seq1 = pF1KE6612.tfa, 933 bp
seq2 = pF1KE6612/gi568815595f_136858114.tfa (gi568815595f:136858114_137110220), 252107 bp

>pF1KE6612 933
>gi568815595f:136858114_137110220 (Chr3)

1-88  (100001-100088)   100% ->
89-215  (122353-122479)   100% ->
216-406  (124047-124237)   100% ->
407-531  (131328-131452)   100% ->
532-682  (133825-133975)   100% ->
683-825  (137301-137443)   100% ->
826-933  (152000-152107)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGACTTTCACAATGGTTCTAGAAGAAATCTGGACAAGTCTTTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGACTTTCACAATGGTTCTAGAAGAAATCTGGACAAGTCTTTTCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTGGTTTTTCTACGCATTGATTCCATGTTTGCTCACAG         ATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100051 GTGGTTTTTCTACGCATTGATTCCATGTTTGCTCACAGGTA...TAGATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAGTGGCCATTCTGCCTGCCCCTCAGAACCTCTCTGTACTCTCAACCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122356 AAGTGGCCATTCTGCCTGCCCCTCAGAACCTCTCTGTACTCTCAACCAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATGAAGCATCTCTTGATGTGGAGCCCAGTGATCGCGCCTGGAGAAACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122406 ATGAAGCATCTCTTGATGTGGAGCCCAGTGATCGCGCCTGGAGAAACAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTACTATTCTGTCGAATACCAGGG         GGAGTACGAGAGCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 122456 GTACTATTCTGTCGAATACCAGGGGTG...CAGGGAGTACGAGAGCCTGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACACGAGCCACATCTGGATCCCCAGCAGCTGGTGCTCACTCACTGAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124064 ACACGAGCCACATCTGGATCCCCAGCAGCTGGTGCTCACTCACTGAAGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCTGAGTGTGATGTCACTGATGACATCACGGCCACTGTGCCATACAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124114 CCTGAGTGTGATGTCACTGATGACATCACGGCCACTGTGCCATACAACCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCGTGTCAGGGCCACATTGGGCTCACAGACCTCAGCCTGGAGCATCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124164 TCGTGTCAGGGCCACATTGGGCTCACAGACCTCAGCCTGGAGCATCCTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGCATCCCTTTAATAGAAACTCAA         CCATCCTTACCCGACCT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 124214 AGCATCCCTTTAATAGAAACTCAAGTA...CAGCCATCCTTACCCGACCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGGATGGAGATCACCAAAGATGGCTTCCACCTGGTTATTGAGCTGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131345 GGGATGGAGATCACCAAAGATGGCTTCCACCTGGTTATTGAGCTGGAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCTGGGGCCCCAGTTTGAGTTCCTTGTGGCCTACTGGAGGAGGGAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131395 CCTGGGGCCCCAGTTTGAGTTCCTTGTGGCCTACTGGAGGAGGGAGCCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GTGCCGAG         GAACATGTCAAAATGGTGAGGAGTGGGGGTATT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 131445 GTGCCGAGGTG...AAGGAACATGTCAAAATGGTGAGGAGTGGGGGTATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCAGTGCACCTAGAAACCATGGAGCCAGGGGCTGCATACTGTGTGAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133858 CCAGTGCACCTAGAAACCATGGAGCCAGGGGCTGCATACTGTGTGAAGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCAGACATTCGTGAAGGCCATTGGGAGGTACAGCGCCTTCAGCCAGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133908 CCAGACATTCGTGAAGGCCATTGGGAGGTACAGCGCCTTCAGCCAGACAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AATGTGTGGAGGTGCAAG         GAGAGGCCATTCCCCTGGTACTG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 133958 AATGTGTGGAGGTGCAAGGTA...CAGGAGAGGCCATTCCCCTGGTACTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GCCCTGTTTGCCTTTGTTGGCTTCATGCTGATCCTTGTGGTCGTGCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137324 GCCCTGTTTGCCTTTGTTGGCTTCATGCTGATCCTTGTGGTCGTGCCACT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GTTCGTCTGGAAAATGGGCCGGCTGCTCCAGTACTCCTGTTGCCCCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137374 GTTCGTCTGGAAAATGGGCCGGCTGCTCCAGTACTCCTGTTGCCCCGTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGGTCCTCCCAGACACCTTG         AAAATAACCAATTCACCCCAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 137424 TGGTCCTCCCAGACACCTTGGTA...CAGAAAATAACCAATTCACCCCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AAGTTAATCAGCTGCAGAAGGGAGGAGGTGGATGCCTGTGCCACGGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152021 AAGTTAATCAGCTGCAGAAGGGAGGAGGTGGATGCCTGTGCCACGGCTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .
    897 GATGTCTCCTGAGGAACTCCTCAGGGCCTGGATCTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152071 GATGTCTCCTGAGGAACTCCTCAGGGCCTGGATCTCA