seq1 = pF1KE9452.tfa, 1956 bp
seq2 = pF1KE9452/gi568815579r_14519436.tfa (gi568815579r:14519436_14768858), 249423 bp

>pF1KE9452 1956
>gi568815579r:14519436_14768858 (Chr19)

(complement)

1-25  (94089-94113)   100% ->
26-76  (100007-100057)   100% ->
77-199  (105319-105441)   100% ->
200-355  (106741-106896)   100% ->
356-393  (110309-110346)   97% ->
394-577  (113694-113877)   100% ->
578-697  (117655-117774)   100% ->
698-882  (121494-121678)   100% ->
883-1050  (124584-124751)   100% ->
1051-1248  (127243-127440)   99% ->
1249-1484  (130519-130754)   100% ->
1485-1551  (135557-135623)   100% ->
1552-1643  (135847-135938)   100% ->
1644-1812  (138652-138820)   100% ->
1813-1920  (143260-143367)   100% ->
1921-1956  (149388-149423)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGGGACCATTGCTTCTTCCAG         GCCTCTGCTTTCTGCT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
  94089 ATGCAGGGACCATTGCTTCTTCCAGGTA...CAGGCCTCTGCTTTCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GAGCCTCTTTGGAGCTGTGACTCAGAAAACCAAAA         CTTCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100023 GAGCCTCTTTGGAGCTGTGACTCAGAAAACCAAAAGTG...CAGCTTCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 GTGCTAAGTGCCCCCCAAATGCTTCCTGTGTCAATAACACTCACTGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105325 GTGCTAAGTGCCCCCCAAATGCTTCCTGTGTCAATAACACTCACTGCACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TGCAACCATGGATATACTTCTGGATCTGGGCAGAAACTATTCACATTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105375 TGCAACCATGGATATACTTCTGGATCTGGGCAGAAACTATTCACATTCCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTTGGAGACATGTAACG         ACATTAATGAATGTACACCACCCT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 105425 CTTGGAGACATGTAACGGTA...CAGACATTAATGAATGTACACCACCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 ATAGTGTATATTGTGGATTTAACGCTGTGTGTTACAATGTCGAAGGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106765 ATAGTGTATATTGTGGATTTAACGCTGTGTGTTACAATGTCGAAGGAAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TTCTACTGTCAATGTGTCCCAGGATATAGACTGCATTCTGGGAATGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106815 TTCTACTGTCAATGTGTCCCAGGATATAGACTGCATTCTGGGAATGAACA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ATTCAGTAATTCCAATGAGAACACCTGTCAGG         ACACCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 106865 ATTCAGTAATTCCAATGAGAACACCTGTCAGGGTA...CAGACACCACCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CCTCAAAGACAACCCAGGGCAGGAAAGAG         CTGCAAAAGATT
        |||||||||||||| ||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 110318 CCTCAAAGACAACCGAGGGCAGGAAAGAGGTG...AAGCTGCAAAAGATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GTGGACAAATTTGAGTCACTTCTCACCAATCAGACTTTATGGAGAACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113706 GTGGACAAATTTGAGTCACTTCTCACCAATCAGACTTTATGGAGAACAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AGGGAGACAAGAAATCTCATCCACAGCTACCACTATTCTCCGGGATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113756 AGGGAGACAAGAAATCTCATCCACAGCTACCACTATTCTCCGGGATGTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AATCGAAAGTTCTAGAAACTGCCTTGAAAGATCCAGAACAAAAAGTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113806 AATCGAAAGTTCTAGAAACTGCCTTGAAAGATCCAGAACAAAAAGTCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AAAATCCAAAACGATAGTGTAG         CTATTGAAACTCAAGCGAT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 113856 AAAATCCAAAACGATAGTGTAGGTA...CAGCTATTGAAACTCAAGCGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TACAGACAATTGCTCTGAAGAAAGAAAGACATTCAACTTGAACGTCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117674 TACAGACAATTGCTCTGAAGAAAGAAAGACATTCAACTTGAACGTCCAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TGAACTCAATGGACATCCGTTGCAGTGACATCATCCAGGGAGACACACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117724 TGAACTCAATGGACATCCGTTGCAGTGACATCATCCAGGGAGACACACAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 G         GTCCCAGTGCCATTGCCTTTATCTCATATTCTTCTCTTGG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117774 GGTA...CAGGTCCCAGTGCCATTGCCTTTATCTCATATTCTTCTCTTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AAACATCATAAATGCAACTTTTTTTGAAGAGATGGATAAGAAAGATCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121534 AAACATCATAAATGCAACTTTTTTTGAAGAGATGGATAAGAAAGATCAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TGTATCTGAACTCTCAGGTTGTGAGTGCTGCTATTGGACCCAAAAGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121584 TGTATCTGAACTCTCAGGTTGTGAGTGCTGCTATTGGACCCAAAAGGAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GTGTCTCTCTCCAAGTCTGTGACGCTGACTTTCCAGCACGTGAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 121634 GTGTCTCTCTCCAAGTCTGTGACGCTGACTTTCCAGCACGTGAAGGTG..

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883     ATGACCCCCAGTACCAAAAAGGTCTTCTGTGTCTACTGGAAGAGCA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121684 .CAGATGACCCCCAGTACCAAAAAGGTCTTCTGTGTCTACTGGAAGAGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CAGGGCAGGGCAGCCAGTGGTCCAGGGATGGCTGCTTCCTGATACACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124630 CAGGGCAGGGCAGCCAGTGGTCCAGGGATGGCTGCTTCCTGATACACGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AACAAGAGTCACACCATGTGTAATTGCAGTCACCTGTCCAGCTTCGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124680 AACAAGAGTCACACCATGTGTAATTGCAGTCACCTGTCCAGCTTCGCTGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CCTGATGGCCCTGACCAGCCAG         GAGGAGGATCCCGTGCTGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 124730 CCTGATGGCCCTGACCAGCCAGGTA...CAGGAGGAGGATCCCGTGCTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CTGTCATCACCTACGTGGGGCTGAGCGTCTCTCTGCTGTGCCTCCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127262 CTGTCATCACCTACGTGGGGCTGAGCGTCTCTCTGCTGTGCCTCCTCCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GCGGCCCTCACTTTTCTCCTGTGTAAAGCCATCCAGAACACCAGCACCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 127312 GCGGCCCTCACTTTTCTCCTGTGTAAAGCCATCCGGAACACCAGCACCTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 ACTGCATCTGCAGCTCTCGCTCTGCCTCTTCCTGGCCCACCTCCTCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127362 ACTGCATCTGCAGCTCTCGCTCTGCCTCTTCCTGGCCCACCTCCTCTTCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TCGTGGGGATTGATCGAACTGAACCCAAG         GTGCTGTGCTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 127412 TCGTGGGGATTGATCGAACTGAACCCAAGGTA...CAGGTGCTGTGCTCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 ATCATCGCCGGTGCTTTGCACTATCTCTACCTGGCCGCCTTCACCTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130531 ATCATCGCCGGTGCTTTGCACTATCTCTACCTGGCCGCCTTCACCTGGAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GCTGCTGGAGGGTGTGCACCTCTTCCTCACTGCACGGAACCTGACAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130581 GCTGCTGGAGGGTGTGCACCTCTTCCTCACTGCACGGAACCTGACAGTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TCAACTACTCAAGCATCAATAGACTCATGAAGTGGATCATGTTCCCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130631 TCAACTACTCAAGCATCAATAGACTCATGAAGTGGATCATGTTCCCAGTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GGCTATGGCGTTCCCGCTGTGACTGTGGCCATTTCTGCAGCCTCCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130681 GGCTATGGCGTTCCCGCTGTGACTGTGGCCATTTCTGCAGCCTCCTGGCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 TCACCTTTATGGAACTGCTGATCG         ATGCTGGCTCCACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 130731 TCACCTTTATGGAACTGCTGATCGGTG...TAGATGCTGGCTCCACCTGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 ACCAGGGATTCATGTGGAGTTTCCTTGGCCCAGTCTGTGCCATTTTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135574 ACCAGGGATTCATGTGGAGTTTCCTTGGCCCAGTCTGTGCCATTTTCTCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552          GCGAATTTAGTATTGTTTATCTTGGTCTTTTGGATTTTGAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135624 GTG...CAGGCGAATTTAGTATTGTTTATCTTGGTCTTTTGGATTTTGAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 AAGAAAACTTTCCTCCCTCAATAGTGAAGTGTCAACCATCCAGAACACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135888 AAGAAAACTTTCCTCCCTCAATAGTGAAGTGTCAACCATCCAGAACACAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 G         GATGCTGGCTTTCAAAGCAACAGCTCAGCTCTTCATCCTG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135938 GGTA...CAGGATGCTGGCTTTCAAAGCAACAGCTCAGCTCTTCATCCTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 GGCTGCACATGGTGTCTGGGCTTGCTACAGGTGGGTCCAGCTGCCCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138692 GGCTGCACATGGTGTCTGGGCTTGCTACAGGTGGGTCCAGCTGCCCAGGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 CATGGCCTACCTCTTCACCATCATCAACAGCCTCCAAGGCTTCTTCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138742 CATGGCCTACCTCTTCACCATCATCAACAGCCTCCAAGGCTTCTTCATCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 TCTTGGTCTACTGCCTCCTCAGCCAGCAG         GTCCAGAAACAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 138792 TCTTGGTCTACTGCCTCCTCAGCCAGCAGGTA...CAGGTCCAGAAACAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 TATCAAAAGTGGTTTAGAGAGATCGTAAAATCAAAATCTGAGTCTGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143272 TATCAAAAGTGGTTTAGAGAGATCGTAAAATCAAAATCTGAGTCTGAGAC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 ATACACACTTTCCAGCAAGATGGGTCCTGACTCAAAACCCAGTGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 143322 ATACACACTTTCCAGCAAGATGGGTCCTGACTCAAAACCCAGTGAGGTA.

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :
   1921      GGGGATGTTTTTCCAGGACAAGTGAAGAGAAAATAT
        ..>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143372 ..TAGGGGGATGTTTTTCCAGGACAAGTGAAGAGAAAATAT