seq1 = pF1KE6723.tfa, 2097 bp
seq2 = pF1KE6723/gi568815589f_34359006.tfa (gi568815589f:34359006_34620753), 261748 bp

>pF1KE6723 2097
>gi568815589f:34359006_34620753 (Chr9)

1-48  (100001-100048)   97% ->
49-81  (124443-124475)   100% ->
82-180  (126137-126235)   100% ->
181-261  (126432-126512)   100% ->
262-388  (130318-130444)   100% ->
389-501  (131007-131119)   100% ->
502-621  (131364-131483)   99% ->
622-681  (132490-132549)   100% ->
682-816  (134189-134323)   100% ->
817-901  (138110-138194)   100% ->
902-1019  (141717-141834)   100% ->
1020-1063  (142133-142176)   100% ->
1064-1311  (147622-147869)   100% ->
1312-1401  (153104-153193)   100% ->
1402-1489  (153332-153419)   98% ->
1490-1569  (154107-154186)   100% ->
1570-1718  (155389-155537)   100% ->
1719-1818  (155635-155734)   100% ->
1819-2001  (158280-158462)   100% ->
2002-2097  (161653-161748)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATTCCTGCTTCTGCGAAGTCTCCCCATAAACAGCCTCATAAGCAG  
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||>>
 100001 ATGATTCCTGCTTCTGCGAAGGCTCCCCATAAACAGCCTCATAAGCAGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     49        AGCATCAGCATAGGCAGAGGAACCAGGAAGAGA         G
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100051 A...TAGAGCATCAGCATAGGCAGAGGAACCAGGAAGAGAGTA...TAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 ATGAAGATTCAGGGACTGAAGTGGGAGAAGGCACAGATGAATGGGCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126138 ATGAAGATTCAGGGACTGAAGTGGGAGAAGGCACAGATGAATGGGCCCAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TCCAAAGCCACAGTTAGACCCCCTGACCAGCTGGAGTTGACCGATGCG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 126188 TCCAAAGCCACAGTTAGACCCCCTGACCAGCTGGAGTTGACCGATGCGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    181        GAGTTAAAGGAGGAGTTCACTCGGATTTTGACAGCCAACAACC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126238 G...CAGGAGTTAAAGGAGGAGTTCACTCGGATTTTGACAGCCAACAACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CACACGCACCCCAGAACATTGTCAGGTACAGCTTCAAA         GAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 126475 CACACGCACCCCAGAACATTGTCAGGTACAGCTTCAAAGTA...TAGGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 GGCACATATAAGCCTATTGGCTTTGTGAACCAACTGGCAGTTCACTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130321 GGCACATATAAGCCTATTGGCTTTGTGAACCAACTGGCAGTTCACTACAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CCAGGTTGGGAACCTGATCCCCAAAGACTCAGATGAAGGACGGCGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130371 CCAGGTTGGGAACCTGATCCCCAAAGACTCAGATGAAGGACGGCGGCAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ATTACCGCGATGAATTAGTGGCAG         GTTCTCAGGAGTCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 130421 ATTACCGCGATGAATTAGTGGCAGGTA...AAGGTTCTCAGGAGTCTGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 AAGGTGATTTCAGAAACAGGAAACCTCGAAGAAGACGAAGAGCCCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131024 AAGGTGATTTCAGAAACAGGAAACCTCGAAGAAGACGAAGAGCCCAAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GTTAGAAACTGAGCCTGGGAGTCAAACAGATGTGCCTGCAGCTGGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 131074 GTTAGAAACTGAGCCTGGGAGTCAAACAGATGTGCCTGCAGCTGGGGTA.

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    502      GCAGCTGAAAAAGTGACTGAAGAAGAATTGATGACTCCTAAGCAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131124 ..CAGGCAGCTGAAAAAGTGACTGAAGAAGAATTGATGACTCCTAAGCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CCCAAGGAGAGAAAGCTCACTAACCAGTTCAACTTCAGTGAGAGGGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131409 CCCAAGGAGAGAAAGCTCACTAACCAGTTCAACTTCAGTGAGAGGGCCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 ACAGACCTGCAACAACCCTGTCCGG         GATCGAGAATGCCAGA
        |||||||| ||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 131459 ACAGACCTACAACAACCCTGTCCGGGTA...TAGGATCGAGAATGCCAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 CGGAGCCTCCTCCCAGGACAAACTTTTCAGCCACAGCCAATCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 132506 CGGAGCCTCCTCCCAGGACAAACTTTTCAGCCACAGCCAATCAGGTA...

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    682    TGGGAGATCTATGATGCCTATGTAGAGGAACTTGAGAAGCAGGAAAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134186 TAGTGGGAGATCTATGATGCCTATGTAGAGGAACTTGAGAAGCAGGAAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 GACCAAAGAGAAGGAGAAGGCAAAGACCCCAGTGGCTAAAAAATCAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134236 GACCAAAGAGAAGGAGAAGGCAAAGACCCCAGTGGCTAAAAAATCAGGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 AGATGGCCATGAGGAAGCTGACATCTATGGAGTCTCAG         ACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 134286 AGATGGCCATGAGGAAGCTGACATCTATGGAGTCTCAGGTT...CAGACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 GATGATCTCATCAAATTGTCCCAAGCTGCTAAGATCATGGAGCGGATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138113 GATGATCTCATCAAATTGTCCCAAGCTGCTAAGATCATGGAGCGGATGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 CAACCAGAATACATATGATGACATTGCTCAAG         ATTTTAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 138163 CAACCAGAATACATATGATGACATTGCTCAAGGTA...AAGATTTTAAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 ACTATGACGATGCTGCTGATGAATACCGGGACCAGGTGGGTACCCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141726 ACTATGACGATGCTGCTGATGAATACCGGGACCAGGTGGGTACCCTGCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 CCGCTCTGGAAGTTCCAAAATGACAAAGCCAAGCGCCTGTCCGTCACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141776 CCGCTCTGGAAGTTCCAAAATGACAAAGCCAAGCGCCTGTCCGTCACTGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CCTCTGCTG         GAATCCAAAGTACAGGGATCTGTTTGCAGTGG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 141826 CCTCTGCTGGTA...CAGGAATCCAAAGTACAGGGATCTGTTTGCAGTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 GATATGGCTCTT         ATGACTTCATGAAGCAGAGCCGGGGCATG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 142165 GATATGGCTCTTGTA...TAGATGACTTCATGAAGCAGAGCCGGGGCATG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 CTGCTGCTCTACAGCCTGAAGAACCCCAGCTTCCCTGAGTACATGTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147651 CTGCTGCTCTACAGCCTGAAGAACCCCAGCTTCCCTGAGTACATGTTCAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 CAGCAACAGCGGCGTCATGTGTCTCGACATCCACGTGGACCACCCCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147701 CAGCAACAGCGGCGTCATGTGTCTCGACATCCACGTGGACCACCCCTACC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 TGGTGGCAGTAGGCCACTATGACGGCAACGTGGCCATTTACAACCTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147751 TGGTGGCAGTAGGCCACTATGACGGCAACGTGGCCATTTACAACCTCAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 AAGCCCCACTCCCAGCCCTCCTTCTGCAGCTCAGCCAAGTCTGGCAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147801 AAGCCCCACTCCCAGCCCTCCTTCTGCAGCTCAGCCAAGTCTGGCAAGCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 CTCAGACCCTGTGTGGCAG         GTCAAGTGGCAGAAGGATGACA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 147851 CTCAGACCCTGTGTGGCAGGTC...CAGGTCAAGTGGCAGAAGGATGACA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 TGGACCAAAACCTTAACTTCTTCTCTGTGTCATCTGACGGCAGGATTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153126 TGGACCAAAACCTTAACTTCTTCTCTGTGTCATCTGACGGCAGGATTGTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 TCTTGGACTCTCGTGAAG         AGAAAGCTGGTTCACATAGATGT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 153176 TCTTGGACTCTCGTGAAGGTG...CAGAGAAAGCTGGTTCACATAGATGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 CATCAAGCTGAAGGTGGAAGGCAGCACCACGGAAGTTCCTGAGGGGTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153355 CATCAAGCTGAAGGTGGAAGGCAGCACCACGGAAGTTCCTGAGGGGTTGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 AGCTGCACCAAGTGG         GTTGTGGCACTGCCTTTGACTTCCAC
        ||||||||| |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 153405 AGCTGCACCCAGTGGGTA...AAGGTTGTGGCACTGCCTTTGACTTCCAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1516 AAAGAGATTGACTACATGTTCCTAGTGGGCACAGAGGAGGGAAAAATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154133 AAAGAGATTGACTACATGTTCCTAGTGGGCACAGAGGAGGGAAAAATCTA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1566 CAAG         TGCTCTAAATCCTACTCCAGCCAATTCCTCGACACCT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154183 CAAGGTG...CAGTGCTCTAAATCCTACTCCAGCCAATTCCTCGACACCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1607 ATGACGCCCACAACATGTCAGTGGACACTGTGTCCTGGAACCCATACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155426 ATGACGCCCACAACATGTCAGTGGACACTGTGTCCTGGAACCCATACCAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1657 ACCAAGGTCTTCATGTCCTGCAGCTCCGACTGGACAGTGAAGATCTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155476 ACCAAGGTCTTCATGTCCTGCAGCTCCGACTGGACAGTGAAGATCTGGGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1707 CCACACCATCAA         GACCCCGATGTTCATCTATGACCTGAACT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 155526 CCACACCATCAAGTG...CAGGACCCCGATGTTCATCTATGACCTGAACT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1748 CAGCCGTGGGTGATGTGGCCTGGGCGCCATACTCTTCTACTGTGTTCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155664 CAGCCGTGGGTGATGTGGCCTGGGCGCCATACTCTTCTACTGTGTTCGCA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1798 GCAGTCACCACAGATGGGAAG         GCCCACATATTTGACTTAGC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 155714 GCAGTCACCACAGATGGGAAGGTG...CAGGCCCACATATTTGACTTAGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1839 CATCAACAAGTATGAGGCCATCTGCAACCAGCCTGTGGCGGCCAAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158300 CATCAACAAGTATGAGGCCATCTGCAACCAGCCTGTGGCGGCCAAAAAGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1889 ACAGGCTCACCCACGTGCAGTTCAATCTCATCCACCCCATCATCATTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158350 ACAGGCTCACCCACGTGCAGTTCAATCTCATCCACCCCATCATCATTGTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1939 GGCGATGACCGTGGGCACATCATCAGCCTCAAGCTCTCACCCAATTTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158400 GGCGATGACCGTGGGCACATCATCAGCCTCAAGCTCTCACCCAATTTGCG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1989 CAAGATGCCAAAG         GAAAAGAAGGGGCAGGAGGTGCAGAAGG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 158450 CAAGATGCCAAAGGTA...CAGGAAAAGAAGGGGCAGGAGGTGCAGAAGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2030 GTCCAGCTGTGGAGATTGCGAAACTGGACAAACTGCTGAACCTGGTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161681 GTCCAGCTGTGGAGATTGCGAAACTGGACAAACTGCTGAACCTGGTGAGG

   2250     .    :    .
   2080 GAAGTGAAAATCAAGACC
        ||||||||||||||||||
 161731 GAAGTGAAAATCAAGACC