seq1 = pF1KE6688.tfa, 705 bp
seq2 = pF1KE6688/gi568815581f_1170564.tfa (gi568815581f:1170564_1371268), 200705 bp

>pF1KE6688 705
>gi568815581f:1170564_1371268 (Chr17)

1-705  (100001-100705)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGCGGGGCGCGCCAGGACTAGGCCTCACGGCGCGGAAGGGGGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGCGGGGCGCGCCAGGACTAGGCCTCACGGCGCGGAAGGGGGCCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGACTCTGCGGAGGACTTGGGGGGCCCCTGCCCCGAGCCCGGGGGCGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGACTCTGCGGAGGACTTGGGGGGCCCCTGCCCCGAGCCCGGGGGCGATT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGGGGTGCTGGGGGCGAACGGCGCTTCCTGCAGCCGGGGCGAGGCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGGGGGTGCTGGGGGCGAACGGCGCTTCCTGCAGCCGGGGCGAGGCGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGCCGGCGGGCAGGAGGCGCGCGCGGCCGGTGCGGTCCAAGGCGCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGCCGGCGGGCAGGAGGCGCGCGCGGCCGGTGCGGTCCAAGGCGCGGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CATGGCCGCCAACGTGCGGGAGCGCAAGCGCATCCTGGACTACAACGAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 100201 CATGGCCGCCAACGTGCGGGAGCGCAAGCGCATCCTAGACTACAACGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCTTCAACGCGCTGCGCCGGGCGCTGCGGCACGACCTGGGCGGCAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCTTCAACGCGCTGCGCCGGGCGCTGCGGCACGACCTGGGCGGCAAGAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTCTCCAAGATCGCCACGCTGCGCAGGGCCATCCACCGCATCGCCGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTCTCCAAGATCGCCACGCTGCGCAGGGCCATCCACCGCATCGCCGCGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTCCCTGGTCCTGCGCGCCAGCCCCGCGCCCCGCGGGCCCTGCGGACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTCCCTGGTCCTGCGCGCCAGCCCCGCGCCCCGCGGGCCCTGCGGACACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGGAGTGCCACGGCCCGGCCGCGCGCGGGGACACCGGGGACACAGGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGGAGTGCCACGGCCCGGCCGCGCGCGGGGACACCGGGGACACAGGCGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AGCCCCCCGCCGCCTGCAGGGCCCAGCCTCGCGCGCCCAGACGCCGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AGCCCCCCGCCGCCTGCAGGGCCCAGCCTCGCGCGCCCAGACGCCGCCCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCCCTCGGTGCCGTCCGCGCCCCGCTGCGCCTCGTGCCCCCCGCACGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCCCTCGGTGCCGTCCGCGCCCCGCTGCGCCTCGTGCCCCCCGCACGCGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCCTGGCACGGCCCAGTGCGGTGGCCGAGGGGCCGGGCCTAGCACAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CCCTGGCACGGCCCAGTGCGGTGGCCGAGGGGCCGGGCCTAGCACAGGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TCCGGGGGAAGCTGGCGCCGCTGTCCGGGGGCTTCCTCTGCCGGGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TCCGGGGGAAGCTGGCGCCGCTGTCCGGGGGCTTCCTCTGCCGGGCCGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TCCCTGGCCGCGGGGCTACCTGCGATCCGCCCCCGGGATGGGCCATCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TCCCTGGCCGCGGGGCTACCTGCGATCCGCCCCCGGGATGGGCCATCCGC

    700     .
    701 GCTCC
        |||||
 100701 GCTCC