seq1 = pF1KE6553.tfa, 441 bp
seq2 = pF1KE6553/gi568815592f_31515520.tfa (gi568815592f:31515520_31716897), 201378 bp

>pF1KE6553 441
>gi568815592f:31515520_31716897 (Chr6)

1-25  (99811-99835)   100% ->
26-87  (100002-100063)   100% ->
88-154  (100151-100217)   100% ->
155-196  (100585-100626)   100% ->
197-359  (100825-100987)   100% ->
360-441  (101297-101378)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCCAAACCAGGGATTTACAGG         GAGGAAAAGCTTTCGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
  99811 ATGAGCCAAACCAGGGATTTACAGGGTA...CAGGAGGAAAAGCTTTCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 ACTGCTGAAGGCCCAGCAGGAAGAGAGGCTGGATGAGATCAACAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100018 ACTGCTGAAGGCCCAGCAGGAAGAGAGGCTGGATGAGATCAACAAGGTA.

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     88      CAATTCCTAGACGATCCCAAATATAGCAGTGATGAGGATCTGCCC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100068 ..TAGCAATTCCTAGACGATCCCAAATATAGCAGTGATGAGGATCTGCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TCCAAACTGGAAGGCTTCAAAG         AGAAATACATGGAGTTTGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100196 TCCAAACTGGAAGGCTTCAAAGGTG...CAGAGAAATACATGGAGTTTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 CCTTAATGGAAATGGCGATATTG         ATATCATGTCCCTGAAAC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100604 CCTTAATGGAAATGGCGATATTGGTG...CAGATATCATGTCCCTGAAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    215 GAATGCTGGAGAAACTTGGAGTCCCCAAGACTCACCTAGAGCTAAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100843 GAATGCTGGAGAAACTTGGAGTCCCCAAGACTCACCTAGAGCTAAAGAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 TTAATTGGAGAGGTGTCCAGTGGCTCCGGGGAGACGTTCAGCTACCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100893 TTAATTGGAGAGGTGTCCAGTGGCTCCGGGGAGACGTTCAGCTACCCTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CTTTCTCAGGATGATGCTGGGCAAGAGATCTGCCATCCTAAAAAT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100943 CTTTCTCAGGATGATGCTGGGCAAGAGATCTGCCATCCTAAAAATGTG..

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    360     GATCCTGATGTATGAGGAAAAAGCGAGAGAAAAGGAAAAGCCAACA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100993 .CAGGATCCTGATGTATGAGGAAAAAGCGAGAGAAAAGGAAAAGCCAACA

    450     .    :    .    :    .    :    .
    406 GGCCCCCCAGCCAAGAAAGCTATCTCTGAGTTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101343 GGCCCCCCAGCCAAGAAAGCTATCTCTGAGTTGCCC