCTGAGGCCTGTTGGCTTAACTGGGACAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1665 TACCAAAGCCCTTTTAGCATTTGCCATCCCGGCGTTCGTCATTGTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107665 TACCAAAGCCCTTTTAGCATTTGCCATCCCGGCGTTCGTCATTGTGGCTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1715 TAAATCTGATTGTGGTTTTGGTTGTTGCTGTCAACACTCAGAGGCCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107715 TAAATCTGATTGTGGTTTTGGTTGTTGCTGTCAACACTCAGAGGCCCTCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1765 ATTGGCAGTTCCAAGTCTCAGGATGTGGTCATAATTATGAGGATCAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107765 ATTGGCAGTTCCAAGTCTCAGGATGTGGTCATAATTATGAGGATCAGCAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1815 AAATGTTGCCATCCTCACTCCACTGCTGGGACTGACCTGGGGTTTTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107815 AAATGTTGCCATCCTCACTCCACTGCTGGGACTGACCTGGGGTTTTGGAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1865 TAGCCACTCTCATAGAAGGCACTTCCTTGACGTTCCATATAATTTTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107865 TAGCCACTCTCATAGAAGGCACTTCCTTGACGTTCCATATAATTTTTGCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1915 TTGCTCAATGCTTTCCAG         GGTTTTTTCATCCTGCTGTTTGG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 107915 TTGCTCAATGCTTTCCAGGTA...CAGGGTTTTTTCATCCTGCTGTTTGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1956 AACCATTATGGATCACAAG         ATAAGAGATGCTTTGAGGATGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 109584 AACCATTATGGATCACAAGGTA...TAGATAAGAGATGCTTTGAGGATGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1997 GGATGTCTTCACTGAAGGGGAAATCGAGGGCAGCTGAG         AAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 110069 GGATGTCTTCACTGAAGGGGAAATCGAGGGCAGCTGAGGTA...TAGAAT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2038 GCATCACTAGGCCCAACCAATGGATCTAAATTAATGAATCGTCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111147 GCATCACTAGGCCCAACCAATGGATCTAAATTAATGAATCGTCAAGGA