seq1 = pF1KE6551.tfa, 396 bp
seq2 = pF1KE6551/gi568815578f_34160375.tfa (gi568815578f:34160375_34369164), 208790 bp

>pF1KE6551 396
>gi568815578f:34160375_34369164 (Chr20)

1-160  (100001-100160)   100% ->
161-222  (102458-102519)   100% ->
223-396  (108617-108790)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATGTCACCCGCTTACTCCTGGCCACCCTGCTGGTCTTCCTCTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATGTCACCCGCTTACTCCTGGCCACCCTGCTGGTCTTCCTCTGCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTCACTGCCAACAGCCACCTGCCACCTGAGGAGAAGCTCCGAGATGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTCACTGCCAACAGCCACCTGCCACCTGAGGAGAAGCTCCGAGATGACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGAGCCTGAGAAGCAACTCCTCTGTGAACCTACTGGATGTCCCTTCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGAGCCTGAGAAGCAACTCCTCTGTGAACCTACTGGATGTCCCTTCTGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCTATTGTGG         CGCTGAACAAGAAATCCAAACAGATCGGCAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCTATTGTGGGTA...AAGCGCTGAACAAGAAATCCAAACAGATCGGCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAAAGCAGCAGAAAAGAAAAGATCTTCTAAG         AAGGAGGCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 102489 AAAAGCAGCAGAAAAGAAAAGATCTTCTAAGGTA...CAGAAGGAGGCTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CGATGAAGAAAGTGGTGCGGCCCCGGACCCCCCTATCTGCGCCCTGCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108627 CGATGAAGAAAGTGGTGCGGCCCCGGACCCCCCTATCTGCGCCCTGCGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCCACCCGCAACAGCTGCAAGCCGCCGGCACCCGCCTGCTGCGACCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108677 GCCACCCGCAACAGCTGCAAGCCGCCGGCACCCGCCTGCTGCGACCCGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CGCCTCCTGCCAGTGCCGCTTCTTCCGCAGCGCCTGCTCCTGCCGCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108727 CGCCTCCTGCCAGTGCCGCTTCTTCCGCAGCGCCTGCTCCTGCCGCGTGC

    400     .    :
    383 TCAGCCTCAACTGC
        ||||||||||||||
 108777 TCAGCCTCAACTGC