seq1 = pF1KE9435.tfa, 1851 bp
seq2 = pF1KE9435/gi568815575f_151076722.tfa (gi568815575f:151076722_151281434), 204713 bp

>pF1KE9435 1851
>gi568815575f:151076722_151281434 (ChrX)

1-187  (100001-100187)   100% ->
188-1851  (103050-104713)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGCCCACCCTAGCGGTTCCCACCCCCTATGGCTGTATTGGCTGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGCCCACCCTAGCGGTTCCCACCCCCTATGGCTGTATTGGCTGTAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTACCCCAGCCAGAATACCCACCGGCTCTAATCATCTTTATGTTCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTACCCCAGCCAGAATACCCACCGGCTCTAATCATCTTTATGTTCTGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGATGGTTATCACCATCGTTGTAGACCTAATCGGCAACTCCATGGTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGATGGTTATCACCATCGTTGTAGACCTAATCGGCAACTCCATGGTCATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTGGCTGTGACGAAGAACAAGAAGCTCCGGAATTCTG         GCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100151 TTGGCTGTGACGAAGAACAAGAAGCTCCGGAATTCTGGTA...CAGGCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CATCTTCGTGGTCAGTCTCTCTGTGGCCGATATGCTGGTGGCCATCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103054 CATCTTCGTGGTCAGTCTCTCTGTGGCCGATATGCTGGTGGCCATCTACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CATACCCTTTGATGCTGCATGCCATGTCCATTGGGGGCTGGGATCTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103104 CATACCCTTTGATGCTGCATGCCATGTCCATTGGGGGCTGGGATCTGAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CAGTTACAGTGCCAGATGGTCGGGTTCATCACAGGGCTGAGTGTGGTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103154 CAGTTACAGTGCCAGATGGTCGGGTTCATCACAGGGCTGAGTGTGGTCGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTCCATCTTCAACATCGTGGCAATCGCTATCAACCGTTACTGCTACATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103204 CTCCATCTTCAACATCGTGGCAATCGCTATCAACCGTTACTGCTACATCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GCCACAGCCTCCAGTACGAACGGATCTTCAGTGTGCGCAATACCTGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103254 GCCACAGCCTCCAGTACGAACGGATCTTCAGTGTGCGCAATACCTGCATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TACCTGGTCATCACCTGGATCATGACCGTCCTGGCTGTCCTGCCCAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103304 TACCTGGTCATCACCTGGATCATGACCGTCCTGGCTGTCCTGCCCAACAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GTACATTGGCACCATCGAGTACGATCCTCGCACCTACACCTGCATCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103354 GTACATTGGCACCATCGAGTACGATCCTCGCACCTACACCTGCATCTTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ACTATCTGAACAACCCTGTCTTCACTGTTACCATCGTCTGCATCCACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103404 ACTATCTGAACAACCCTGTCTTCACTGTTACCATCGTCTGCATCCACTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GTCCTCCCTCTCCTCATCGTGGGTTTCTGCTACGTGAGGATCTGGACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103454 GTCCTCCCTCTCCTCATCGTGGGTTTCTGCTACGTGAGGATCTGGACCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 AGTGCTGGCGGCCCGTGACCCTGCAGGGCAGAATCCTGACAACCAACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103504 AGTGCTGGCGGCCCGTGACCCTGCAGGGCAGAATCCTGACAACCAACTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CTGAGGTTCGCAATTTTCTAACCATGTTTGTGATCTTCCTCCTCTTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103554 CTGAGGTTCGCAATTTTCTAACCATGTTTGTGATCTTCCTCCTCTTTGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GTGTGCTGGTGCCCTATCAACGTGCTCACTGTCTTGGTGGCTGTCAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103604 GTGTGCTGGTGCCCTATCAACGTGCTCACTGTCTTGGTGGCTGTCAGTCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GAAGGAGATGGCAGGCAAGATCCCCAACTGGCTTTATCTTGCAGCCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103654 GAAGGAGATGGCAGGCAAGATCCCCAACTGGCTTTATCTTGCAGCCTACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TCATAGCCTACTTCAACAGCTGCCTCAACGCTGTGATCTACGGGCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103704 TCATAGCCTACTTCAACAGCTGCCTCAACGCTGTGATCTACGGGCTCCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 AATGAGAATTTCCGAAGAGAATACTGGACCATCTTCCATGCTATGCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103754 AATGAGAATTTCCGAAGAGAATACTGGACCATCTTCCATGCTATGCGGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CCCTATCATATTCTTCTCTGGCCTCATCAGTGATATTCGTGAGATGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103804 CCCTATCATATTCTTCTCTGGCCTCATCAGTGATATTCGTGAGATGCAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 AGGCCCGTACCCTGGCCCGCGCCCGTGCCCATGCTCGCGACCAAGCTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103854 AGGCCCGTACCCTGGCCCGCGCCCGTGCCCATGCTCGCGACCAAGCTCGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 GAACAAGACCGTGCCCATGCCTGTCCTGCTGTGGAGGAAACCCCGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103904 GAACAAGACCGTGCCCATGCCTGTCCTGCTGTGGAGGAAACCCCGATGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 TGTCCGGAATGTTCCATTACCTGGTGATGCTGCAGCTGGCCACCCCGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103954 TGTCCGGAATGTTCCATTACCTGGTGATGCTGCAGCTGGCCACCCCGACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 GTGCCTCTGGCCACCCTAAGCCCCATTCCAGATCCTCCTCTGCCTATCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104004 GTGCCTCTGGCCACCCTAAGCCCCATTCCAGATCCTCCTCTGCCTATCGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 AAATCTGCCTCTACCCACCACAAGTCTGTCTTTAGCCACTCCAAGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104054 AAATCTGCCTCTACCCACCACAAGTCTGTCTTTAGCCACTCCAAGGCTGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 CTCTGGTCACCTCAAGCCTGTCTCTGGCCACTCCAAGCCTGCCTCTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104104 CTCTGGTCACCTCAAGCCTGTCTCTGGCCACTCCAAGCCTGCCTCTGGTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 ACCCCAAGTCTGCCACTGTCTACCCTAAGCCTGCCTCTGTCCATTTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104154 ACCCCAAGTCTGCCACTGTCTACCCTAAGCCTGCCTCTGTCCATTTCAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 GCTGACTCTGTCCATTTCAAGGGTGACTCTGTCCATTTCAAGCCTGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104204 GCTGACTCTGTCCATTTCAAGGGTGACTCTGTCCATTTCAAGCCTGACTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 TGTTCATTTCAAGCCTGCTTCCAGCAACCCCAAGCCCATCACTGGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104254 TGTTCATTTCAAGCCTGCTTCCAGCAACCCCAAGCCCATCACTGGCCACC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 ATGTCTCTGCTGGCAGCCACTCCAAGTCTGCCTTCAGTGCTGCCACCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104304 ATGTCTCTGCTGGCAGCCACTCCAAGTCTGCCTTCAGTGCTGCCACCAGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 CACCCTAAACCCACCACTGGCCACATCAAGCCAGCTACCAGCCATGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104354 CACCCTAAACCCACCACTGGCCACATCAAGCCAGCTACCAGCCATGCTGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 GCCCACCACTGCTGACTATCCCAAGCCTGCCACTACCAGCCACCCTAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104404 GCCCACCACTGCTGACTATCCCAAGCCTGCCACTACCAGCCACCCTAAGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1592 CCACTGCTGCTGACAACCCTGAGCTCTCTGCCTCCCATTGCCCCGAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104454 CCACTGCTGCTGACAACCCTGAGCTCTCTGCCTCCCATTGCCCCGAGATC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1642 CCTGCCATTGCCCACCCTGTGTCTGACGACAGTGACCTCCCTGAGTCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104504 CCTGCCATTGCCCACCCTGTGTCTGACGACAGTGACCTCCCTGAGTCGGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1692 CTCTAGCCCTGCCGCTGGGCCCACCAAGCCTGCTGCCAGCCAGCTGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104554 CTCTAGCCCTGCCGCTGGGCCCACCAAGCCTGCTGCCAGCCAGCTGGAGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1742 CTGACACCATCGCTGACCTTCCTGACCCTACTGTAGTCACTACCAGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104604 CTGACACCATCGCTGACCTTCCTGACCCTACTGTAGTCACTACCAGTACC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1792 AATGATTACCATGATGTCGTGGTTGTTGATGTTGAAGATGATCCTGATGA
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 104654 AATGATTACCATGATGTCGTGGTTATTGATGTTGAAGATGATCCTGATGA

   1850     .    :
   1842 AATGGCTGTG
        ||||||||||
 104704 AATGGCTGTG