seq1 = pF1KE9449.tfa, 1062 bp
seq2 = pF1KE9449/gi568815592f_47682067.tfa (gi568815592f:47682067_47911731), 229665 bp

>pF1KE9449 1062
>gi568815592f:47682067_47911731 (Chr6)

1-130  (100001-100130)   100% ->
131-250  (104449-104568)   100% ->
251-421  (109736-109906)   100% ->
422-756  (113163-113497)   100% ->
757-998  (126088-126329)   100% ->
999-1062  (129608-129672)   95%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGTTAAATCACACTGCCCTGCCTCAGGACGAGCGCCTGCCCCATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGTTAAATCACACTGCCCTGCCTCAGGACGAGCGCCTGCCCCATTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTTCGAGATGGGGATCCTTTTGCTTCCAAACTTTCTTGGGAAGCGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTTCGAGATGGGGATCCTTTTGCTTCCAAACTTTCTTGGGAAGCGGATT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TAGTGGCTGGCTTTTACCTAACAATAATTG         GGATTCTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100101 TAGTGGCTGGCTTTTACCTAACAATAATTGGTA...TAGGGATTCTGTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACATTTGGAAATGGATATGTCCTTTACATGTCTTCTAGACGAAAGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104460 ACATTTGGAAATGGATATGTCCTTTACATGTCTTCTAGACGAAAGAAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCTGAGACCCGCTGAAATAATGACTATCAATTTAGCAGTCTGTGATCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104510 GCTGAGACCCGCTGAAATAATGACTATCAATTTAGCAGTCTGTGATCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGATTTCAG         TTGTAGGCAAGCCGTTCACCATCATCTCTTGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 104560 GGATTTCAGGTA...TAGTTGTAGGCAAGCCGTTCACCATCATCTCTTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTTTGTCACCGCTGGGTGTTTGGCTGGATCGGCTGCCGCTGGTATGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109768 TTTTGTCACCGCTGGGTGTTTGGCTGGATCGGCTGCCGCTGGTATGGATG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGCTGGATTTTTCTTTGGCTGTGGAAGCCTTATCACCATGACTGCTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109818 GGCTGGATTTTTCTTTGGCTGTGGAAGCCTTATCACCATGACTGCTGTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCCTGGATCGATATTTGAAAATCTGCTATTTATCTTATG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 109868 GCCTGGATCGATATTTGAAAATCTGCTATTTATCTTATGGTA...CAGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTTTGGCTGAAAAGAAAGCACGCCTACATCTGCCTGGCAGCCATCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113165 GTTTGGCTGAAAAGAAAGCACGCCTACATCTGCCTGGCAGCCATCTGGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTATGCTTCCTTCTGGACCACCATGCCCTTGGTAGGTCTGGGGGACTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113215 CTATGCTTCCTTCTGGACCACCATGCCCTTGGTAGGTCTGGGGGACTACG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TACCTGAGCCCTTCGGAACCTCGTGCACCCTGGACTGGTGGCTGGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113265 TACCTGAGCCCTTCGGAACCTCGTGCACCCTGGACTGGTGGCTGGCCCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GCCTCGGTAGGGGGCCAGGTTTTCATCCTGAACATCCTCTTCTTCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113315 GCCTCGGTAGGGGGCCAGGTTTTCATCCTGAACATCCTCTTCTTCTGCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CTTGCTCCCAACGGCTGTGATCGTGTTCTCCTACGTAAAGATCATTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113365 CTTGCTCCCAACGGCTGTGATCGTGTTCTCCTACGTAAAGATCATTGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AGGTTAAGTCCTCTTCCAAAGAAGTAGCTCATTTCGACAGTCGGATCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113415 AGGTTAAGTCCTCTTCCAAAGAAGTAGCTCATTTCGACAGTCGGATCCAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AGCAGCCATGTGCTGGAAATGAAACTGACAAAG         GTAGCGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 113465 AGCAGCCATGTGCTGGAAATGAAACTGACAAAGGTA...CAGGTAGCGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GTTGATTTGTGCTGGATTCCTGATTGCCTGGATTCCTTATGCAGTGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126096 GTTGATTTGTGCTGGATTCCTGATTGCCTGGATTCCTTATGCAGTGGTGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CTGTGTGGTCAGCTTTTGGAAGGCCAGACTCCATTCCCATACAGCTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126146 CTGTGTGGTCAGCTTTTGGAAGGCCAGACTCCATTCCCATACAGCTCTCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GTGGTGCCAACCCTACTTGCAAAATCTGCAGCGATGTACAATCCCATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126196 GTGGTGCCAACCCTACTTGCAAAATCTGCAGCGATGTACAATCCCATCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TTACCAAGTTATTGATTACAAATTTGCCTGTTGCCAAACTGGTGGTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126246 TTACCAAGTTATTGATTACAAATTTGCCTGTTGCCAAACTGGTGGTTTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 AAGCAACCAAGAAGAAGTCTCTGGAAGGCTTCAG         GCTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 126296 AAGCAACCAAGAAGAAGTCTCTGGAAGGCTTCAGGTA...TAGGCTGCAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 ACCGTAACCACAGTCAGGAAGTCTTCTGCTGTGCTGGAAATTCATGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129615 ACCGTAACCACAGTCAGGAAGTCTTCTGCTGTGCTGGAAATTCATGAAGA

   1100     .
   1056 G TGGGAA
        |-|  |||
 129665 GGTATGAA