seq1 = pF1KE6718.tfa, 2046 bp
seq2 = pF1KE6718/gi568815593r_180201567.tfa (gi568815593r:180201567_180438601), 237035 bp

>pF1KE6718 2046
>gi568815593r:180201567_180438601 (Chr5)

(complement)

1-115  (99994-100109)   96% ->
116-214  (102025-102123)   100% ->
215-340  (102649-102774)   100% ->
341-399  (107049-107107)   100% ->
400-534  (107768-107902)   100% ->
535-596  (110264-110325)   100% ->
597-676  (113707-113786)   100% ->
677-794  (114297-114414)   100% ->
795-958  (119646-119809)   100% ->
959-1054  (121544-121639)   100% ->
1055-1152  (121741-121838)   100% ->
1153-1273  (122141-122261)   100% ->
1274-1431  (124638-124795)   99% ->
1432-1546  (126058-126172)   100% ->
1547-1674  (131299-131426)   100% ->
1675-1842  (133663-133830)   100% ->
1843-2004  (136018-136179)   99% ->
2005-2046  (136994-137035)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGC GGAATCTTTGCCTACATGAACTACAGAGTCCCCCGGACGAGGA
         ||  |-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99994 TTGAACAGGAATCTTTGCCTACATGAACTACAGAGTCCCCCGGACGAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50 AGGAGATCTTCGAAACCCTCATCAAGGGCCTGCAGCGGCTGGAGTACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100044 AGGAGATCTTCGAAACCCTCATCAAGGGCCTGCAGCGGCTGGAGTACAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100 GGCTACGACTCGGCAG         GTGTGGCGATCGATGGGAATAATCA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100094 GGCTACGACTCGGCAGGTG...CAGGTGTGGCGATCGATGGGAATAATCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    141 CGAAGTCAAAGAAAGACACATTCAGCTGGTCAAGAAAAGGGGGAAAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102050 CGAAGTCAAAGAAAGACACATTCAGCTGGTCAAGAAAAGGGGGAAAGTCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    191 AGGCTCTCGATGAAGAACTTTACA         AACAAGACAGCATGGAC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 102100 AGGCTCTCGATGAAGAACTTTACAGTA...TAGAACAAGACAGCATGGAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    232 TTAAAAGTGGAGTTTGAGACACACTTCGGCATTGCCCACACGCGCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102666 TTAAAAGTGGAGTTTGAGACACACTTCGGCATTGCCCACACGCGCTGGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    282 CACCCACGGGGTCCCCAGTGCTGTCAACAGCCACCCTCAGCGCTCAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102716 CACCCACGGGGTCCCCAGTGCTGTCAACAGCCACCCTCAGCGCTCAGACA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    332 AAGGCAACG         AATTTGTTGTCATCCACAATGGGATCATCACA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 102766 AAGGCAACGGTA...CAGAATTTGTTGTCATCCACAATGGGATCATCACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    373 AATTACAAAGATCTGAGGAAATTTCTG         GAAAGCAAAGGCTA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 107081 AATTACAAAGATCTGAGGAAATTTCTGGTA...CAGGAAAGCAAAGGCTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    414 CGAGTTTGAGTCAGAAACAGATACAGAGACCATCGCCAAGCTGATTAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107782 CGAGTTTGAGTCAGAAACAGATACAGAGACCATCGCCAAGCTGATTAAAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    464 ATGTGTTCGACAACAGAGAAACTGAGGACATTACGTTTTCAACGTTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107832 ATGTGTTCGACAACAGAGAAACTGAGGACATTACGTTTTCAACGTTGGTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    514 GAGAGAGTCATTCAGCAGTTG         GAAGGTGCATTCGCGCTGGT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 107882 GAGAGAGTCATTCAGCAGTTGGTG...CAGGAAGGTGCATTCGCGCTGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    555 TTTCAAGAGTGTCCACTACCCAGGAGAAGCCGTTGCCACACG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 110284 TTTCAAGAGTGTCCACTACCCAGGAGAAGCCGTTGCCACACGGTG...CA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597  GAGAGGCAGCCCCCTGCTCATCGGAGTCCGGAGCAAATACAAGCTCTCC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113706 GGAGAGGCAGCCCCCTGCTCATCGGAGTCCGGAGCAAATACAAGCTCTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    646 ACAGAACAGATCCCTATCTTATACAGGACGT         GCACTCTGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 113756 ACAGAACAGATCCCTATCTTATACAGGACGTGTA...TAGGCACTCTGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    687 GAATGTGAAGAATATCTGTAAGACACGGATGAAGAGGCTGGACAGCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114307 GAATGTGAAGAATATCTGTAAGACACGGATGAAGAGGCTGGACAGCTCCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    737 CCTGCCTGCATGCTGTGGGCGACAAGGCCGTGGAATTCTTCTTTGCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114357 CCTGCCTGCATGCTGTGGGCGACAAGGCCGTGGAATTCTTCTTTGCTTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    787 GATGCAAG         CGCTATCATAGAGCACACCAACCGGGTCATCTT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 114407 GATGCAAGGTA...CAGCGCTATCATAGAGCACACCAACCGGGTCATCTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    828 CCTGGAGGACGATGACATCGCCGCAGTGGCTGATGGGAAACTCTCCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119679 CCTGGAGGACGATGACATCGCCGCAGTGGCTGATGGGAAACTCTCCATTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    878 ACCGGGTCAAGCGCTCGGCCAGTGATGACCCATCTCGAGCCATCCAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119729 ACCGGGTCAAGCGCTCGGCCAGTGATGACCCATCTCGAGCCATCCAGACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    928 TTGCAGATGGAACTGCAGCAAATCATGAAAG         GTAACTTCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 119779 TTGCAGATGGAACTGCAGCAAATCATGAAAGGCA...CAGGTAACTTCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    969 TGCGTTTATGCAGAAGGAGATCTTCGAACAGCCAGAATCAGTTTTCAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121554 TGCGTTTATGCAGAAGGAGATCTTCGAACAGCCAGAATCAGTTTTCAATA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1019 CTATGAGAGGTCGGGTGAATTTTGAAACCAACACAG         TGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 121604 CTATGAGAGGTCGGGTGAATTTTGAAACCAACACAGGTA...CAGTGCTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1060 CTGGGTGGCTTGAAGGACCACTTGAAGGAGATTCGACGATGCCGACGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121746 CTGGGTGGCTTGAAGGACCACTTGAAGGAGATTCGACGATGCCGACGGCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1110 CATCGTGATTGGCTGTGGAACCAGCTACCACGCTGCCGTGGCT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 121796 CATCGTGATTGGCTGTGGAACCAGCTACCACGCTGCCGTGGCTGTA...C

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1153   ACGCGGCAAGTTTTGGAGGAACTGACTGAGCTTCCTGTGATGGTTGAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122139 AGACGCGGCAAGTTTTGGAGGAACTGACTGAGCTTCCTGTGATGGTTGAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 CTTGCTAGTGATTTTCTGGACAGGAACACACCTGTGTTCAGGGATGACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122189 CTTGCTAGTGATTTTCTGGACAGGAACACACCTGTGTTCAGGGATGACGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 TTGCTTTTTCATCAGCCAGTCAG         GCGAGACCGCGGACACCC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 122239 TTGCTTTTTCATCAGCCAGTCAGGTA...CAGGCGAGACCGCGGACACCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 TCCTGGCGCTGCGCTACTGTAAGGACCGCGGCGCTCTCACCGTGGGCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124656 TCCTGGCGCTGCGCTACTGTAAGGACCGCGGCGCTCTCACCGTGGGCGTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 ACCAACACCGTGGGCAGCTCCATCTCTCGCGAGACCGACTGCGGCGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124706 ACCAACACCGTGGGCAGCTCCATCTCTCGCGAGACCGACTGCGGCGTCCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 CATCAACGCAGGGCCGGAGGTCGGCGTGGCCAGCACCAAG         G
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 124756 CATCAACGCAGGGCCGGAGATCGGCGTGGCCAGCACCAAGGTA...CAGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 CTTATACCAGTCAGTTCATCTCTCTGGTGATGTTTGGTTTGATGATGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126059 CTTATACCAGTCAGTTCATCTCTCTGGTGATGTTTGGTTTGATGATGTCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483 GAAGACCGAATTTCACTACAAAACAGGAGGCAAGAGATCATCCGTGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126109 GAAGACCGAATTTCACTACAAAACAGGAGGCAAGAGATCATCCGTGGCTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1533 GAGATCTTTACCTG         AGCTGATCAAGGAAGTGCTGTCTCTGG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 126159 GAGATCTTTACCTGGTA...CAGAGCTGATCAAGGAAGTGCTGTCTCTGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1574 AGGAGAAGATCCACGACTTGGCCCTGGAGCTCTACACGCAGAGATCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131326 AGGAGAAGATCCACGACTTGGCCCTGGAGCTCTACACGCAGAGATCGCTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1624 CTGGTGATGGGGCGGGGCTACAACTATGCCACCTGCCTGGAAGGAGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131376 CTGGTGATGGGGCGGGGCTACAACTATGCCACCTGCCTGGAAGGAGCCCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1674 G         AAAATTAAAGAGATAACCTACATGCACTCAGAAGGCATCC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131426 GGTG...CAGAAAATTAAAGAGATAACCTACATGCACTCAGAAGGCATCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1715 TGGCTGGGGAGCTGAAGCACGGGCCCCTGGCACTGATTGACAAGCAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133703 TGGCTGGGGAGCTGAAGCACGGGCCCCTGGCACTGATTGACAAGCAGATG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1765 CCCGTCATCATGGTCATTATGAAGGATCCTTGCTTCGCCAAATGCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133753 CCCGTCATCATGGTCATTATGAAGGATCCTTGCTTCGCCAAATGCCAGAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1815 CGCCCTGCAGCAAGTCACGGCCCGCCAG         GGTCGCCCCATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 133803 CGCCCTGCAGCAAGTCACGGCCCGCCAGGTG...TAGGGTCGCCCCATTA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1856 TACTGTGCTCCAAGGACGATACTGAAAGTTCCAAGTTTGCGTATAAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136031 TACTGTGCTCCAAGGACGATACTGAAAGTTCCAAGTTTGCGTATAAGACA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1906 ATCGAGCTGCCCCACACTGTGGACTGCCTCCAGGGCATCCTGAGCGTGAT
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136081 ATTGAGCTGCCCCACACTGTGGACTGCCTCCAGGGCATCCTGAGCGTGAT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1956 TCCGCTGCAGCTGCTGTCCTTCCACCTGGCTGTTCTCCGAGGATATGAC 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 136131 TCCGCTGCAGCTGCTGTCCTTCCACCTGGCTGTTCTCCGAGGATATGACG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2005         GTTGACTTCCCCAGAAATCTGGCCAAGTCTGTAACTGTGGAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136181 TG...TAGGTTGACTTCCCCAGAAATCTGGCCAAGTCTGTAACTGTGGAA