seq1 = pF1KE6458.tfa, 1356 bp
seq2 = pF1KE6458/gi568815581f_56878160.tfa (gi568815581f:56878160_57106232), 228073 bp

>pF1KE6458 1356
>gi568815581f:56878160_57106232 (Chr17)

1-76  (100001-100076)   100% ->
77-225  (102923-103071)   100% ->
226-315  (107219-107308)   100% ->
316-471  (109536-109691)   100% ->
472-546  (110057-110131)   100% ->
547-619  (112940-113012)   100% ->
620-657  (116822-116859)   100% ->
658-786  (117348-117476)   100% ->
787-880  (118803-118896)   100% ->
881-994  (120226-120339)   100% ->
995-1132  (122696-122833)   100% ->
1133-1296  (123859-124022)   100% ->
1297-1356  (128014-128073)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCTGGCACTGCGGCGCTCTCCCGTCCCGCGGTGGTTGCTGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCTGGCACTGCGGCGCTCTCCCGTCCCGCGGTGGTTGCTGCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCGCTGCTGCTGGGCCTGAACGCAG         GAGCTGTCATTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100051 GCCGCTGCTGCTGGGCCTGAACGCAGGTA...CAGGAGCTGTCATTGACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGCCCACAGAGGAGGGCAAGGAAGTATGGGATTATGTGACGGTCCGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102938 GGCCCACAGAGGAGGGCAAGGAAGTATGGGATTATGTGACGGTCCGCAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATGCCTACATGTTCTGGTGGCTCTATTATGCCACCAACTCCTGCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102988 GATGCCTACATGTTCTGGTGGCTCTATTATGCCACCAACTCCTGCAAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTTCTCAGAACTGCCCCTGGTCATGTGGCTTCAG         GGCGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 103038 CTTCTCAGAACTGCCCCTGGTCATGTGGCTTCAGGTA...TAGGGCGGTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CAGGCGGTTCTAGCACTGGATTTGGAAACTTTGAGGAAATTGGGCCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107226 CAGGCGGTTCTAGCACTGGATTTGGAAACTTTGAGGAAATTGGGCCCCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GACAGTGATCTCAAACCACGGAAAACCACCTGG         CTCCAGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 107276 GACAGTGATCTCAAACCACGGAAAACCACCTGGGTA...TAGCTCCAGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGCCAGTCTCCTATTTGTGGATAATCCCGTGGGCACTGGGTTCAGTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109544 TGCCAGTCTCCTATTTGTGGATAATCCCGTGGGCACTGGGTTCAGTTATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGAATGGTAGTGGTGCCTATGCCAAGGACCTGGCTATGGTGGCTTCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109594 TGAATGGTAGTGGTGCCTATGCCAAGGACCTGGCTATGGTGGCTTCAGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATGATGGTTCTCCTGAAGACCTTCTTCAGTTGCCACAAAGAATTCCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 109644 ATGATGGTTCTCCTGAAGACCTTCTTCAGTTGCCACAAAGAATTCCAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    472        ACAGTTCCATTCTACATTTTCTCAGAGTCCTATGGAGGAAAAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109694 A...TAGACAGTTCCATTCTACATTTTCTCAGAGTCCTATGGAGGAAAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGGCAGCTGGCATTGGTCTAGAGCTTTATAAG         GCCATTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 110100 TGGCAGCTGGCATTGGTCTAGAGCTTTATAAGGTA...CAGGCCATTCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CGAGGGACCATCAAGTGCAACTTTGCGGGGGTTGCCTTGGGTGATTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112949 CGAGGGACCATCAAGTGCAACTTTGCGGGGGTTGCCTTGGGTGATTCCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GATCTCCCCTGTTG         ATTCGGTGCTCTCCTGGGGACCTTACC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 112999 GATCTCCCCTGTTGGTA...TAGATTCGGTGCTCTCCTGGGGACCTTACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TGTACAGCATG         TCTCTTCTCGAAGACAAAGGTCTGGCAGAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 116849 TGTACAGCATGGTA...CAGTCTCTTCTCGAAGACAAAGGTCTGGCAGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GTGTCTAAGGTTGCAGAGCAAGTACTGAATGCCGTAAATAAGGGGCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117378 GTGTCTAAGGTTGCAGAGCAAGTACTGAATGCCGTAAATAAGGGGCTCTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CAGAGAGGCCACAGAGCTGTGGGGGAAAGCAGAAATGATCATTGAACAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 117428 CAGAGAGGCCACAGAGCTGTGGGGGAAAGCAGAAATGATCATTGAACAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    787         AACACAGATGGGGTGAACTTCTATAACATCTTAACTAAAAGC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117478 TA...CAGAACACAGATGGGGTGAACTTCTATAACATCTTAACTAAAAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 ACTCCCACGTCTACAATGGAGTCGAGTCTAGAATTCACACAGAGCCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118845 ACTCCCACGTCTACAATGGAGTCGAGTCTAGAATTCACACAGAGCCACCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 AG         TTTGTCTTTGTCAGCGCCACGTGAGACACCTACAACGAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118895 AGGTG...TAGTTTGTCTTTGTCAGCGCCACGTGAGACACCTACAACGAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 ATGCCTTAAGCCAGCTCATGAATGGCCCCATCAGAAAGAAGCTCAAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120265 ATGCCTTAAGCCAGCTCATGAATGGCCCCATCAGAAAGAAGCTCAAAATT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 ATTCCTGAGGATCAATCCTGGGGAG         GCCAGGCTACCAACGT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 120315 ATTCCTGAGGATCAATCCTGGGGAGGTA...CAGGCCAGGCTACCAACGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CTTTGTGAACATGGAGGAGGACTTCATGAAGCCAGTCATTAGCATTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122712 CTTTGTGAACATGGAGGAGGACTTCATGAAGCCAGTCATTAGCATTGTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 ACGAGTTGCTGGAGGCAGGGATCAACGTGACGGTGTATAATGGACAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122762 ACGAGTTGCTGGAGGCAGGGATCAACGTGACGGTGTATAATGGACAGCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GATCTCATCGTAGATACCATGG         GTCAGGAGGCCTGGGTGCG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 122812 GATCTCATCGTAGATACCATGGGTA...CAGGTCAGGAGGCCTGGGTGCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 GAAACTGAAGTGGCCAGAACTGCCTAAATTCAGTCAGCTGAAGTGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123878 GAAACTGAAGTGGCCAGAACTGCCTAAATTCAGTCAGCTGAAGTGGAAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 CCCTGTACAGTGACCCTAAATCTTTGGAAACATCTGCTTTTGTCAAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123928 CCCTGTACAGTGACCCTAAATCTTTGGAAACATCTGCTTTTGTCAAGTCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 TACAAGAACCTTGCTTTCTACTGGATTCTGAAAGCTGGTCATATG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 123978 TACAAGAACCTTGCTTTCTACTGGATTCTGAAAGCTGGTCATATGGTA..

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297     GTTCCTTCTGACCAAGGGGACATGGCTCTGAAGATGATGAGACTGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124028 .TAGGTTCCTTCTGACCAAGGGGACATGGCTCTGAAGATGATGAGACTGG

   1450     .    :
   1343 TGACTCAGCAAGAA
        ||||||||||||||
 128060 TGACTCAGCAAGAA