seq1 = pF1KE6728.tfa, 2925 bp
seq2 = pF1KE6728/gi568815593f_62337280.tfa (gi568815593f:62337280_62727315), 390036 bp

>pF1KE6728 2925
>gi568815593f:62337280_62727315 (Chr5)

1-138  (100001-100138)   100% ->
139-239  (105704-105804)   100% ->
240-312  (112648-112720)   100% ->
313-516  (114451-114654)   100% ->
517-649  (129852-129984)   100% ->
650-708  (132971-133029)   100% ->
709-757  (137137-137185)   100% ->
758-828  (139404-139474)   98% ->
829-1021  (145822-146014)   100% ->
1022-1174  (146731-146883)   100% ->
1175-1218  (148140-148183)   100% ->
1219-1309  (150492-150582)   100% ->
1310-1357  (152023-152070)   100% ->
1358-1463  (152836-152941)   100% ->
1464-1590  (156719-156845)   100% ->
1591-1624  (167388-167421)   100% ->
1625-1665  (167579-167619)   100% ->
1666-1782  (168962-169078)   100% ->
1783-1896  (178109-178222)   100% ->
1897-2012  (188863-188978)   100% ->
2013-2089  (193430-193506)   100% ->
2090-2169  (199423-199502)   100% ->
2170-2250  (199930-200010)   100% ->
2251-2346  (213088-213183)   100% ->
2347-2460  (213944-214057)   100% ->
2461-2582  (223857-223978)   100% ->
2583-2678  (254298-254393)   100% ->
2679-2763  (264485-264569)   100% ->
2764-2925  (289875-290036)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATCTCAATAGTGCCAGCACTGTTGTTCTTCAGGTGTTAACACAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATCTCAATAGTGCCAGCACTGTTGTTCTTCAGGTGTTAACACAGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACCAGTCAGGATACTGCTGTGTTAAAACCAGCTGAGGAGCAGTTGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACCAGTCAGGATACTGCTGTGTTAAAACCAGCTGAGGAGCAGTTGAAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGTGGGAGACACAGCCAGGTTTCTATTCAGTGTTGCTG         AAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100101 AGTGGGAGACACAGCCAGGTTTCTATTCAGTGTTGCTGGTA...TAGAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATTTTCACCAACCACACTTTGGATATAAATGTAAGGTGGCTTGCTGTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105707 ATTTTCACCAACCACACTTTGGATATAAATGTAAGGTGGCTTGCTGTACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTATTTTAAACATGGAATTGATCGCTACTGGAGACGTGTAGCACCTCA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 105757 GTATTTTAAACATGGAATTGATCGCTACTGGAGACGTGTAGCACCTCAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    240        TGCTCTCTCAGAGGAGGAGAAAACTACTCTGCGTGCAGGGCTC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105807 A...CAGTGCTCTCTCAGAGGAGGAGAAAACTACTCTGCGTGCAGGGCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATCACCAACTTCAATGAACCAATAAACCAG         ATTGCAACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 112691 ATCACCAACTTCAATGAACCAATAAACCAGGTT...CAGATTGCAACTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GATTGCAGTGCTCATTGCAAAAGTTGCTAGATTGGATTGTCCCAGACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114462 GATTGCAGTGCTCATTGCAAAAGTTGCTAGATTGGATTGTCCCAGACAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GGCCTGAACTAATTCCCACTCTTATAGAGTCTGTTAAAGTCCAGGATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114512 GGCCTGAACTAATTCCCACTCTTATAGAGTCTGTTAAAGTCCAGGATGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTTCGACAGCACAGAGCATTACTTACCTTCTATCATGTTACCAAGACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114562 CTTCGACAGCACAGAGCATTACTTACCTTCTATCATGTTACCAAGACACT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGCATCTAAACGACTTGCTGCTGATAGAAAACTATTTTATGAT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 114612 GGCATCTAAACGACTTGCTGCTGATAGAAAACTATTTTATGATGTA...C

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    517   TTAGCTTCTGGAATTTATAATTTTGCCTGCTCTCTGTGGAATCACCAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129850 AGTTAGCTTCTGGAATTTATAATTTTGCCTGCTCTCTGTGGAATCACCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACAGACACATTCCTGCAAGAAGTTTCTTCTGGCAATGAAGCTGCAATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129900 ACAGACACATTCCTGCAAGAAGTTTCTTCTGGCAATGAAGCTGCAATTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GAGTTCACTAGAACGAACACTGCTATCATTGAAAG         TGCTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 129950 GAGTTCACTAGAACGAACACTGCTATCATTGAAAGGTA...CAGTGCTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GTAAGTTAACTGTTAATGGATTTGTGGAACCTCATAAGAATATGGAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132977 GTAAGTTAACTGTTAATGGATTTGTGGAACCTCATAAGAATATGGAGGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATG         GGTTTTTTACATGGAATATTTGAACGTCTAAAACAGTT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133027 ATGGTA...TAGGGTTTTTTACATGGAATATTTGAACGTCTAAAACAGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TCTGGAATGCA         GTAGAAGTATAGGTACAGATAATGTTTGTA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||| ||||
 137175 TCTGGAATGCAGTA...CAGGTAGAAGTATAGGTACAGATAATGTGTGTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GAGATAGACTGGAAAAGACCATCATTCTTTTTACTAAAGTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 139434 GAGATAGACTGGAAAAGACCATCATTCTTTTTACTAAAGTGGTA...CAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CTTTTGGACTTCTTGGATCAGCATCCTTTTTCATTTACTCCTCTAATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145822 CTTTTGGACTTCTTGGATCAGCATCCTTTTTCATTTACTCCTCTAATTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GAGATCACTGGAATTTTCTGTAAGCTATGTTTTTACAGAAGTTGGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145872 GAGATCACTGGAATTTTCTGTAAGCTATGTTTTTACAGAAGTTGGTGAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GCGTTACATTTGAACGATTCATTGTCCAATGTATGAATCTTATTAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145922 GCGTTACATTTGAACGATTCATTGTCCAATGTATGAATCTTATTAAGATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ATTGTCAAAAATTATGCTTATAAGCCATCCAAAAATTTTGAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 145972 ATTGTCAAAAATTATGCTTATAAGCCATCCAAAAATTTTGAAGGTA...T

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1022   ATAGCAGCCCTGAAACTCTTGAAGCCCATAAGATTAAGATGGCATTCT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146729 AGATAGCAGCCCTGAAACTCTTGAAGCCCATAAGATTAAGATGGCATTCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TCACATATCCTACTTTGACAGAGATATGTAGAAGATTAGTCTCTCATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146779 TCACATATCCTACTTTGACAGAGATATGTAGAAGATTAGTCTCTCATTAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 TTCCTATTAACTGAAGAAGAACTGACAATGTGGGAAGAAGACCCAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146829 TTCCTATTAACTGAAGAAGAACTGACAATGTGGGAAGAAGACCCAGAAGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CTTTA         CAGTGGAAGAAACAGGAGGAGATTCTTGGAAATATA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146879 CTTTAGTA...CAGCAGTGGAAGAAACAGGAGGAGATTCTTGGAAATATA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GTTTGAGG         CCATGCACTGAAGTATTATTTATAGATATATTC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 148176 GTTTGAGGGTA...CAGCCATGCACTGAAGTATTATTTATAGATATATTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 CATGAATATAATCAGACTCTTACTCCTGTACTTCTAGAAATGATGCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150525 CATGAATATAATCAGACTCTTACTCCTGTACTTCTAGAAATGATGCAAAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 ACTTCAAG         GACCCACAAATGTGGAAGATATGAATGCACTGT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 150575 ACTTCAAGGTA...TAGGACCCACAAATGTGGAAGATATGAATGCACTGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 TAATCAAAGATGCTG         TGTATAATGCTGTTGGATTAGCTGCT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 152056 TAATCAAAGATGCTGGTA...CAGTGTATAATGCTGTTGGATTAGCTGCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 TATGAGCTCTTTGACAGTGTTGATTTTGATCAGTGGTTTAAAAACCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152862 TATGAGCTCTTTGACAGTGTTGATTTTGATCAGTGGTTTAAAAACCAGCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 TCTTCCAGAATTACAAGTCATTCACAATAG         GTATAAGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 152912 TCTTCCAGAATTACAAGTCATTCACAATAGGCA...TAGGTATAAGCCAT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 TGCGACGCAGGGTGATTTGGCTCATCGGTCAGTGGATTTCTGTGAAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156730 TGCGACGCAGGGTGATTTGGCTCATCGGTCAGTGGATTTCTGTGAAATTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 AAGTCTGACTTAAGACCCATGCTTTATGAAGCAATCTGTAACTTGCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156780 AAGTCTGACTTAAGACCCATGCTTTATGAAGCAATCTGTAACTTGCTTCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 AGATCAAGATTTAGTG         GTCCGTATTGAAACAGCTACAACTT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 156830 AGATCAAGATTTAGTGGTA...TAGGTCCGTATTGAAACAGCTACAACTT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1616 TGAAGTTAA         CTGTTGATGATTTTGAATTTAGAACAGATCAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 167413 TGAAGTTAAATA...CACCTGTTGATGATTTTGAATTTAGAACAGATCAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1657 TTTCTACCG         TATTTGGAAACCATGTTCACACTACTTTTTCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 167611 TTTCTACCGGTA...CAGTATTTGGAAACCATGTTCACACTACTTTTTCA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1698 GTTACTGCAGCAAGTTACAGAATGTGACACAAAGATGCATGTTTTGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168994 GTTACTGCAGCAAGTTACAGAATGTGACACAAAGATGCATGTTTTGCATG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1748 TCCTTTCTTGTGTGATCGAAAGAGTCAACATGCAG         ATACGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 169044 TCCTTTCTTGTGTGATCGAAAGAGTCAACATGCAGGTA...TAGATACGA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1789 CCATATGTGGGATGTTTGGTACAATATTTGCCCCTCCTTTGGAAGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178115 CCATATGTGGGATGTTTGGTACAATATTTGCCCCTCCTTTGGAAGCAGAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1839 TGAAGAACACAATATGTTGAGATGTGCTATTTTGACAACACTTATTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178165 TGAAGAACACAATATGTTGAGATGTGCTATTTTGACAACACTTATTCATC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1889 TTGTTCAG         GGATTAGGAGCAGACAGCAAGAACCTGTACCCT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 178215 TTGTTCAGGTA...TAGGGATTAGGAGCAGACAGCAAGAACCTGTACCCT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1930 TTCCTGCTCCCAGTTATTCAACTGAGTACAGATGTTTCACAGCCTCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188896 TTCCTGCTCCCAGTTATTCAACTGAGTACAGATGTTTCACAGCCTCCACA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1980 TGTTTATCTTCTGGAAGATGGTTTAGAATTATG         GTTAGTAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 188946 TGTTTATCTTCTGGAAGATGGTTTAGAATTATGGTA...TAGGTTAGTAA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2021 CTTTGGAAAACAGTCCATGTATTACACCAGAGTTGCTTCGTATATTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193438 CTTTGGAAAACAGTCCATGTATTACACCAGAGTTGCTTCGTATATTTCAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2071 AATATGTCACCACTTCTTG         AACTAAGTTCAGAAAATCTTAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 193488 AATATGTCACCACTTCTTGGTA...CAGAACTAAGTTCAGAAAATCTTAG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2112 AACTTGCTTTAAGATCATCAATGGTTATATCTTTTTATCATCAACAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199445 AACTTGCTTTAAGATCATCAATGGTTATATCTTTTTATCATCAACAGAAT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2162 TTTTACAG         ACATACGCAGTAGGTCTATGCCAGTCCTTTTGT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 199495 TTTTACAGGTA...CAGACATACGCAGTAGGTCTATGCCAGTCCTTTTGT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2203 GAACTTTTAAAGGAAATTACTACAGAAGGTCAAGTTCAGGTGCTCAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 199963 GAACTTTTAAAGGAAATTACTACAGAAGGTCAAGTTCAGGTGCTCAAGGT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2251        GTTGTGGAAAATGCCCTTAAAGTGAACCCAATACTAGGTCCAC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200013 A...TAGGTTGTGGAAAATGCCCTTAAAGTGAACCCAATACTAGGTCCAC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2294 AAATGTTTCAACCGATTTTACCCTATGTTTTCAAGGGTATTATAGAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213131 AAATGTTTCAACCGATTTTACCCTATGTTTTCAAGGGTATTATAGAAGGG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2344 GAG         AGGTATCCTGTAGTGATGTCCACGTATCTTGGAGTTAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213181 GAGGTA...CAGAGGTATCCTGTAGTGATGTCCACGTATCTTGGAGTTAT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2385 GGGTCGAGTTCTACTACAAAACACTAGTTTTTTTTCTTCACTACTTAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213982 GGGTCGAGTTCTACTACAAAACACTAGTTTTTTTTCTTCACTACTTAATG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2435 AGATGGCCCATAAATTTAATCAGGAG         ATGGACCAGCTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 214032 AGATGGCCCATAAATTTAATCAGGAGGTA...CAGATGGACCAGCTTTTG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2476 GGAAATATGATTGAAATGTGGGTTGATCGAATGGACAACATTACCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223872 GGAAATATGATTGAAATGTGGGTTGATCGAATGGACAACATTACCCAGCC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2526 TGAAAGAAGAAAACTTTCAGCTTTGGCTTTGCTCTCTCTTCTGCCATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223922 TGAAAGAAGAAAACTTTCAGCTTTGGCTTTGCTCTCTCTTCTGCCATCTG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2576 ATAATAG         TGTTATCCAAGATAAATTCTGTGGGATTATAAAC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223972 ATAATAGGTG...TAGTGTTATCCAAGATAAATTCTGTGGGATTATAAAC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2617 ATTTCAGTAGAAGGCCTGCATGATGTCATGACGGAAGATCCTGAAACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 254332 ATTTCAGTAGAAGGCCTGCATGATGTCATGACGGAAGATCCTGAAACAGG

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2667 AACTTATAAAGA         CTGTATGTTGATGTCTCATCTTGAGGAAC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 254382 AACTTATAAAGAGTA...TAGCTGTATGTTGATGTCTCATCTTGAGGAAC

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2708 CAAAAGTAACAGAAGATGAAGAACCACCCACAGAACAAGATAAGAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 264514 CAAAAGTAACAGAAGATGAAGAACCACCCACAGAACAAGATAAGAGGAAA

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2758 AAGATG         CTGGCCCTGAAGGACCCTGTTCATACAGTGTCACT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 264564 AAGATGGTA...CAGCTGGCCCTGAAGGACCCTGTTCATACAGTGTCACT

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2799 GCAGCAGTTCATCTACGAGAAGCTCAAGGCACAGCAGGAGATGCTAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 289910 GCAGCAGTTCATCTACGAGAAGCTCAAGGCACAGCAGGAGATGCTAGGAG

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2849 AACAAGGTTTCCAGTCCCTCATGGAAACAGTGGATACGGAGATTGTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 289960 AACAAGGTTTCCAGTCCCTCATGGAAACAGTGGATACGGAGATTGTCACC

   3150     .    :    .    :    .
   2899 CAGCTACAGGAGTTTTTGCAAGGATTC
        |||||||||||||||||||||||||||
 290010 CAGCTACAGGAGTTTTTGCAAGGATTC