seq1 = pF1KE9446.tfa, 1131 bp
seq2 = pF1KE9446/gi568815591f_34558413.tfa (gi568815591f:34558413_34978181), 419769 bp

>pF1KE9446 1131
>gi568815591f:34558413_34978181 (Chr7)

1-147  (100001-100147)   100% ->
148-280  (126140-126272)   100% ->
281-384  (220050-220153)   100% ->
385-478  (253358-253451)   100% ->
479-680  (268989-269190)   100% ->
681-757  (275972-276048)   100% ->
758-844  (286484-286570)   100% ->
845-1025  (290071-290251)   100% ->
1026-1131  (319664-319769)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCAGCCAACTTCACAGAGGGCAGCTTCGATTCCAGTGGGACCGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCAGCCAACTTCACAGAGGGCAGCTTCGATTCCAGTGGGACCGGGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GACGCTGGATTCTTCCCCAGTGGCTTGCACTGAAACAGTGACTTTTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GACGCTGGATTCTTCCCCAGTGGCTTGCACTGAAACAGTGACTTTTACTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGTGGTGGAAGGAAAGGAATGGGGTTCCTTCTACTACTCCTTTAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100101 AAGTGGTGGAAGGAAAGGAATGGGGTTCCTTCTACTACTCCTTTAAGGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    148       ACTGAGCAATTGATAACTCTGTGGGTCCTCTTTGTTTTTACCAT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ...CAGACTGAGCAATTGATAACTCTGTGGGTCCTCTTTGTTTTTACCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGTTGGAAACTCCGTTGTGCTTTTTTCCACATGGAGGAGAAAGAAGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126184 TGTTGGAAACTCCGTTGTGCTTTTTTCCACATGGAGGAGAAAGAAGAAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CAAGAATGACCTTCTTTGTGACTCAGCTGGCCATCACAG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 126234 CAAGAATGACCTTCTTTGTGACTCAGCTGGCCATCACAGGTA...TAGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCTTTCACAGGACTGGTCAACATCTTGACAGATATTAATTGGCGATTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220052 TCTTTCACAGGACTGGTCAACATCTTGACAGATATTAATTGGCGATTCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGGAGACTTCACGGCACCTGACCTGGTTTGCCGAGTGGTCCGCTATTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220102 TGGAGACTTCACGGCACCTGACCTGGTTTGCCGAGTGGTCCGCTATTTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AG         GTTGTGCTGCTCTACGCCTCTACCTACGTCCTGGTGTCC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220152 AGGTA...TAGGTTGTGCTGCTCTACGCCTCTACCTACGTCCTGGTGTCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTCAGCATAGACAGATACCATGCCATCGTCTACCCCATGAAGTTCCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 253397 CTCAGCATAGACAGATACCATGCCATCGTCTACCCCATGAAGTTCCTTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGGAG         AAAAGCAAGCCAGGGTCCTCATTGTGATCGCCTGGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 253447 AGGAGGTG...CAGAAAAGCAAGCCAGGGTCCTCATTGTGATCGCCTGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GCCTGTCTTTTCTGTTCTCCATTCCCACCCTGATCATATTTGGGAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 269025 GCCTGTCTTTTCTGTTCTCCATTCCCACCCTGATCATATTTGGGAAGAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACACTGTCCAACGGTGAAGTGCAGTGCTGGGCCCTGTGGCCTGACGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 269075 ACACTGTCCAACGGTGAAGTGCAGTGCTGGGCCCTGTGGCCTGACGACTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTACTGGACCCCATACATGACCATCGTGGCCTTCCTGGTGTACTTCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 269125 CTACTGGACCCCATACATGACCATCGTGGCCTTCCTGGTGTACTTCATCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CTCTGACAATCATCAG         CATCATGTATGGCATTGTGATCCGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 269175 CTCTGACAATCATCAGGTA...CAGCATCATGTATGGCATTGTGATCCGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ACTATTTGGATTAAAAGCAAAACCTACGAAACAGTGATTTCCAACTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275997 ACTATTTGGATTAAAAGCAAAACCTACGAAACAGTGATTTCCAACTGCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AG         ATGGGAAACTGTGCAGCAGCTATAACCGAGGACTCATCT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 276047 AGGTA...CAGATGGGAAACTGTGCAGCAGCTATAACCGAGGACTCATCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CAAAGGCAAAAATCAAGGCTATCAAGTATAGCATCATCATCATTCTTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 286523 CAAAGGCAAAAATCAAGGCTATCAAGTATAGCATCATCATCATTCTTGGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    845        CCTTCATCTGCTGTTGGAGTCCATACTTCCTGTTTGACATTTT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 286573 A...CAGCCTTCATCTGCTGTTGGAGTCCATACTTCCTGTTTGACATTTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GGACAATTTCAACCTCCTTCCAGACACCCAGGAGCGTTTCTATGCCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 290114 GGACAATTTCAACCTCCTTCCAGACACCCAGGAGCGTTTCTATGCCTCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGATCATTCAGAACCTGCCAGCATTGAATAGTGCCATCAACCCCCTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 290164 TGATCATTCAGAACCTGCCAGCATTGAATAGTGCCATCAACCCCCTCATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TACTGTGTCTTCAGCAGCTCCATCTCTTTCCCCTGCAG         GGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 290214 TACTGTGTCTTCAGCAGCTCCATCTCTTTCCCCTGCAGGTA...CAGGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CATCCGTCTCCGTCAGCTCCAGGAGGCTGCGCTAATGCTCTGCCCTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 319667 CATCCGTCTCCGTCAGCTCCAGGAGGCTGCGCTAATGCTCTGCCCTCAAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GAGAGAACTGGAAGGGTACTTGGCCAGGTGTACCTTCCTGGGCTCTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 319717 GAGAGAACTGGAAGGGTACTTGGCCAGGTGTACCTTCCTGGGCTCTTCCA

   1200 
   1129 AGG
        |||
 319767 AGG