seq1 = pF1KE6667.tfa, 894 bp
seq2 = pF1KE6667/gi568815584f_89863115.tfa (gi568815584f:89863115_90080632), 217518 bp

>pF1KE6667 894
>gi568815584f:89863115_90080632 (Chr14)

1-559  (100001-100559)   100% ->
560-603  (103033-103076)   100% ->
604-659  (104253-104308)   100% ->
660-756  (108061-108157)   100% ->
757-791  (112667-112701)   100% ->
792-889  (117426-117522)   96%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTCAGGAAGGCGATTATGGGAGGTGGACCATATCTAGTAGTGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTCAGGAAGGCGATTATGGGAGGTGGACCATATCTAGTAGTGATGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAGTGAGGAAGAAAAGCCAAAACCAGACAAGCCATCTACCTCTTCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAGTGAGGAAGAAAAGCCAAAACCAGACAAGCCATCTACCTCTTCTCTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTGTGCCAGGCAAGGAGCAGCAAATGAGCCCAGGTACACCTGTTCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTGTGCCAGGCAAGGAGCAGCAAATGAGCCCAGGTACACCTGTTCCGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCCAGAAAGCTGCACACAAGAGGAAAATATCACCTGTGAAATTCAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCCAGAAAGCTGCACACAAGAGGAAAATATCACCTGTGAAATTCAGCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TACAGATTCAGTTTTACCTCCCAAAAGGCAGAAAAGCGGTTCCCAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TACAGATTCAGTTTTACCTCCCAAAAGGCAGAAAAGCGGTTCCCAGGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACCTCGGCTGGTGTCTGTCCAGCAGTGATGATGAGCTGCAACCAGAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACCTCGGCTGGTGTCTGTCCAGCAGTGATGATGAGCTGCAACCAGAAATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCGCAGAAGCAGGCTGAGAAAGTGGTGATCAAAAAGGAGAAAGACATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCGCAGAAGCAGGCTGAGAAAGTGGTGATCAAAAAGGAGAAAGACATCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGCTCCCAATGACGGCACTGCCCAAAGAACTGAAAATCATGGCGCTCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGCTCCCAATGACGGCACTGCCCAAAGAACTGAAAATCATGGCGCTCCCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCTGCCACAGGCTCAAAGAGGAGGAAGACGAGTATGAGACATCAGGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCTGCCACAGGCTCAAAGAGGAGGAAGACGAGTATGAGACATCAGGGGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGCCAGGACATTTGGGACATGCTGGATAAAGGGAACCCCTTCCAGTTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGCCAGGACATTTGGGACATGCTGGATAAAGGGAACCCCTTCCAGTTTTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCTCACTAGAGTCTCTGGAGTTAAGCCAAAGTATAACTCTGGAGCCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCTCACTAGAGTCTCTGGAGTTAAGCCAAAGTATAACTCTGGAGCCCTCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ACATCAAGG         ATATTTTATCTCCTTTATTTGGGACGCTTGTT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ACATCAAGGGTA...CAGATATTTTATCTCCTTTATTTGGGACGCTTGTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TCTTCAGCTCAG         TTTAACTACTGCTTTGACGTGGACTGGCT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 103065 TCTTCAGCTCAGGTG...TAGTTTAACTACTGCTTTGACGTGGACTGGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CGTAAAACAGTATCCACCAGAGTTCAG         GAAGAAGCCAATCC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 104282 CGTAAAACAGTATCCACCAGAGTTCAGGTG...TAGGAAGAAGCCAATCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGCTTGTGCATGGTGATAAGCGAGAGGCTAAGGCTCACCTCCATGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108075 TGCTTGTGCATGGTGATAAGCGAGAGGCTAAGGCTCACCTCCATGCCCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GCCAAGCCTTACGAGAACATCTCTCTCTGCCAG         GCAAAGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 108125 GCCAAGCCTTACGAGAACATCTCTCTCTGCCAGGTA...TAGGCAAAGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GGATATTGCGTTTGGAACACACCACAC         GAAAATGATGCTGC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 112675 GGATATTGCGTTTGGAACACACCACACGTA...AAGGAAAATGATGCTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGCTCTATGAAGAAGGCCTCCGGGTTGTCATACACACCTCCAACCTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117440 TGCTCTATGAAGAAGGCCTCCGGGTTGTCATACACACCTCCAACCTCATC

    900     .    :    .    :    .    :
    856 CATGCTGACTGGCACCAGAAAACTCAAGGAACTC
        |||||||||||||||||||||||||||||  -||
 117490 CATGCTGACTGGCACCAGAAAACTCAAGGGT TC