seq1 = pF1KE6434.tfa, 1644 bp
seq2 = pF1KE6434/gi568815592f_43198359.tfa (gi568815592f:43198359_43404722), 206364 bp

>pF1KE6434 1644
>gi568815592f:43198359_43404722 (Chr6)

1-393  (100001-100393)   100% ->
394-503  (101023-101135)   97% ->
504-658  (101269-101423)   100% ->
659-827  (101540-101708)   100% ->
828-951  (102777-102900)   100% ->
952-1061  (103225-103334)   100% ->
1062-1276  (103842-104056)   100% ->
1277-1385  (104297-104405)   100% ->
1386-1592  (105680-105886)   100% ->
1593-1644  (106313-106364)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCTTTGAGGAGCTGCTGGAGCAGGTGGGCGGCTTTGGGCCCTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCTTTGAGGAGCTGCTGGAGCAGGTGGGCGGCTTTGGGCCCTTCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACTGCGGAATGTGGCACTGCTGGCCCTGCCCCGAGTGCTGCTACCACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACTGCGGAATGTGGCACTGCTGGCCCTGCCCCGAGTGCTGCTACCACTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACTTCCTCCTGCCCATCTTCCTGGCTGCCGTGCCTGCCCACCGATGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACTTCCTCCTGCCCATCTTCCTGGCTGCCGTGCCTGCCCACCGATGTGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGCCGGGTGCCCCTGCCAACTTCAGCCATCAGGATGTGTGGCTGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGCCGGGTGCCCCTGCCAACTTCAGCCATCAGGATGTGTGGCTGGAGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCATCTTCCCCGGGAGCCTGATGGCACGCTCAGCTCCTGCCTCCGCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCATCTTCCCCGGGAGCCTGATGGCACGCTCAGCTCCTGCCTCCGCTTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCTATCCCCAGGCTCTCCCCAACACCACGTTGGGGGAAGAAAGGCAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCTATCCCCAGGCTCTCCCCAACACCACGTTGGGGGAAGAAAGGCAGAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CGTGGGGAGCTGGAGGATGAACCTGCCACAGTGCCCTGCTCTCAGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CGTGGGGAGCTGGAGGATGAACCTGCCACAGTGCCCTGCTCTCAGGGCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGAGTACGACCACTCAGAATTCTCCTCTACCATTGCAACTGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100351 GGAGTACGACCACTCAGAATTCTCCTCTACCATTGCAACTGAGGTA...C

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    394   TCC   CAGTGGGATCTGGTGTGTGAGCAGAAAGGTCTGAACAGAGCT
        >>|||---||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101021 TGTCCTTGCAGTGGGATCTGGTGTGTGAGCAGAAAGGTCTGAACAGAGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    439 GCGTCCACTTTCTTCTTCGCCGGTGTGCTGGTGGGGGCTGTGGCCTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101071 GCGTCCACTTTCTTCTTCGCCGGTGTGCTGGTGGGGGCTGTGGCCTTTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    489 ATATCTGTCCGACAG         GTTTGGGCGGCGGCGTCTGCTGCTGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 101121 ATATCTGTCCGACAGGTG...CAGGTTTGGGCGGCGGCGTCTGCTGCTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    530 TAGCCTACGTGAGTACCCTGGTGCTGGGCCTGGCATCTGCAGCCTCCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101295 TAGCCTACGTGAGTACCCTGGTGCTGGGCCTGGCATCTGCAGCCTCCGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    580 AGCTATGTAATGTTTGCCATCACCCGCACCCTTACTGGCTCAGCCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101345 AGCTATGTAATGTTTGCCATCACCCGCACCCTTACTGGCTCAGCCCTGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    630 TGGTTTTACCATCATCGTGATGCCACTGG         AGCTGGAGTGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 101395 TGGTTTTACCATCATCGTGATGCCACTGGGTG...CAGAGCTGGAGTGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    671 TGGATGTGGAGCACCGCACCGTGGCTGGAGTCCTGAGCAGCACCTTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101552 TGGATGTGGAGCACCGCACCGTGGCTGGAGTCCTGAGCAGCACCTTCTGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    721 ACAGGGGGCGTGATGCTGCTGGCACTGGTTGGGTACCTGATACGGGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101602 ACAGGGGGCGTGATGCTGCTGGCACTGGTTGGGTACCTGATACGGGACTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    771 GCGATGGCTTCTGCTAGCTGTCACCCTGCCTTGTGCCCCAGGCATCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101652 GCGATGGCTTCTGCTAGCTGTCACCCTGCCTTGTGCCCCAGGCATCCTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    821 GCCTCTG         GTGGGTGCCTGAGTCTGCACGCTGGCTTCTGACC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101702 GCCTCTGGTG...TAGGTGGGTGCCTGAGTCTGCACGCTGGCTTCTGACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    862 CAAGGCCATGTGAAAGAGGCCCACAGGTACTTGCTCCACTGTGCCAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102811 CAAGGCCATGTGAAAGAGGCCCACAGGTACTTGCTCCACTGTGCCAGGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    912 CAATGGGCGGCCAGTGTGTGAGGACAGCTTCAGCCAGGAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 102861 CAATGGGCGGCCAGTGTGTGAGGACAGCTTCAGCCAGGAGGTG...CAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    953 CTGTGAGCAAAGTGGCCGCCGGGGAACGGGTGGTCCGAAGACCTTCATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103226 CTGTGAGCAAAGTGGCCGCCGGGGAACGGGTGGTCCGAAGACCTTCATAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1003 CTAGACCTGTTCCGCACACCACGGCTCCGACACATCTCACTGTGCTGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103276 CTAGACCTGTTCCGCACACCACGGCTCCGACACATCTCACTGTGCTGCGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1053 GGTGGTGTG         GTTCGGAGTGAACTTCTCCTATTACGGCCTGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 103326 GGTGGTGTGGTG...CAGGTTCGGAGTGAACTTCTCCTATTACGGCCTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1094 GTCTGGATGTGTCGGGGCTGGGGCTGAACGTGTACCAGACACAGCTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103874 GTCTGGATGTGTCGGGGCTGGGGCTGAACGTGTACCAGACACAGCTGTTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1144 TTCGGGGCTGTGGAACTGCCCTCCAAGCTGCTGGTCTACTTGTCGGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103924 TTCGGGGCTGTGGAACTGCCCTCCAAGCTGCTGGTCTACTTGTCGGTGCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1194 CTACGCAGGACGCCGCCTCACGCAAGCCGGGACACTGCTGGGCACGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103974 CTACGCAGGACGCCGCCTCACGCAAGCCGGGACACTGCTGGGCACGGCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1244 TGGCGTTCGGCACTAGACTGCTAGTGTCCTCCG         ATATGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 104024 TGGCGTTCGGCACTAGACTGCTAGTGTCCTCCGGTG...CAGATATGAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1285 TCCTGGAGCACTGTCCTGGCAGTGATGGGGAAAGCTTTTTCTGAAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104305 TCCTGGAGCACTGTCCTGGCAGTGATGGGGAAAGCTTTTTCTGAAGCTGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1335 CTTCACCACTGCCTACCTGTTCACTTCAGAGTTGTACCCTACGGTGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104355 CTTCACCACTGCCTACCTGTTCACTTCAGAGTTGTACCCTACGGTGCTCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1385 G         ACAGACAGGGATGGGGCTGACTGCACTGGTGGGCCGGCTG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104405 GGTG...CAGACAGACAGGGATGGGGCTGACTGCACTGGTGGGCCGGCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1426 GGGGGCTCTTTGGCCCCACTGGCGGCCTTGCTGGATGGAGTGTGGCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105720 GGGGGCTCTTTGGCCCCACTGGCGGCCTTGCTGGATGGAGTGTGGCTGTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1476 ACTGCCCAAGCTTACTTATGGGGGGATCGCCCTGCTGGCTGCCGGCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105770 ACTGCCCAAGCTTACTTATGGGGGGATCGCCCTGCTGGCTGCCGGCACCG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1526 CCCTCCTGCTGCCAGAGACGAGGCAGGCACAGCTGCCAGAGACCATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105820 CCCTCCTGCTGCCAGAGACGAGGCAGGCACAGCTGCCAGAGACCATCCAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1576 GACGTGGAGAGAAAGAG         TGCCCCAACCAGTCTTCAGGAGGA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 105870 GACGTGGAGAGAAAGAGGTG...TAGTGCCCCAACCAGTCTTCAGGAGGA

   1700     .    :    .    :    .
   1617 AGAGATGCCCATGAAGCAGGTCCAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||
 106337 AGAGATGCCCATGAAGCAGGTCCAGAAC