seq1 = pF1KE9432.tfa, 2442 bp
seq2 = pF1KE9432/gi568815595r_120067035.tfa (gi568815595r:120067035_120344098), 277064 bp

>pF1KE9432 2442
>gi568815595r:120067035_120344098 (Chr3)

(complement)

1-96  (100001-100096)   100% ->
97-233  (100323-100459)   100% ->
234-363  (150675-150804)   100% ->
364-474  (151050-151160)   100% ->
475-600  (157316-157441)   100% ->
601-696  (158705-158800)   100% ->
697-933  (162738-162974)   100% ->
934-1092  (170629-170787)   100% ->
1093-2442  (175715-177064)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCCTGAAATAAACTGCTCTGAATTGTGTGACAGTTTTCCTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCCTGAAATAAACTGCTCTGAATTGTGTGACAGTTTTCCTGGCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGCTGGATCGGAGACCCCTTCATGATCTCTGCAAGACAACAATT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100051 GGAGCTGGATCGGAGACCCCTTCATGATCTCTGCAAGACAACAATTGTA.

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     97      ACATCTTCCCACCACAGCAGTAAGACCATCTCTTCATTATCTCCT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ..CAGACATCTTCCCACCACAGCAGTAAGACCATCTCTTCATTATCTCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTCCTCTTGGGTATTGTTTGGACTTTTCTCAGCTGTGGACTTCTGCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100368 GTCCTCTTGGGTATTGTTTGGACTTTTCTCAGCTGTGGACTTCTGCTGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACTTTTCTTTCTTGCCTTTACAATTCACTGCAGGAAGAACAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100418 ACTTTTCTTTCTTGCCTTTACAATTCACTGCAGGAAGAACAGGTA...TA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    234  GATTGTGAAGATGTCCAGTCCCAATCTGAACATTGTGACCTTACTGGGC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150674 GGATTGTGAAGATGTCCAGTCCCAATCTGAACATTGTGACCTTACTGGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGTTGTCTCACTTACAGTAGCGCTTACCTCTTTGGGATTCAGGATGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150724 AGTTGTCTCACTTACAGTAGCGCTTACCTCTTTGGGATTCAGGATGTTTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGTGGGGAGCTCAATGGAAACTCTCATTCAG         ACAAGACTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 150774 AGTGGGGAGCTCAATGGAAACTCTCATTCAGGTA...TAGACAAGACTGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCATGCTGTGCATTGGGACCTCCCTTGTGTTTGGCCCCATTCTGGGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151060 CCATGCTGTGCATTGGGACCTCCCTTGTGTTTGGCCCCATTCTGGGAAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGCTGGCGACTCTACAAGGTGTTTACCCAAAGGGTCCCGGACAAGAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151110 AGCTGGCGACTCTACAAGGTGTTTACCCAAAGGGTCCCGGACAAGAGAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 G         ATTATCAAAGACCTGCAGTTGCTGGGGTTGGTGGCAGCCC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151160 GGTG...CAGATTATCAAAGACCTGCAGTTGCTGGGGTTGGTGGCAGCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGTTGATGGCTGATGTGATCCTGCTCATGACGTGGGTGCTGACTGATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157356 TGTTGATGGCTGATGTGATCCTGCTCATGACGTGGGTGCTGACTGATCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATCCAGTGCCTCCAGATTCTCAGTGTCAGTATGACG         GTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 157406 ATCCAGTGCCTCCAGATTCTCAGTGTCAGTATGACGGTG...TAGGTGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGGGAAAGACGTGTCCTGCACTTCGACCAGCACCCACTTCTGTGCTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158710 AGGGAAAGACGTGTCCTGCACTTCGACCAGCACCCACTTCTGTGCTTCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GGTATTCCGATGTTTGGATTGCTCTCATTTGGGGATGCAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 158760 GGTATTCCGATGTTTGGATTGCTCTCATTTGGGGATGCAAGGTT...CAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GGTCTGCTCCTGCTGTATGGTGCCTACCTGGCTGGCCTGACTGGCCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162738 GGTCTGCTCCTGCTGTATGGTGCCTACCTGGCTGGCCTGACTGGCCATGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CAGCTCCCCTCCTGTGAATCAGTCCTTAACCATCATGGTGGGGGTCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162788 CAGCTCCCCTCCTGTGAATCAGTCCTTAACCATCATGGTGGGGGTCAACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TCCTTGTACTGGCTGCTGGGCTGCTTTTTGTAGTCACCAGATACTTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162838 TCCTTGTACTGGCTGCTGGGCTGCTTTTTGTAGTCACCAGATACTTGCAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TCCTGGCCCAACCTGGTCTTTGGACTCACATCTGGAGGGATCTTTGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162888 TCCTGGCCCAACCTGGTCTTTGGACTCACATCTGGAGGGATCTTTGTTTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TACAACTACAATCAACTGCTTCATCTTCATTCCCCAG         CTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 162938 TACAACTACAATCAACTGCTTCATCTTCATTCCCCAGGTA...CAGCTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AGCAATGGAAGGCATTTGAAGAGGAAAACCAAACAATCAGACGCATGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170633 AGCAATGGAAGGCATTTGAAGAGGAAAACCAAACAATCAGACGCATGGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AAATATTTCAGCACTCCCAACAAAAGCTTCCATACCCAGTATGGTGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170683 AAATATTTCAGCACTCCCAACAAAAGCTTCCATACCCAGTATGGTGAGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GGAGAACTGCCACCCGAGGGGAGAGAAAAGCTCCATGGAGAGGCTCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170733 GGAGAACTGCCACCCGAGGGGAGAGAAAAGCTCCATGGAGAGGCTCCTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CAGAA         AAAAATGCTGTGATTGAAAGCCTGCAGGAACAAGTA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170783 CAGAAGTA...CAGAAAAATGCTGTGATTGAAAGCCTGCAGGAACAAGTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AACAACGCCAAAGAGAAGATTGTGAGGCTGATGTCAGCTGAGTGCACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175751 AACAACGCCAAAGAGAAGATTGTGAGGCTGATGTCAGCTGAGTGCACCTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TGACCTCCCAGAGGGGGCTGCCCCACCTGCCTCTTCCCCGAACAAGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175801 TGACCTCCCAGAGGGGGCTGCCCCACCTGCCTCTTCCCCGAACAAGGACG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TCCAGGCGGTAGCCTCGGTCCACACCCTGGCAGCTGCTCAGGGGCCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175851 TCCAGGCGGTAGCCTCGGTCCACACCCTGGCAGCTGCTCAGGGGCCTTCG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GGTCACCTCTCTGACTTTCAGAATGATCCTGGCATGGCTGCCCGGGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175901 GGTCACCTCTCTGACTTTCAGAATGATCCTGGCATGGCTGCCCGGGATTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CCAGTGCACTTCAGGGCCCTCCTCATATGCACAAAGCCTTGAGGGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175951 CCAGTGCACTTCAGGGCCCTCCTCATATGCACAAAGCCTTGAGGGGCCTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 GGAAGGACTCCAGCTTCTCCCCAGGGAAGGAGGAGAAGATATCTGACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176001 GGAAGGACTCCAGCTTCTCCCCAGGGAAGGAGGAGAAGATATCTGACTCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 AAAGACTTTTCTGATCATTTAGACTCAGGTTGTAGCCAGAAGCCATGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176051 AAAGACTTTTCTGATCATTTAGACTCAGGTTGTAGCCAGAAGCCATGGAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 TGAGCAAAGCCTGGGTCCAGAAAGAGGAGACCAAGTCCCCATGAACCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176101 TGAGCAAAGCCTGGGTCCAGAAAGAGGAGACCAAGTCCCCATGAACCCCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 GCCAGAGTCTCCTACCAGATAGAGGCGGCTCAGATCCCCAGAGACAGAGG
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 176151 GCCAGAGTCTCCTACCAGAAAGAGGCGGCTCAGATCCCCAGAGACAGAGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 CATCTGGAGAACTCAGAGGAGCCCCCAGAGCGGCGGTCACGGGTTAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176201 CATCTGGAGAACTCAGAGGAGCCCCCAGAGCGGCGGTCACGGGTTAGTTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 AGTAATCAGGGAGAAACTTCAGGAGGTCTTACAAGATCTGGGCCTGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176251 AGTAATCAGGGAGAAACTTCAGGAGGTCTTACAAGATCTGGGCCTGGGCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 CTGAGGCTTCCCTCTCCACCGCCCCCTCTTGTCATCAGCAAACCTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176301 CTGAGGCTTCCCTCTCCACCGCCCCCTCTTGTCATCAGCAAACCTGGAAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 AACAGTGCTGCCTTCAGCCCCCAAAAGATGCCCCTCTCCAAGGAGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 176351 AACAGTGCTGCCTTCAGCCCCCAAAAGATGCCCCTCTCCAAGGAGCTCGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1779 CTTTAGCCCTTACATGGTGAGGAGAAGGCGGGCAGCTCAGCGGGCCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176401 CTTTAGCCCTTACATGGTGAGGAGAAGGCGGGCAGCTCAGCGGGCCCGCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1829 CACACTTTCCTGGCTCTGCACCCTCATCTGTGGGGCATCGGGCAAACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176451 CACACTTTCCTGGCTCTGCACCCTCATCTGTGGGGCATCGGGCAAACAGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1879 ACTGTTCCTGGGGCACACAGCAGGCTACATGTGCAGAATGGGGACAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176501 ACTGTTCCTGGGGCACACAGCAGGCTACATGTGCAGAATGGGGACAGCCC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1929 CAGCCTGGCCCCACAAACTACTGATTCCAGAGTACGAAGACCTTCTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176551 CAGCCTGGCCCCACAAACTACTGATTCCAGAGTACGAAGACCTTCTTCCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1979 GGAAGCCTTCACTACCTTCAGATCCTCAAGACAGACCAGGTACCCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176601 GGAAGCCTTCACTACCTTCAGATCCTCAAGACAGACCAGGTACCCTGGAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2029 GGCAGCAAACAAAGCCAGACAGAGCCCGAGGGGGCTAGAGGGAGCAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176651 GGCAGCAAACAAAGCCAGACAGAGCCCGAGGGGGCTAGAGGGAGCAAAGC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2079 AGCCTTTCTTCGCCAGCCTTCTGGTTCTGGCCGGGCCCCAAGTCCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176701 AGCCTTTCTTCGCCAGCCTTCTGGTTCTGGCCGGGCCCCAAGTCCTGCTG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2129 CCCCATGCCTCTCCAAAGCCTCACCTGACTTGCCTGAACAGTGGCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176751 CCCCATGCCTCTCCAAAGCCTCACCTGACTTGCCTGAACAGTGGCAGCTG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2179 TGGCCCCCAGTGCCCTCAGGCTGTGCCTCCCTGTCTTCTCAACACAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176801 TGGCCCCCAGTGCCCTCAGGCTGTGCCTCCCTGTCTTCTCAACACAGCTA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2229 TTTTGATACTGAGTCCAGCAGCTCAGATGAGTTCTTCTGCCGCTGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176851 TTTTGATACTGAGTCCAGCAGCTCAGATGAGTTCTTCTGCCGCTGCCACC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2279 GGCCCTACTGTGAAATCTGCTTCCAGAGCTCTTCTGACTCTAGTGACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176901 GGCCCTACTGTGAAATCTGCTTCCAGAGCTCTTCTGACTCTAGTGACAGT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2329 GGCACATCAGACACTGACCCTGAGCCTACTGGGGGGCTGGCTTCCTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176951 GGCACATCAGACACTGACCCTGAGCCTACTGGGGGGCTGGCTTCCTGGGA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2379 AAAGCTGTGGGCCCGCTCCAAGCCTATTGTGAACTTCAAAGATGACTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177001 AAAGCTGTGGGCCCGCTCCAAGCCTATTGTGAACTTCAAAGATGACTTGA

   2500     .    :
   2429 AACCCACGCTGGTG
        ||||||||||||||
 177051 AACCCACGCTGGTG