seq1 = pF1KE6552.tfa, 384 bp
seq2 = pF1KE6552/gi568815589r_32453879.tfa (gi568815589r:32453879_32673060), 219182 bp

>pF1KE6552 384
>gi568815589r:32453879_32673060 (Chr9)

(complement)

1-180  (100001-100180)   100% ->
181-273  (102009-102101)   100% ->
274-318  (114107-114151)   100% ->
319-384  (119117-119182)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACGGGGTACACTCCGGATGAGAAACTGCGGCTGCAGCAGCTGCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACGGGGTACACTCCGGATGAGAAACTGCGGCTGCAGCAGCTGCGAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGAGAAGGCGATGGCTGAAGGACCAGGAGCTGAGCCCTCGGGAGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGAGAAGGCGATGGCTGAAGGACCAGGAGCTGAGCCCTCGGGAGCCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCTGCCCCCACAGAAGATGGGGCCTATGGAGAAATTCTGGAATAAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCTGCCCCCACAGAAGATGGGGCCTATGGAGAAATTCTGGAATAAATTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTGGAGAATAAATCCCCTTGGAGGAAAATG         GTCCATGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100151 TTGGAGAATAAATCCCCTTGGAGGAAAATGGTG...CAGGTCCATGGGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATACAAAAAGAGTATCTTTGTTTTCACTCATGTACTTGTACCTGTCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102020 ATACAAAAAGAGTATCTTTGTTTTCACTCATGTACTTGTACCTGTCTGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTATTCATTATTACATGAAGTATCATGTTTCT         GAAAAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 102070 TTATTCATTATTACATGAAGTATCATGTTTCTGTA...CAGGAAAAACCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TATGGCATAGTTGAAAAGAAGTCCAGAATATTCCCT         GGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 114116 TATGGCATAGTTGAAAAGAAGTCCAGAATATTCCCTGTA...TAGGGTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TACAATTCTGGAGACTGGAGAAGTAATTCCACCAATGAAAGAATTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119122 TACAATTCTGGAGACTGGAGAAGTAATTCCACCAATGAAAGAATTTCCTG

    400     .    :
    374 ATCAACATCAT
        |||||||||||
 119172 ATCAACATCAT