seq1 = pF1KE6441.tfa, 1392 bp
seq2 = pF1KE6441/gi568815582f_4971910.tfa (gi568815582f:4971910_5184878), 212969 bp

>pF1KE6441 1392
>gi568815582f:4971910_5184878 (Chr16)

1-208  (99941-100148)   100% ->
209-286  (101042-101119)   100% ->
287-390  (101244-101347)   100% ->
391-539  (103479-103627)   100% ->
540-629  (105536-105625)   100% ->
630-740  (105998-106108)   100% ->
741-862  (106848-106969)   99% ->
863-901  (107155-107193)   100% ->
902-961  (107839-107898)   100% ->
962-1072  (109037-109147)   100% ->
1073-1187  (110650-110764)   100% ->
1188-1263  (111773-111848)   100% ->
1264-1392  (112841-112969)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCCTCATGCTTGGTCCTGCTGGCGCTGTGTCTGCTGCTGCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99941 ATGGCGGCCTCATGCTTGGTCCTGCTGGCGCTGTGTCTGCTGCTGCCGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGCTGCTGGGAGGATGGAAGCGCTGGCGCCGGGGGCGGGCGGCCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99991 GCTGCTGCTGGGAGGATGGAAGCGCTGGCGCCGGGGGCGGGCGGCCCGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATGTAGTAGCGGTGGTGCTGGGCGACGTGGGCCGCAGCCCCCGTATGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100041 ATGTAGTAGCGGTGGTGCTGGGCGACGTGGGCCGCAGCCCCCGTATGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TACCACGCGCTGTCGTTGGCCATGCACGGCTTCTCGGTGACCCTCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100091 TACCACGCGCTGTCGTTGGCCATGCACGGCTTCTCGGTGACCCTCCTGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTTCTGCA         ACTCCAAACCCCATGATGAGCTCTTGCAGAACA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100141 GTTCTGCAGTG...CAGACTCCAAACCCCATGATGAGCTCTTGCAGAACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACAGAATTCAGATTGTGGGGTTGACAGAACTTCAGAGTCTTGCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 101075 ACAGAATTCAGATTGTGGGGTTGACAGAACTTCAGAGTCTTGCAGGTA..

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    287     TTGGGCCCCGAGTTTTCCAGTACGGAGTCAAAGTTGTACTTCAGGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101125 .CAGTTGGGCCCCGAGTTTTCCAGTACGGAGTCAAAGTTGTACTTCAGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TATGTACTTGCTGTGGAAGTTGATGTGGAGGGAGCCAGGTGCCTATATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101290 TATGTACTTGCTGTGGAAGTTGATGTGGAGGGAGCCAGGTGCCTATATCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTCTCCAG         AACCCCCCAGGTCTGCCTAGCATTGCTGTCTGC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 101340 TTCTCCAGGTG...TAGAACCCCCCAGGTCTGCCTAGCATTGCTGTCTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TGGTTCGTGGGCTGCCTTTGTGGAAGCAAGCTCGTCATTGACTGGCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103512 TGGTTCGTGGGCTGCCTTTGTGGAAGCAAGCTCGTCATTGACTGGCACAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTATGGCTACTCCATCATGGGTCTGGTGCATGGCCCCAACCATCCCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103562 CTATGGCTACTCCATCATGGGTCTGGTGCATGGCCCCAACCATCCCCTCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TTCTGCTGGCCAAGTG         GTACGAGAAGTTCTTTGGGCGCCTG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 103612 TTCTGCTGGCCAAGTGGTG...CAGGTACGAGAAGTTCTTTGGGCGCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCCCACCTGAACCTGTGTGTTACCAATGCTATGCGAGAAGACCTGGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105561 TCCCACCTGAACCTGTGTGTTACCAATGCTATGCGAGAAGACCTGGCGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TAACTGGCACATCAG         GGCTGTGACCGTCTACGACAAGCCCG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 105611 TAACTGGCACATCAGGTA...CAGGGCTGTGACCGTCTACGACAAGCCCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CATCTTTCTTTAAAGAGACACCTCTGGACCTGCAGCACCGGCTCTTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106024 CATCTTTCTTTAAAGAGACACCTCTGGACCTGCAGCACCGGCTCTTCATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AAGCTGGGCAGCATGCACTCTCCGTTCAGGGCCCG         CTCAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 106074 AAGCTGGGCAGCATGCACTCTCCGTTCAGGGCCCGGTA...CAGCTCAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 ACCTGAGGACCCAGTCACGGAGCGGTCGGCCTTCACGGAGCGGGATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106854 ACCTGAGGACCCAGTCACGGAGCGGTCGGCCTTCACGGAGCGGGATGCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GGAACGGGCTGGTGACGCGTCTCCGTGAGCGGCCAGCCCTGCTGGTCAGC
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106904 GGAGCGGGCTGGTGACGCGTCTCCGTGAGCGGCCAGCCCTGCTGGTCAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AGCACGAGCTGGACAG         AGGACGAAGACTTCTCCATCCTGCT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 106954 AGCACGAGCTGGACAGGTC...TAGAGGACGAAGACTTCTCCATCCTGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GGCAGCTTTAGAAA         AGTTTGAACAACTGACTCTTGATGGAC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 107180 GGCAGCTTTAGAAAGTA...CAGAGTTTGAACAACTGACTCTTGATGGAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ACAACCTTCCTTCTCTCGTCTGTGTGATAACAG         GCAAAGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 107866 ACAACCTTCCTTCTCTCGTCTGTGTGATAACAGGTA...AAGGCAAAGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CCTCTGAGGGAGTATTATAGCCGCCTCATCCACCAGAAGCACTTCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109045 CCTCTGAGGGAGTATTATAGCCGCCTCATCCACCAGAAGCACTTCCAGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CATCCAGGTCTGCACCCCCTGGCTGGAGGCCGAGGACTACCCCCTGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109095 CATCCAGGTCTGCACCCCCTGGCTGGAGGCCGAGGACTACCCCCTGCTTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TAG         GGTCGGCGGACCTGGGTGTCTGTCTGCACACGTCCTCC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109145 TAGGTG...CAGGGTCGGCGGACCTGGGTGTCTGTCTGCACACGTCCTCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 AGTGGCCTGGACCTGCCCATGAAGGTGGTGGACATGTTCGGGTGCTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110688 AGTGGCCTGGACCTGCCCATGAAGGTGGTGGACATGTTCGGGTGCTGTTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GCCTGTGTGTGCTGTGAACTTCAAGTG         TTTACATGAGCTGG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 110738 GCCTGTGTGTGCTGTGAACTTCAAGTGGTA...CAGTTTACATGAGCTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 TGAAACATGAAGAAAATGGCCTGGTCTTTGAGGACTCAGAGGAACTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111787 TGAAACATGAAGAAAATGGCCTGGTCTTTGAGGACTCAGAGGAACTGGCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GCTCAGCTGCAG         ATGCTTTTCTCAAACTTTCCTGATCCTGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 111837 GCTCAGCTGCAGGTA...CAGATGCTTTTCTCAAACTTTCCTGATCCTGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 GGGCAAGCTAAACCAGTTCCGGAAGAACCTGCGGGAGTCGCAGCAGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112870 GGGCAAGCTAAACCAGTTCCGGAAGAACCTGCGGGAGTCGCAGCAGCTCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 GATGGGATGAGAGCTGGGTGCAGACTGTGCTCCCTTTGGTTATGGACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112920 GATGGGATGAGAGCTGGGTGCAGACTGTGCTCCCTTTGGTTATGGACACA