seq1 = pF1KE6485.tfa, 1866 bp
seq2 = pF1KE6485/gi568815587f_19042975.tfa (gi568815587f:19042975_19275957), 232983 bp

>pF1KE6485 1866
>gi568815587f:19042975_19275957 (Chr11)

1-27  (74276-74302)   100% ->
28-173  (100004-100149)   100% ->
174-296  (103207-103329)   100% ->
297-374  (104622-104699)   100% ->
375-519  (106213-106357)   100% ->
520-584  (107753-107817)   100% ->
585-747  (109184-109346)   100% ->
748-873  (109585-109710)   100% ->
874-1007  (112822-112955)   100% ->
1008-1110  (115966-116068)   100% ->
1111-1233  (120331-120453)   100% ->
1234-1296  (121327-121389)   100% ->
1297-1390  (122078-122171)   100% ->
1391-1474  (123328-123411)   100% ->
1475-1632  (127437-127594)   100% ->
1633-1730  (129749-129846)   100% ->
1731-1866  (132848-132983)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGGGCCGGGGCTGGGCTCGCAG         TGCAGGAATCACAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
  74276 ATGGAGGGGCCGGGGCTGGGCTCGCAGGTG...CAGTGCAGGAATCACAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CCATGGCCCCCACCCTCCAGGATTTGGTCGATATGGCATCTGTGCACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100018 CCATGGCCCCCACCCTCCAGGATTTGGTCGATATGGCATCTGTGCACATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAAACAAAGAACTTGCCAATGCAAGAGAAGCTCTTCCTCTTATAGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100068 AAAACAAAGAACTTGCCAATGCAAGAGAAGCTCTTCCTCTTATAGAGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCTAGTAACTGTGACATTGTCAAAGCTACTCA         ATACGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100118 TCTAGTAACTGTGACATTGTCAAAGCTACTCAGTA...GAGATACGGAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TTTTGAACGATGTAAAGAGTTGGTAGAAGCAGGATATGATGTCAGGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103216 TTTTGAACGATGTAAAGAGTTGGTAGAAGCAGGATATGATGTCAGGCAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CAGATAAAGAAAATGTGTCGCTTCTTCATTGGGCTGCTATTAACAACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103266 CAGATAAAGAAAATGTGTCGCTTCTTCATTGGGCTGCTATTAACAACAGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTGGATCTTGTAAA         GTTTTATATTTCAAAAGGTGCTGTTGT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 103316 CTGGATCTTGTAAAGTA...CAGGTTTTATATTTCAAAAGGTGCTGTTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGATCAGTTGGGTGGAGATTTAAATTCAACTCCTCTTCACTGGGCCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104649 AGATCAGTTGGGTGGAGATTTAAATTCAACTCCTCTTCACTGGGCCATCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 G         ACAAGGACATTTACCTATGGTCATATTATTACTCCAGCAT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104699 GGTA...CAGACAAGGACATTTACCTATGGTCATATTATTACTCCAGCAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GGTGCAGACCCCACTCTTATTGATGGAGAGGGATTCAGCAGCATCCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106253 GGTGCAGACCCCACTCTTATTGATGGAGAGGGATTCAGCAGCATCCACCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGCAGTATTGTTTCAACACATGCCTATTATAGCATATCTCATCTCAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106303 GGCAGTATTGTTTCAACACATGCCTATTATAGCATATCTCATCTCAAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GACAG         AGTGTGAATATGACAGATGTAAATGGGCAGACACCT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106353 GACAGGTA...TAGAGTGTGAATATGACAGATGTAAATGGGCAGACACCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CTCATGTTATCAGCTCACAAAGTAATTGG         GCCAGAACCAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 107789 CTCATGTTATCAGCTCACAAAGTAATTGGGTG...CAGGCCAGAACCAAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TGGATTTCTTTTAAAGTTTAATCCTTCTCTCAATGTGGTTGATAAAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109196 TGGATTTCTTTTAAAGTTTAATCCTTCTCTCAATGTGGTTGATAAAATAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ACCAAAACACTCCACTTCACTGGGCAGTTGCAGCAGGAAATGTTAATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109246 ACCAAAACACTCCACTTCACTGGGCAGTTGCAGCAGGAAATGTTAATGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GTTGATAAGCTTTTGGAAGCTGGTTCTAGCCTGGATATCCAGAATGTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109296 GTTGATAAGCTTTTGGAAGCTGGTTCTAGCCTGGATATCCAGAATGTTAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 G         GGAGAAACACCTCTTGATATGGCTCTACAAAACAAAAATC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109346 GGTA...AAGGGAGAAACACCTCTTGATATGGCTCTACAAAACAAAAATC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AGCTCATTATTCATATGCTAAAAACAGAAGCCAAAATGAGAGCCAACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109625 AGCTCATTATTCATATGCTAAAAACAGAAGCCAAAATGAGAGCCAACCAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AAGTTCAGACTTTGGAGGTGGCTGCAGAAATGCGAG         CTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 109675 AAGTTCAGACTTTGGAGGTGGCTGCAGAAATGCGAGGTA...TAGCTCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CCTGCTGCTGATGCTTTCTGTGATTACCATGTGGGCTATTGGATACATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112827 CCTGCTGCTGATGCTTTCTGTGATTACCATGTGGGCTATTGGATACATAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TGGACTTCAATTCAGATTCTTGGCTTTTAAAAGGATGTCTTCTAGTAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112877 TGGACTTCAATTCAGATTCTTGGCTTTTAAAAGGATGTCTTCTAGTAACA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CTGTTTTTTCTGACATCTTTGTTTCCAAG         GTTCTTGGTTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 112927 CTGTTTTTTCTGACATCTTTGTTTCCAAGGTG...TAGGTTCTTGGTTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GTATAAGAACCTTGTATACTTACCAACAGCCTTTCTGCTAAGTTCTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115978 GTATAAGAACCTTGTATACTTACCAACAGCCTTTCTGCTAAGTTCTGTTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TTTGGATATTTATGACTTGGTTCATCTTATTTTTTCCTGAT         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 116028 TTTGGATATTTATGACTTGGTTCATCTTATTTTTTCCTGATATC...CAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 TTAGCAGGAGCCCCTTTCTATTTCAGTTTCATTTTCAGCATAGTAGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120331 TTAGCAGGAGCCCCTTTCTATTTCAGTTTCATTTTCAGCATAGTAGCCTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TCTATACTTTTTCTATAAGACTTGGGCAACTGATCCAGGCTTCACTAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120381 TCTATACTTTTTCTATAAGACTTGGGCAACTGATCCAGGCTTCACTAAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CTTCTGAAGAAGAAAAGAAAGTG         AATATCATCACCCTTGCA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 120431 CTTCTGAAGAAGAAAAGAAAGTGGTG...CAGAATATCATCACCCTTGCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GAAACTGGCTCTCTGGACTTCAGAACATTTTGTACATCATGTCTT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 121345 GAAACTGGCTCTCTGGACTTCAGAACATTTTGTACATCATGTCTTGTG..

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297     ATAAGGAAGCCATTAAGGTCACTCCACTGCCATGTATGCAACTGCT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121395 .TAGATAAGGAAGCCATTAAGGTCACTCCACTGCCATGTATGCAACTGCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 GTGTGGCTCGATATGATCAACACTGCCTGTGGACTGGACGGTGCATAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 122124 GTGTGGCTCGATATGATCAACACTGCCTGTGGACTGGACGGTGCATAGGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1391        GTTTTGGCAACCATCACTATTACATATTCTTCTTGTTTTTCCT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122174 G...GAGGTTTTGGCAACCATCACTATTACATATTCTTCTTGTTTTTCCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 TTCCATGGTATGTGGCTGGATTATATATGGATCTTTCATCT         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 123371 TTCCATGGTATGTGGCTGGATTATATATGGATCTTTCATCTGTA...CAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 ATTTGTCCAGTCATTGTGCCACAACATTCAAAGAAGATGGATTATGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127437 ATTTGTCCAGTCATTGTGCCACAACATTCAAAGAAGATGGATTATGGACT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 TACCTCAATCAGATTGTGGCCTGTTCCCCTTGGGTTTTATATATCTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127487 TACCTCAATCAGATTGTGGCCTGTTCCCCTTGGGTTTTATATATCTTGAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 GCTAGCAACTTTCCATTTCTCATGGTCAACATTTTTATTATTAAATCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127537 GCTAGCAACTTTCCATTTCTCATGGTCAACATTTTTATTATTAAATCAAC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 TCTTTCAG         ATTGCCTTTCTGGGCCTGACCTCCCATGAGAGA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 127587 TCTTTCAGGTA...CAGATTGCCTTTCTGGGCCTGACCTCCCATGAGAGA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 ATCAGCCTGCAGAAGCAGAGCAAGCATATGAAACAGACGTTGTCCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129782 ATCAGCCTGCAGAAGCAGAGCAAGCATATGAAACAGACGTTGTCCCTCAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 GAAGACACCATACAA         TCTTGGATTCATGCAGAACCTGGCAG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 129832 GAAGACACCATACAAGTA...CAGTCTTGGATTCATGCAGAACCTGGCAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 ATTTCTTTCAGTGTGGCTGCTTTGGCTTGGTGAAGCCCTGTGTGGTAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132874 ATTTCTTTCAGTGTGGCTGCTTTGGCTTGGTGAAGCCCTGTGTGGTAGAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 TGGACATCACAGTACACCATGGTCTTTCACCCAGCCAGGGAGAAGGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132924 TGGACATCACAGTACACCATGGTCTTTCACCCAGCCAGGGAGAAGGTTCT

   2000     .    :
   1857 TCGCTCAGTA
        ||||||||||
 132974 TCGCTCAGTA