seq1 = pF1KE9438.tfa, 1074 bp
seq2 = pF1KE9438/gi568815595r_151194172.tfa (gi568815595r:151194172_151395211), 201040 bp

>pF1KE9438 1074
>gi568815595r:151194172_151395211 (Chr3)

(complement)

1-34  (95112-95145)   100% ->
35-1074  (100001-101040)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGTTCAACTTGACGCTTGCAAAATTACCAA         ATAACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
  95112 ATGGGGTTCAACTTGACGCTTGCAAAATTACCAAGTA...CAGATAACGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GCTGCACGGCCAAGAGAGTCACAATTCAGGCAACAGGAGCGACGGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100008 GCTGCACGGCCAAGAGAGTCACAATTCAGGCAACAGGAGCGACGGGCCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GAAAGAACACCACCCTTCACAATGAATTTGACACAATTGTCTTGCCGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100058 GAAAGAACACCACCCTTCACAATGAATTTGACACAATTGTCTTGCCGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTTTATCTCATTATATTTGTGGCAAGCATCTTGCTGAATGGTTTAGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100108 CTTTATCTCATTATATTTGTGGCAAGCATCTTGCTGAATGGTTTAGCAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTGGATCTTCTTCCACATTAGGAATAAAACCAGCTTCATATTCTATCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100158 GTGGATCTTCTTCCACATTAGGAATAAAACCAGCTTCATATTCTATCTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAAACATAGTGGTTGCAGACCTCATAATGACGCTGACATTTCCATTTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100208 AAAACATAGTGGTTGCAGACCTCATAATGACGCTGACATTTCCATTTCGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATAGTCCATGATGCAGGATTTGGACCTTGGTACTTCAAGTTTATTCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100258 ATAGTCCATGATGCAGGATTTGGACCTTGGTACTTCAAGTTTATTCTCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CAGATACACTTCAGTTTTGTTTTATGCAAACATGTATACTTCCATCGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100308 CAGATACACTTCAGTTTTGTTTTATGCAAACATGTATACTTCCATCGTGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCCTTGGGCTGATAAGCATTGATCGCTATCTGAAGGTGGTCAAGCCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100358 TCCTTGGGCTGATAAGCATTGATCGCTATCTGAAGGTGGTCAAGCCATTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GGGGACTCTCGGATGTACAGCATAACCTTCACGAAGGTTTTATCTGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100408 GGGGACTCTCGGATGTACAGCATAACCTTCACGAAGGTTTTATCTGTTTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TGTTTGGGTGATCATGGCTGTTTTGTCTTTGCCAAACATCATCCTAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100458 TGTTTGGGTGATCATGGCTGTTTTGTCTTTGCCAAACATCATCCTAACAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ATGGTCAGCCAACAGAGGACAATATCCATGACTGCTCAAAACTTAAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100508 ATGGTCAGCCAACAGAGGACAATATCCATGACTGCTCAAAACTTAAAAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CCTTTGGGGGTCAAATGGCATACGGCAGTCACCTATGTGAACAGCTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100558 CCTTTGGGGGTCAAATGGCATACGGCAGTCACCTATGTGAACAGCTGCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GTTTGTGGCCGTGCTGGTGATTCTGATCGGATGTTACATAGCCATATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100608 GTTTGTGGCCGTGCTGGTGATTCTGATCGGATGTTACATAGCCATATCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GGTACATCCACAAATCCAGCAGGCAATTCATAAGTCAGTCAAGCCGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100658 GGTACATCCACAAATCCAGCAGGCAATTCATAAGTCAGTCAAGCCGAAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CGAAAACATAACCAGAGCATCAGGGTTGTTGTGGCTGTGTTTTTTACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100708 CGAAAACATAACCAGAGCATCAGGGTTGTTGTGGCTGTGTTTTTTACCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CTTTCTACCATATCACTTGTGCAGAATTCCTTTTACTTTTAGTCACTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100758 CTTTCTACCATATCACTTGTGCAGAATTCCTTTTACTTTTAGTCACTTAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 ACAGGCTTTTAGATGAATCTGCACAAAAAATCCTATATTACTGCAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100808 ACAGGCTTTTAGATGAATCTGCACAAAAAATCCTATATTACTGCAAAGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 ATTACACTTTTCTTGTCTGCGTGTAATGTTTGCCTGGATCCAATAATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100858 ATTACACTTTTCTTGTCTGCGTGTAATGTTTGCCTGGATCCAATAATTTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CTTTTTCATGTGTAGGTCATTTTCAAGAAGGCTGTTCAAAAAATCAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100908 CTTTTTCATGTGTAGGTCATTTTCAAGAAGGCTGTTCAAAAAATCAAATA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TCAGAACCAGGAGTGAAAGCATCAGATCACTGCAAAGTGTGAGAAGATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100958 TCAGAACCAGGAGTGAAAGCATCAGATCACTGCAAAGTGTGAGAAGATCG

   1050     .    :    .    :    .    :
   1042 GAAGTTCGCATATATTATGATTACACTGATGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 101008 GAAGTTCGCATATATTATGATTACACTGATGTG