seq1 = pF1KE9434.tfa, 1011 bp
seq2 = pF1KE9434/gi568815588f_123566408.tfa (gi568815588f:123566408_123788157), 221750 bp

>pF1KE9434 1011
>gi568815588f:123566408_123788157 (Chr10)

1-668  (100001-100668)   99% ->
669-782  (108411-108524)   100% ->
783-1011  (121522-121750)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACTCGTGGGACGCGGGCCTGGCGGGGCTACTGGTGGGCACGATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACTCGTGGGACGCGGGCCTGGCGGGGCTACTGGTGGGCACGATGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGTCTCGCTGCTGTCCAACGCGCTGGTGCTGCTCTGCCTGCTGCACAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGTCTCGCTGCTGTCCAACGCGCTGGTGCTGCTCTGCCTGCTGCACAGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGACATCCGCCGCCAGGCGCCGGCGCTCTTCACCCTGAACCTCACGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGGACATCCGCCGCCAGGCGCCGGCGCTCTTCACCCTGAACCTCACGTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGAACCTGCTGTGCACCGTGGTCAACATGCCGCTCACGCTGGCCGGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGGAACCTGCTGTGCACCGTGGTCAACATGCCGCTCACGCTGGCCGGCGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGTGGCGCAGCGGCAGCCGGCGGGCGACCGCCTGTGCCGCCTGGCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGTGGCGCAGCGGCAGCCGGCGGGCGACCGCCTGTGCCGCCTGGCTGCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCCTCGACACCTTCCTGGCTGCCAACTCCATGCTCAGCATGGCCGCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCCTCGACACCTTCCTGGCTGCCAACTCCATGCTCAGCATGGCCGCGCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGCATCGACCGCTGGGTGGCCGTGGTCTTCCCGCTGAGCTACCGGGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGCATCGACCGCTGGGTGGCCGTGGTCTTCCCGCTGAGCTACCGGGCCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GATGCGCCTCCGCGACGCGGCGCTCATGGTGGCCTACACGTGGCTGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GATGCGCCTCCGCGACGCGGCGCTCATGGTGGCCTACACGTGGCTGCACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CGCTCACCTTCCCAGCCGCCGCGCTCGCCCTGTCCTGGCTCGGCTTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CGCTCACCTTCCCAGCCGCCGCGCTCGCCCTGTCCTGGCTCGGCTTCCAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CAGCTGTACGCCTCGTGCACGCTGTGCAGCCGGCGGCCAGACGAGCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CAGCTGTACGCCTCGTGCACGCTGTGCAGCCGGCGGCCAGACGAGCGCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCGCTTCGCCGTCTTCACTGGCGCCTTCCACGCTCTCAGCTTCCTGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GCGCTTCGCCGTCTTCACTGGCGCCTTCCACGCTCTCAGCTTCCTGCTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCTTCGTCGTGCTCTGCTGCACGTACCTCAAGGTGCTCAAGGTGGCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CCTTCGTCGTGCTCTGCTGCACGTACCTCAAGGTGCTCAAGGTGGCCCGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TTCCATTGCAAGCGCATCGACGTGATCACCATGCAGACGCTCGTGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 100601 TTCCATTGCAAGCGCATCGACGTGATCACCATGCAGACGCTGGTGCTGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GGTGGACCTGCACCCCAG         TGTGCGGGAACGCTGTCTGGAGG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100651 GGTGGACCTGCACCCCAGGTG...CAGTGTGCGGGAACGCTGTCTGGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AGCAGAAGCGGAGGCGACAGCGAGCCACCAAGAAGATCAGCACCTTCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108434 AGCAGAAGCGGAGGCGACAGCGAGCCACCAAGAAGATCAGCACCTTCATA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GGGACCTTCCTTGTGTGCTTCGCGCCCTATGTGATCACCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 108484 GGGACCTTCCTTGTGTGCTTCGCGCCCTATGTGATCACCAGGTG...CAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GCTAGTGGAGCTCTTCTCCACGGTGCCCATCGGCTCCCACTGGGGGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121522 GCTAGTGGAGCTCTTCTCCACGGTGCCCATCGGCTCCCACTGGGGGGTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TGTCCAAGTGCTTGGCGTACAGCAAGGCCGCATCCGACCCCTTTGTGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121572 TGTCCAAGTGCTTGGCGTACAGCAAGGCCGCATCCGACCCCTTTGTGTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 TCCTTACTGCGACACCAGTACCGCAAAAGCTGCAAGGAGATTCTGAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121622 TCCTTACTGCGACACCAGTACCGCAAAAGCTGCAAGGAGATTCTGAACAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GCTCCTGCACAGACGCTCCATCCACTCCTCTGGCCTCACAGGCGACTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121672 GCTCCTGCACAGACGCTCCATCCACTCCTCTGGCCTCACAGGCGACTCTC

   1000     .    :    .    :    .
    983 ACAGCCAGAACATTCTGCCGGTGTCTGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||
 121722 ACAGCCAGAACATTCTGCCGGTGTCTGAG