seq1 = pF1KE9433.tfa, 1545 bp
seq2 = pF1KE9433/gi568815583r_39701135.tfa (gi568815583r:39701135_40020026), 318892 bp

>pF1KE9433 1545
>gi568815583r:39701135_40020026 (Chr15)

(complement)

1-172  (100001-100172)   100% ->
173-425  (212769-213021)   100% ->
426-1545  (217773-218892)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGACATAACGGGAGCTGGATCTCTCCAAATGCCAGCGAGCCGCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGACATAACGGGAGCTGGATCTCTCCAAATGCCAGCGAGCCGCACAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCGTCCGGCGCCGAGGCTGCGGGTGTGAACCGCAGCGCGCTCGGGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCGTCCGGCGCCGAGGCTGCGGGTGTGAACCGCAGCGCGCTCGGGGAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCGGCGAGGCGCAGCTGTACCGCCAGTTCACCACCACCGTGCAGGTCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCGGCGAGGCGCAGCTGTACCGCCAGTTCACCACCACCGTGCAGGTCGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCTTCATAGGCTCGCTGCTCG         GAAACTTCATGGTGTTATG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100151 ATCTTCATAGGCTCGCTGCTCGGTA...CAGGAAACTTCATGGTGTTATG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTCAACTTGCCGCACAACCGTGTTCAAATCTGTCACCAACAGGTTCATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212788 GTCAACTTGCCGCACAACCGTGTTCAAATCTGTCACCAACAGGTTCATTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAAACCTGGCCTGCTCGGGGATTTGTGCCAGCCTGGTCTGTGTGCCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212838 AAAACCTGGCCTGCTCGGGGATTTGTGCCAGCCTGGTCTGTGTGCCCTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GACATCATCCTCAGCACCAGTCCTCACTGTTGCTGGTGGATCTACACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212888 GACATCATCCTCAGCACCAGTCCTCACTGTTGCTGGTGGATCTACACCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCTCTTCTGCAAGGTCGTCAAATTTTTGCACAAAGTATTCTGCTCTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212938 GCTCTTCTGCAAGGTCGTCAAATTTTTGCACAAAGTATTCTGCTCTGTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CCATCCTCAGCTTCCCTGCTATTGCTTTGGACAG         GTACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 212988 CCATCCTCAGCTTCCCTGCTATTGCTTTGGACAGGTA...CAGGTACTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TCAGTCCTCTATCCACTGGAGAGGAAAATATCTGATGCCAAGTCCCGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217780 TCAGTCCTCTATCCACTGGAGAGGAAAATATCTGATGCCAAGTCCCGTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 ACTGGTGATGTACATCTGGGCCCATGCAGTGGTGGCCAGTGTCCCTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217830 ACTGGTGATGTACATCTGGGCCCATGCAGTGGTGGCCAGTGTCCCTGTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TTGCAGTAACCAATGTGGCTGACATCTATGCCACGTCCACCTGCACGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217880 TTGCAGTAACCAATGTGGCTGACATCTATGCCACGTCCACCTGCACGGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GTCTGGAGCAACTCCTTGGGCCACCTGGTGTACGTTCTGGTGTATAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217930 GTCTGGAGCAACTCCTTGGGCCACCTGGTGTACGTTCTGGTGTATAACAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CACCACGGTCATTGTGCCTGTGGTGGTGGTGTTCCTCTTCTTGATACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217980 CACCACGGTCATTGTGCCTGTGGTGGTGGTGTTCCTCTTCTTGATACTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TCCGACGGGCCCTGAGTGCCAGCCAGAAGAAGAAGGTCATCATAGCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218030 TCCGACGGGCCCTGAGTGCCAGCCAGAAGAAGAAGGTCATCATAGCAGCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CTCCGGACCCCACAGAACACCATCTCTATTCCCTATGCCTCCCAGCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218080 CTCCGGACCCCACAGAACACCATCTCTATTCCCTATGCCTCCCAGCGGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GGCCGAGCTGCACGCCACCCTGCTCTCCATGGTGATGGTCTTCATCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218130 GGCCGAGCTGCACGCCACCCTGCTCTCCATGGTGATGGTCTTCATCTTGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 GTAGCGTGCCCTATGCCACCCTGGTCGTCTACCAGACTGTGCTCAATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218180 GTAGCGTGCCCTATGCCACCCTGGTCGTCTACCAGACTGTGCTCAATGTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CCTGACACTTCCGTCTTCTTGCTGCTCACTGCTGTTTGGCTGCCCAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218230 CCTGACACTTCCGTCTTCTTGCTGCTCACTGCTGTTTGGCTGCCCAAAGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CTCCCTGCTGGCAAACCCTGTTCTCTTTCTTACTGTGAACAAATCTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218280 CTCCCTGCTGGCAAACCCTGTTCTCTTTCTTACTGTGAACAAATCTGTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 GCAAGTGCTTGATAGGGACCCTGGTGCAACTACACCACCGGTACAGTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218330 GCAAGTGCTTGATAGGGACCCTGGTGCAACTACACCACCGGTACAGTCGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 CGTAATGTGGTCAGTACAGGGAGTGGCATGGCTGAGGCCAGCCTGGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218380 CGTAATGTGGTCAGTACAGGGAGTGGCATGGCTGAGGCCAGCCTGGAACC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 CAGCATACGCTCGGGTAGCCAGCTCCTGGAGATGTTCCACATTGGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218430 CAGCATACGCTCGGGTAGCCAGCTCCTGGAGATGTTCCACATTGGGCAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 AGCAGATCTTTAAGCCCACAGAGGATGAGGAAGAGAGTGAGGCCAAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218480 AGCAGATCTTTAAGCCCACAGAGGATGAGGAAGAGAGTGAGGCCAAGTAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 ATTGGCTCAGCTGACTTCCAGGCCAAGGAGATATTTAGCACCTGCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218530 ATTGGCTCAGCTGACTTCCAGGCCAAGGAGATATTTAGCACCTGCCTGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 GGGAGAGCAGGGGCCACAGTTTGCGCCCTCTGCCCCACCCCTGAGCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218580 GGGAGAGCAGGGGCCACAGTTTGCGCCCTCTGCCCCACCCCTGAGCACAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 TGGACTCTGTATCCCAGGTGGCACCGGCAGCCCCTGTGGAACCTGAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218630 TGGACTCTGTATCCCAGGTGGCACCGGCAGCCCCTGTGGAACCTGAAACA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 TTCCCTGATAAGTATTCCCTGCAGTTTGGCTTTGGGCCTTTTGAGTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218680 TTCCCTGATAAGTATTCCCTGCAGTTTGGCTTTGGGCCTTTTGAGTTGCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 TCCTCAGTGGCTCTCAGAGACCCGAAACAGCAAGAAGCGGCTGCTTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218730 TCCTCAGTGGCTCTCAGAGACCCGAAACAGCAAGAAGCGGCTGCTTCCCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 CCTTGGGCAACACCCCAGAAGAGCTGATCCAGACAAAGGTGCCCAAGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218780 CCTTGGGCAACACCCCAGAAGAGCTGATCCAGACAAAGGTGCCCAAGGTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483 GGCAGGGTGGAGCGGAAGATGAGCAGAAACAATAAAGTGAGCATTTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218830 GGCAGGGTGGAGCGGAAGATGAGCAGAAACAATAAAGTGAGCATTTTTCC

   1550     .    :
   1533 AAAGGTGGATTCC
        |||||||||||||
 218880 AAAGGTGGATTCC