seq1 = pF1KE6581.tfa, 396 bp
seq2 = pF1KE6581/gi568815594r_119219044.tfa (gi568815594r:119219044_119422102), 203059 bp

>pF1KE6581 396
>gi568815594r:119219044_119422102 (Chr4)

(complement)

1-67  (100001-100067)   100% ->
68-240  (101261-101433)   99% ->
241-348  (102460-102567)   100% ->
349-396  (103012-103059)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGTTTGACAGCACTTGGAAGGTAGACCGGAGTGAAAACTATGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGTTTGACAGCACTTGGAAGGTAGACCGGAGTGAAAACTATGACAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTTCATGGAAAAAATGG         GTGTTAATATAGTGAAAAGGAAGC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100051 GTTCATGGAAAAAATGGGTA...CAGGTGTTAATATAGTGAAAAGGAAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTGCAGCTCATGACAATTTGAAGCTGACAATTACACAAGAAGGAAATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101285 TTGCAGCTCATGACAATTTGAAGCTGACAATTACACAAGAAGGAAATAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTCACAGTCAAAGAATCAAGCGCTTTTCGAAACATTGAAGTTGTTTTTGA
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 101335 TTCACAGTCAAAGAATCAAGCACTTTTCGAAACATTGAAGTTGTTTTTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACTTGGTGTCACCTTTAATTACAATCTAGCAGACGGAACTGAACTCAGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 101385 ACTTGGTGTCACCTTTAATTACAATCTAGCAGACGGAACTGAACTCAGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    241         GGGACCTGGAGCCTTGAGGGAAATAAACTTATTGGAAAATTC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101435 TA...TAGGGGACCTGGAGCCTTGAGGGAAATAAACTTATTGGAAAATTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAACGGACAGACAATGGAAACGAACTGAATACTGTCCGAGAAATTATAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102502 AAACGGACAGACAATGGAAACGAACTGAATACTGTCCGAGAAATTATAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGATGAACTAGTCCAG         ACTTATGTATATGAAGGAGTAGAAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 102552 TGATGAACTAGTCCAGGTG...CAGACTTATGTATATGAAGGAGTAGAAG

    400     .    :    .    :
    374 CCAAAAGGATCTTTAAAAAGGAT
        |||||||||||||||||||||||
 103037 CCAAAAGGATCTTTAAAAAGGAT