seq1 = pF1KE9429.tfa, 1059 bp
seq2 = pF1KE9429/gi568815582r_19931738.tfa (gi568815582r:19931738_20173616), 241879 bp

>pF1KE9429 1059
>gi568815582r:19931738_20173616 (Chr16)

(complement)

1-127  (100001-100127)   100% ->
128-1059  (140948-141879)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCACACGCACGCCCACCTCGCAGCCAACAGCTCGCTGTCTTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCACACGCACGCCCACCTCGCAGCCAACAGCTCGCTGTCTTGGTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTCCCCCGGCTCGGCCTGCGGCTTGGGTTTCGTGCCCGTGGTCTACTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTCCCCCGGCTCGGCCTGCGGCTTGGGTTTCGTGCCCGTGGTCTACTACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCTCTTGCTGTGCCTCGGTTTACCAG         CAAATATCTTGACA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100101 GCCTCTTGCTGTGCCTCGGTTTACCAGGTG...CAGCAAATATCTTGACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTGATCATCCTCTCCCAGCTGGTGGCAAGAAGACAGAAGTCCTCCTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140962 GTGATCATCCTCTCCCAGCTGGTGGCAAGAAGACAGAAGTCCTCCTACAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTATCTCTTGGCACTCGCTGCTGCCGACATCTTGGTCCTCTTTTTCATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141012 CTATCTCTTGGCACTCGCTGCTGCCGACATCTTGGTCCTCTTTTTCATAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGTTTGTGGACTTCCTGTTGGAAGATTTCATCTTGAACATGCAGATGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141062 TGTTTGTGGACTTCCTGTTGGAAGATTTCATCTTGAACATGCAGATGCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CAGGTCCCCGACAAGATCATAGAAGTGCTGGAATTCTCATCCATCCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141112 CAGGTCCCCGACAAGATCATAGAAGTGCTGGAATTCTCATCCATCCACAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTCCATATGGATTACTGTACCGTTAACCATTGACAGGTATATCGCTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141162 CTCCATATGGATTACTGTACCGTTAACCATTGACAGGTATATCGCTGTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GCCACCCGCTCAAGTACCACACGGTCTCATACCCAGCCCGCACCCGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141212 GCCACCCGCTCAAGTACCACACGGTCTCATACCCAGCCCGCACCCGGAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GTCATTGTAAGTGTTTACATCACCTGCTTCCTGACCAGCATCCCCTATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141262 GTCATTGTAAGTGTTTACATCACCTGCTTCCTGACCAGCATCCCCTATTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CTGGTGGCCCAACATCTGGACTGAAGACTACATCAGCACCTCTGTGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141312 CTGGTGGCCCAACATCTGGACTGAAGACTACATCAGCACCTCTGTGCATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ACGTCCTCATCTGGATCCACTGCTTCACCGTCTACCTGGTGCCCTGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141362 ACGTCCTCATCTGGATCCACTGCTTCACCGTCTACCTGGTGCCCTGCTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ATCTTCTTCATCTTGAACTCAATCATTGTGTACAAGCTCAGGAGGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141412 ATCTTCTTCATCTTGAACTCAATCATTGTGTACAAGCTCAGGAGGAAGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CAATTTTCGTCTCCGTGGCTACTCCACGGGGAAGACCACCGCCATCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141462 CAATTTTCGTCTCCGTGGCTACTCCACGGGGAAGACCACCGCCATCTTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TCACCATTACCTCCATCTTTGCCACACTTTGGGCCCCCCGCATCATCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141512 TCACCATTACCTCCATCTTTGCCACACTTTGGGCCCCCCGCATCATCATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 ATTCTTTACCACCTCTATGGGGCGCCCATCCAGAACCGCTGGCTGGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141562 ATTCTTTACCACCTCTATGGGGCGCCCATCCAGAACCGCTGGCTGGTACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CATCATGTCCGACATTGCCAACATGCTAGCCCTTCTGAACACAGCCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141612 CATCATGTCCGACATTGCCAACATGCTAGCCCTTCTGAACACAGCCATCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 ACTTCTTCCTCTACTGCTTCATCAGCAAGCGGTTCCGCACCATGGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141662 ACTTCTTCCTCTACTGCTTCATCAGCAAGCGGTTCCGCACCATGGCAGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GCCACGCTCAAGGCTTTCTTCAAGTGCCAGAAGCAACCTGTACAGTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141712 GCCACGCTCAAGGCTTTCTTCAAGTGCCAGAAGCAACCTGTACAGTTCTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CACCAATCATAACTTTTCCATAACAAGTAGCCCCTGGATCTCGCCGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141762 CACCAATCATAACTTTTCCATAACAAGTAGCCCCTGGATCTCGCCGGCAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 ACTCACACTGCATCAAGATGCTGGTGTACCAGTATGACAAAAATGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141812 ACTCACACTGCATCAAGATGCTGGTGTACCAGTATGACAAAAATGGAAAA

   1050     .    :    .
   1042 CCTATAAAAGTATCCCCG
        ||||||||||||||||||
 141862 CCTATAAAAGTATCCCCG