seq1 = pF1KE6437.tfa, 1674 bp
seq2 = pF1KE6437/gi568815597f_171219826.tfa (gi568815597f:171219826_171441836), 222011 bp

>pF1KE6437 1674
>gi568815597f:171219826_171441836 (Chr1)

1-132  (100001-100132)   100% ->
133-321  (103179-103367)   100% ->
322-484  (104313-104475)   100% ->
485-627  (111815-111957)   100% ->
628-827  (112884-113083)   100% ->
828-1180  (114586-114938)   100% ->
1181-1250  (117531-117600)   100% ->
1251-1674  (121588-122011)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCAAGAAAGTTGCAGTGATTGGAGCTGGTGTGAGTGGCCTCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCAAGAAAGTTGCAGTGATTGGAGCTGGTGTGAGTGGCCTCTCCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATCAAATGCTGTGTGGATGAGGACCTGGAGCCCACCTGCTTTGAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATCAAATGCTGTGTGGATGAGGACCTGGAGCCCACCTGCTTTGAGAGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTGATGACATTGGGGGATTATGGAAGTTTACT         GAATCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100101 GTGATGACATTGGGGGATTATGGAAGTTTACTGTA...CAGGAATCTTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAAGATGGGATGACCAGGGTCTATAAGTCATTAGTGACAAATGTCTGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103188 AAAGATGGGATGACCAGGGTCTATAAGTCATTAGTGACAAATGTCTGTAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGAAATGTCATGTTACAGTGACTTCCCTTTCCACGAAGATTATCCTAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103238 GGAAATGTCATGTTACAGTGACTTCCCTTTCCACGAAGATTATCCTAATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCATGAACCATGAAAAATTTTGGGACTATCTCCAAGAATTTGCTGAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103288 TCATGAACCATGAAAAATTTTGGGACTATCTCCAAGAATTTGCTGAGCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTTGACCTCCTGAAATACATTCAGTTTAAG         ACCACTGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 103338 TTTGACCTCCTGAAATACATTCAGTTTAAGGTA...TAGACCACTGTGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAGCATAACGAAGCGTCCAGACTTCTCCGAAACTGGTCAGTGGGATGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104324 CAGCATAACGAAGCGTCCAGACTTCTCCGAAACTGGTCAGTGGGATGTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCACAGAGACAGAGGGCAAGCAAAATAGAGCTGTCTTTGATGCTGTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104374 TCACAGAGACAGAGGGCAAGCAAAATAGAGCTGTCTTTGATGCTGTTATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTTTGCACTGGACATTTCCTGAATCCCCATTTACCTTTGGAAGCCTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104424 GTTTGCACTGGACATTTCCTGAATCCCCATTTACCTTTGGAAGCCTTTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TG         GAATTCATAAGTTTAAAGGTCAGATCCTGCATAGTCAAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104474 TGGTG...CAGGAATTCATAAGTTTAAAGGTCAGATCCTGCATAGTCAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGTACAAGATCCCAGAAGGCTTTCAGGGCAAACGCGTCTTGGTGATTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111854 AGTACAAGATCCCAGAAGGCTTTCAGGGCAAACGCGTCTTGGTGATTGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTTGGGAACACTGGAGGAGACATTGCTGTGGAACTCAGTCGAACGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111904 CTTGGGAACACTGGAGGAGACATTGCTGTGGAACTCAGTCGAACGGCAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TCAG         GTACTTCTCAGTACTAGAACTGGTACCTGGGTTCTTG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111954 TCAGGTA...TAGGTACTTCTCAGTACTAGAACTGGTACCTGGGTTCTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GGCGCTCTTCAGATTGGGGCTATCCTTATAATATGATGGTTACAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112921 GGCGCTCTTCAGATTGGGGCTATCCTTATAATATGATGGTTACAAGAAGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TGCTGTAGTTTTATTGCACAAGTTCTGCCTTCACGTTTTCTAAACTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112971 TGCTGTAGTTTTATTGCACAAGTTCTGCCTTCACGTTTTCTAAACTGGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TCAAGAAAGGAAGTTGAATAAGAGATTTAATCATGAGGATTATGGATTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113021 TCAAGAAAGGAAGTTGAATAAGAGATTTAATCATGAGGATTATGGATTAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GTATTACCAAAGG         GAAAAAAGCAAAATTCATTGTGAATGAT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 113071 GTATTACCAAAGGGTA...AAGGAAAAAAGCAAAATTCATTGTGAATGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GAGCTGCCAAACTGTATCCTCTGTGGGGCAATCACTATGAAAACCAGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114614 GAGCTGCCAAACTGTATCCTCTGTGGGGCAATCACTATGAAAACCAGCGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GATTGAATTTACAGAAACCTCTGCTGTCTTTGAAGATGGGACAGTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114664 GATTGAATTTACAGAAACCTCTGCTGTCTTTGAAGATGGGACAGTGGAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AAAACATTGATGTTGTGATCTTCACTACAGGATATACATTTTCTTTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114714 AAAACATTGATGTTGTGATCTTCACTACAGGATATACATTTTCTTTTCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 TTTTTTGAAGAACCTCTTAAAAGCCTCTGTACAAAGAAGATATTTCTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114764 TTTTTTGAAGAACCTCTTAAAAGCCTCTGTACAAAGAAGATATTTCTATA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CAAGCAAGTCTTTCCCTTAAACCTAGAGAGAGCGACATTAGCCATCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114814 CAAGCAAGTCTTTCCCTTAAACCTAGAGAGAGCGACATTAGCCATCATCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 GCCTTATCGGCCTTAAAGGATCCATCTTATCAGGCACAGAGCTCCAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114864 GCCTTATCGGCCTTAAAGGATCCATCTTATCAGGCACAGAGCTCCAAGCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 CGATGGGTCACAAGAGTATTCAAAG         GACTCTGTAAGATACC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 114914 CGATGGGTCACAAGAGTATTCAAAGGTA...CAGGACTCTGTAAGATACC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 TCCATCCCAAAAATTGATGATGGAGGCTACTGAAAAGGAACAGCTCATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117547 TCCATCCCAAAAATTGATGATGGAGGCTACTGAAAAGGAACAGCTCATTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 AAAG         GGGAGTGTTTAAAGACACCAGCAAAGACAAATTTGAC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117597 AAAGGTA...CAGGGGAGTGTTTAAAGACACCAGCAAAGACAAATTTGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 TACATTGCCTACATGGATGATATCGCTGCCTGCATAGGCACAAAGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121625 TACATTGCCTACATGGATGATATCGCTGCCTGCATAGGCACAAAGCCCAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 CATCCCACTTCTGTTCCTCAAGGATCCCAGACTAGCTTGGGAAGTTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121675 CATCCCACTTCTGTTCCTCAAGGATCCCAGACTAGCTTGGGAAGTTTTCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 TTGGACCATGTACTCCTTATCAGTACCGCCTCATGGGCCCTGGAAAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121725 TTGGACCATGTACTCCTTATCAGTACCGCCTCATGGGCCCTGGAAAATGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 GATGGAGCCAGAAATGCCATCCTGACCCAGTGGGACAGAACATTGAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121775 GATGGAGCCAGAAATGCCATCCTGACCCAGTGGGACAGAACATTGAAACC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 TTTAAAAACTCGAATTGTCCCTGATTCCTCCAAGCCTGCCTCCATGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121825 TTTAAAAACTCGAATTGTCCCTGATTCCTCCAAGCCTGCCTCCATGTCAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 ATTATTTAAAAGCCTGGGGGGCACCTGTCCTACTTGCCTCTCTTCTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121875 ATTATTTAAAAGCCTGGGGGGCACCTGTCCTACTTGCCTCTCTTCTACTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 ATCTGTAAATCTTCACTTTTCTTGAAATTGGTGAGAGATAAACTACAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121925 ATCTGTAAATCTTCACTTTTCTTGAAATTGGTGAGAGATAAACTACAGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .
   1638 CAGAATGTCCCCTTACCTAGTAAGTCTTTGGCGAGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121975 CAGAATGTCCCCTTACCTAGTAAGTCTTTGGCGAGGA