seq1 = pF1KE6473.tfa, 1359 bp
seq2 = pF1KE6473/gi568815590f_23146696.tfa (gi568815590f:23146696_23360596), 213901 bp

>pF1KE6473 1359
>gi568815590f:23146696_23360596 (Chr8)

1-299  (100001-100299)   100% ->
300-471  (102515-102686)   100% ->
472-657  (108552-108737)   100% ->
658-791  (109765-109898)   100% ->
792-840  (111338-111386)   100% ->
841-960  (111635-111754)   100% ->
961-1059  (112037-112135)   100% ->
1060-1120  (112371-112431)   100% ->
1121-1300  (113449-113628)   100% ->
1301-1359  (113843-113901)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGTCCCCGGAGCGGGAGGCCGAGGCCCCAGCCGGGGGAGACCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGGTCCCCGGAGCGGGAGGCCGAGGCCCCAGCCGGGGGAGACCCGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGCCTTCTGCCCCCCGAGTGGGAGGAGGACGAGGAGCGCATGTCCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGCCTTCTGCCCCCCGAGTGGGAGGAGGACGAGGAGCGCATGTCCTTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTTCTCCGCTTTCAAGAGGAGTCGCGAGGTGAACAGCACCGACTGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGTTCTCCGCTTTCAAGAGGAGTCGCGAGGTGAACAGCACCGACTGGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGCAAGATGGGCTTCTGGGCGCCGTTGGTGCTGAGCCACAGCCGCCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGCAAGATGGGCTTCTGGGCGCCGTTGGTGCTGAGCCACAGCCGCCGCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGGGGTGGTGCGCCTGCGTCTGCGGGACTTGCAGGAGGCCTTTCAGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGGGGTGGTGCGCCTGCGTCTGCGGGACTTGCAGGAGGCCTTTCAGCGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGGGGAGCGTCCCGCTGGGGCTGGCCACGGTGCTGCAGGACCTGCTGCG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100251 AGGGGAGCGTCCCGCTGGGGCTGGCCACGGTGCTGCAGGACCTGCTGCGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    300         TCGAGGGGAGCTGCAGCGGGAGTCAGACTTCATGGCCAGTGT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TG...CAGTCGAGGGGAGCTGCAGCGGGAGTCAGACTTCATGGCCAGTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGACAGCAGCTGGATCTCCTGGGGGGTTGGGGTCTTCCTGCTGAAGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102557 AGACAGCAGCTGGATCTCCTGGGGGGTTGGGGTCTTCCTGCTGAAGCCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCAAGTGGACTCTTTCTAACATGCTGGGAGATAATAAGGTTCCAGCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102607 TCAAGTGGACTCTTTCTAACATGCTGGGAGATAATAAGGTTCCAGCTGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GAGGTCCTTGTCGCTGTGGAGCTGTTGAAG         GAAAAGGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 102657 GAGGTCCTTGTCGCTGTGGAGCTGTTGAAGGTG...CAGGAAAAGGCTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGAGGTGTATCGTCTGTATCAGAACTCGCCCCTCTCCTCCCACCCCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108563 GGAGGTGTATCGTCTGTATCAGAACTCGCCCCTCTCCTCCCACCCCGTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TGGCCCTGTCAGAGCTCAGCACCCTCTGTGCTAACTCCTGCCCAGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108613 TGGCCCTGTCAGAGCTCAGCACCCTCTGTGCTAACTCCTGCCCAGATGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AGGACCTTCTACTTGGTGTTGCTGCAGCTGCAGAAGGAGAAGAGGGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108663 AGGACCTTCTACTTGGTGTTGCTGCAGCTGCAGAAGGAGAAGAGGGTCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 AGTCCTCGAGCAGAACGGGGAGAAG         ATTGTGAAGTTTGCCC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 108713 AGTCCTCGAGCAGAACGGGGAGAAGGTA...CAGATTGTGAAGTTTGCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GAGGGCCACGTGCCAAGGTCTCTCCAGTCAATGACGTAGATGTTGGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109781 GAGGGCCACGTGCCAAGGTCTCTCCAGTCAATGACGTAGATGTTGGGGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TACCAGCTGATGCAGAGTGAACAGCTTCTCTCACGCAAAGTGGAGTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109831 TACCAGCTGATGCAGAGTGAACAGCTTCTCTCACGCAAAGTGGAGTCCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 ATCCCAGGAAGCAGAGAG         GTGTAAAGAAGAAGCCCGCCGGG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 109881 ATCCCAGGAAGCAGAGAGGTA...CAGGTGTAAAGAAGAAGCCCGCCGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CATGCCGAGCAGGAAAGAAGCAGCTG         GCACTGAGGTCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 111361 CATGCCGAGCAGGAAAGAAGCAGCTGGTG...CAGGCACTGAGGTCTCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AAGGCCAAGCAACGGACAGAGAAGCGCATCGAGGCCTTGCATGCCAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111650 AAGGCCAAGCAACGGACAGAGAAGCGCATCGAGGCCTTGCATGCCAAGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GGACACTGTTCAAGGCATCCTGGACCGGATCTATGCCTCCCAGACAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111700 GGACACTGTTCAAGGCATCCTGGACCGGATCTATGCCTCCCAGACAGATC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AGATG         GTTTTTAACGCCTACCAGGCTGGGGTAGGAGCACTC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111750 AGATGGTA...TAGGTTTTTAACGCCTACCAGGCTGGGGTAGGAGCACTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 AAACTCTCCATGAAGGATGTCACAGTGGAGAAGGCAGAGAGCCTCGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112073 AAACTCTCCATGAAGGATGTCACAGTGGAGAAGGCAGAGAGCCTCGTGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TCAGATCCAAGAG         CTCTGTGACACCCAGGATGAAGTTTCTC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 112123 TCAGATCCAAGAGGTA...CAGCTCTGTGACACCCAGGATGAAGTTTCTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AGACTCTGGCTGGTGGGGTAACAAATGGCTTAG         ATTTTGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 112399 AGACTCTGGCTGGTGGGGTAACAAATGGCTTAGGTG...CAGATTTTGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AGTGAAGAACTGGAGAAGGAATTGGACATCCTCCTTCAGGATACCACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113457 AGTGAAGAACTGGAGAAGGAATTGGACATCCTCCTTCAGGATACCACCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AGAACCTTTGGATCTGCCTGACAACCCCCGCAATAGGCATTTTACCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113507 AGAACCTTTGGATCTGCCTGACAACCCCCGCAATAGGCATTTTACCAACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 GCGTGCCTAACCCTAGGATCTCAGATGCTGAACTTGAAGCTGAACTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113557 GCGTGCCTAACCCTAGGATCTCAGATGCTGAACTTGAAGCTGAACTTGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 AAACTGTCCTTATCAGAGGGAG         GTTTGGTCCCAAGCAGTAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 113607 AAACTGTCCTTATCAGAGGGAGGTA...CAGGTTTGGTCCCAAGCAGTAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 ATCTCCAAAAAGGCAATTGGAACCGACTCTAAAGCCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113862 ATCTCCAAAAAGGCAATTGGAACCGACTCTAAAGCCATTG