seq1 = pF1KE9417.tfa, 1110 bp
seq2 = pF1KE9417/gi568815575f_78654870.tfa (gi568815575f:78654870_78855979), 201110 bp

>pF1KE9417 1110
>gi568815575f:78654870_78855979 (ChrX)

1-1110  (100001-101110)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTGACAGAAGATTCATTGACTTCCAATTCCAAGATTCAAATTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGTGACAGAAGATTCATTGACTTCCAATTCCAAGATTCAAATTCAAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTCAGACCCAGGTTGGGCAATGCTACTGCCAATAATACTTGCATTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTCAGACCCAGGTTGGGCAATGCTACTGCCAATAATACTTGCATTGTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATGATTCCTTCAAGTATAATCTCAATGGTGCTGTCTACAGTGTTGTATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATGATTCCTTCAAGTATAATCTCAATGGTGCTGTCTACAGTGTTGTATTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCTTGGGTCTGATAACCAACAGTGTCTCTCTGTTTGTCTTCTGTTTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATCTTGGGTCTGATAACCAACAGTGTCTCTCTGTTTGTCTTCTGTTTCCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CATGAAAATGAGAAGTGAGACTGCTATTTTTATCACCAATCTAGCTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CATGAAAATGAGAAGTGAGACTGCTATTTTTATCACCAATCTAGCTGTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTGATTTGCTTTTTGTCTGTACACTACCTTTTAAAATATTTTACAACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CTGATTTGCTTTTTGTCTGTACACTACCTTTTAAAATATTTTACAACTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AACCGCCACTGGCCTTTTGGTGACACCCTCTGCAAGATCTCTGGAACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AACCGCCACTGGCCTTTTGGTGACACCCTCTGCAAGATCTCTGGAACTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ATTCCTTACCAACATCTATGGGAGCATGCTCTTTCTCACCTGTATTAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 ATTCCTTACCAACATCTATGGGAGCATGCTCTTTCTCACCTGTATTAGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGGATCGTTTCCTGGCCATTGTCTATCCTTTTCGATCTCGTACTATTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGGATCGTTTCCTGGCCATTGTCTATCCTTTTCGATCTCGTACTATTAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ACTAGGAGGAATTCTGCCATTGTGTGTGCTGGTGTCTGGATCCTAGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ACTAGGAGGAATTCTGCCATTGTGTGTGCTGGTGTCTGGATCCTAGTCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CAGTGGCGGTATTTCAGCCTCTTTGTTTTCCACCACTAATGTCAACAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CAGTGGCGGTATTTCAGCCTCTTTGTTTTCCACCACTAATGTCAACAATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CAACCACCACCTGCTTTGAAGGCTTCTCCAAACGTGTCTGGAAGACTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CAACCACCACCTGCTTTGAAGGCTTCTCCAAACGTGTCTGGAAGACTTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TTATCCAAGATCACAATATTTATTGAAGTTGTTGGGTTTATCATTCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TTATCCAAGATCACAATATTTATTGAAGTTGTTGGGTTTATCATTCCTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AATATTGAATGTCTCTTGCTCTTCTGTGGTGCTGAGAACTCTTCGCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 AATATTGAATGTCTCTTGCTCTTCTGTGGTGCTGAGAACTCTTCGCAAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CTGCTACTCTGTCTCAAATTGGGACCAATAAGAAAAAAGTACTGAAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CTGCTACTCTGTCTCAAATTGGGACCAATAAGAAAAAAGTACTGAAAATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ATCACAGTACATATGGCAGTCTTTGTGGTATGCTTTGTACCCTACAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 ATCACAGTACATATGGCAGTCTTTGTGGTATGCTTTGTACCCTACAACTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TGTCCTCTTCTTGTATGCCCTGGTGCGCTCCCAAGCTATTACTAATTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TGTCCTCTTCTTGTATGCCCTGGTGCGCTCCCAAGCTATTACTAATTGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TTTTGGAAAGATTTGCAAAGATCATGTACCCAATCACCTTGTGCCTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TTTTGGAAAGATTTGCAAAGATCATGTACCCAATCACCTTGTGCCTTGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 ACTCTGAACTGTTGTTTTGACCCTTTCATCTATTACTTCACCCTTGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 ACTCTGAACTGTTGTTTTGACCCTTTCATCTATTACTTCACCCTTGAATC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CTTTCAGAAGTCCTTCTACATCAATGCCCACATCAGAATGGAGTCCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CTTTCAGAAGTCCTTCTACATCAATGCCCACATCAGAATGGAGTCCCTGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TTAAGACTGAAACACCTTTGACCACAAAGCCTTCCCTTCCAGCTATTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 TTAAGACTGAAACACCTTTGACCACAAAGCCTTCCCTTCCAGCTATTCAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GAGGAAGTGAGTGATCAAACAACAAATAATGGTGGTGAATTAATGCTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GAGGAAGTGAGTGATCAAACAACAAATAATGGTGGTGAATTAATGCTAGA

   1100     .    :
   1101 ATCCACCTTT
        ||||||||||
 101101 ATCCACCTTT