seq1 = pF1KE6438.tfa, 1398 bp
seq2 = pF1KE6438/gi568815580f_518001.tfa (gi568815580f:518001_745098), 227098 bp

>pF1KE6438 1398
>gi568815580f:518001_745098 (Chr18)

1-106  (100001-100106)   100% ->
107-255  (101213-101361)   100% ->
256-423  (106865-107032)   100% ->
424-856  (109097-109529)   100% ->
857-994  (115298-115435)   100% ->
995-1209  (123327-123541)   100% ->
1210-1398  (126910-127098)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGCCGCCACTCTTGGTGTTTATTGTGTGTCTGCTGTGGTTGAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGCCGCCACTCTTGGTGTTTATTGTGTGTCTGCTGTGGTTGAAAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGTCACTGCGCACCCACTTGGAAGGACAAAACTGCTATCAGTGAAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGTCACTGCGCACCCACTTGGAAGGACAAAACTGCTATCAGTGAAAACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGAAGA         GTTTTTCTGAGGTGGGGGAGATAGATGCAGATGAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGAAGAGTA...TAGGTTTTTCTGAGGTGGGGGAGATAGATGCAGATGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGGTGAAGAAGGCTTTGACTGGTATTAAGCAAATGAAAATCATGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101248 GAGGTGAAGAAGGCTTTGACTGGTATTAAGCAAATGAAAATCATGATGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAGAAAAGAGAAGGAACACACCAATCTAATGAGCACCCTGAAGAAATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101298 AAGAAAAGAGAAGGAACACACCAATCTAATGAGCACCCTGAAGAAATGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GAGAAGAAAAGCAG         GAGGCCCTGAAACTTCTGAATGAAGTT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 101348 GAGAAGAAAAGCAGGTA...TAGGAGGCCCTGAAACTTCTGAATGAAGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAAGAACATCTGGAGGAAGAAGAAAGGCTATGCCGGGAGTCTTTGGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106892 CAAGAACATCTGGAGGAAGAAGAAAGGCTATGCCGGGAGTCTTTGGCAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TTCCTGGGGTGAATGCAGGTCTTGCCTGGAAAATAACTGCATGAGAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106942 TTCCTGGGGTGAATGCAGGTCTTGCCTGGAAAATAACTGCATGAGAATTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATACAACCTGCCAACCTAGCTGGTCCTCTGTGAAAAATAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 106992 ATACAACCTGCCAACCTAGCTGGTCCTCTGTGAAAAATAAGGTA...CAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATTGAACGGTTTTTCAGGAAGATATATCAATTTCTATTTCCTTTCCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109097 ATTGAACGGTTTTTCAGGAAGATATATCAATTTCTATTTCCTTTCCATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGATAATGAAAAAGATCTCCCCATCAGTGAAAAGCTCATTGAGGAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109147 AGATAATGAAAAAGATCTCCCCATCAGTGAAAAGCTCATTGAGGAAGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CACAATTGACCCAAATGGAGGATGTGTTCAGCCAGTTGACTGTGGATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109197 CACAATTGACCCAAATGGAGGATGTGTTCAGCCAGTTGACTGTGGATGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AATTCTCTCTTTAACAGGAGTTTTAACGTCTTCAGACAGATGCAGCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109247 AATTCTCTCTTTAACAGGAGTTTTAACGTCTTCAGACAGATGCAGCAAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GTTTGACCAGACTTTTCAATCACATTTCATATCAGATACAGACCTAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109297 GTTTGACCAGACTTTTCAATCACATTTCATATCAGATACAGACCTAACTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AGCCTTACTTTTTTCCAGCTTTCTCTAAAGAGCCGATGACAAAAGCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109347 AGCCTTACTTTTTTCCAGCTTTCTCTAAAGAGCCGATGACAAAAGCAGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CTTGAGCAATGTTGGGACATTCCCAACTTCTTCCAGCTGTTTTGTAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109397 CTTGAGCAATGTTGGGACATTCCCAACTTCTTCCAGCTGTTTTGTAATTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CAGTGTCTCTATTTATGAAAGTGTCAGTGAAACAATTACTAAGATGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109447 CAGTGTCTCTATTTATGAAAGTGTCAGTGAAACAATTACTAAGATGCTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 AGGCAATAGAAGATTTACCAAAACAAGACAAAG         CTCCTGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 109497 AGGCAATAGAAGATTTACCAAAACAAGACAAAGGCA...TAGCTCCTGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CACGGAGGCCTGATTTCAAAGATGTTACCTGGGCAGGACAGAGGACTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115306 CACGGAGGCCTGATTTCAAAGATGTTACCTGGGCAGGACAGAGGACTGTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TGGGGAACTTGACCAGAATTTGTCAAGATGTTTCAAATTTCATGAAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115356 TGGGGAACTTGACCAGAATTTGTCAAGATGTTTCAAATTTCATGAAAAAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 GCCAAAAATGTCAGGCTCACCTATCTGAAG         ACTGTCCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 115406 GCCAAAAATGTCAGGCTCACCTATCTGAAGGTA...TAGACTGTCCTGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GTACCTGCTCTGCACACAGAATTAGACGAGGCGATCAGGTTGGTCAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123338 GTACCTGCTCTGCACACAGAATTAGACGAGGCGATCAGGTTGGTCAATGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 ATCCAATCAGCAGTATGGCCAGATTCTCCAGATGACCCGGAAGCACTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123388 ATCCAATCAGCAGTATGGCCAGATTCTCCAGATGACCCGGAAGCACTTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 AGGACACCGCCTATCTGGTGGAGAAGATGAGAGGGCAATTTGGCTGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123438 AGGACACCGCCTATCTGGTGGAGAAGATGAGAGGGCAATTTGGCTGGGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 TCTGAACTGGCAAACCAGGCCCCAGAAACAGAGATCATCTTTAATTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123488 TCTGAACTGGCAAACCAGGCCCCAGAAACAGAGATCATCTTTAATTCAAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 ACAG         GTAGTTCCAAGGATTCATGAAGGAAATATTTCCAAAC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123538 ACAGGTA...TAGGTAGTTCCAAGGATTCATGAAGGAAATATTTCCAAAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 AAGATGAAACAATGATGACAGACTTAAGCATTCTGCCTTCCTCTAATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126947 AAGATGAAACAATGATGACAGACTTAAGCATTCTGCCTTCCTCTAATTTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 ACACTCAAGATCCCTCTTGAAGAAAGTGCTGAGAGTTCTAACTTCATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126997 ACACTCAAGATCCCTCTTGAAGAAAGTGCTGAGAGTTCTAACTTCATTGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 CTACGTAGTGGCAAAAGCTCTACAGCATTTTAAGGAACATTTTAAAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127047 CTACGTAGTGGCAAAAGCTCTACAGCATTTTAAGGAACATTTTAAAACCT

   1450 
   1397 GG
        ||
 127097 GG