seq1 = pF1KE6431.tfa, 1380 bp
seq2 = pF1KE6431/gi568815593r_150611152.tfa (gi568815593r:150611152_150858993), 247842 bp

>pF1KE6431 1380
>gi568815593r:150611152_150858993 (Chr5)

(complement)

1-135  (100001-100135)   100% ->
136-206  (102507-102577)   100% ->
207-385  (105337-105515)   99% ->
386-429  (116837-116880)   100% ->
430-537  (125519-125626)   100% ->
538-611  (127505-127578)   100% ->
612-724  (127838-127950)   100% ->
725-834  (128254-128363)   100% ->
835-908  (136014-136087)   100% ->
909-963  (139224-139278)   100% ->
964-1071  (140611-140718)   99% ->
1072-1169  (143332-143429)   100% ->
1170-1380  (147632-147842)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGTCCTTGCTGCAGTCGGACCGGGTTCTCTATCTAGTCCAGGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGTCCTTGCTGCAGTCGGACCGGGTTCTCTATCTAGTCCAGGGAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAAGAAGGTTCGGGCCCCGCTCTCGCAACTCTACTTCTGCCGCTATTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAAGAAGGTTCGGGCCCCGCTCTCGCAACTCTACTTCTGCCGCTATTGTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGAACTGCGGTCGCTGGAATGTGTGTCTCACGAG         GTGGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100101 GCGAACTGCGGTCGCTGGAATGTGTGTCTCACGAGGTA...TAGGTGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCCCATTATTGTCCCAGTTGTTTAGAAAATATGCCATCGGCTGAAGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102513 TCCCATTATTGTCCCAGTTGTTTAGAAAATATGCCATCGGCTGAAGCCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACTAAAAAAGAATAG         ATGTGCCAATTGTTTTGACTGTCCTG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 102563 ACTAAAAAAGAATAGGTA...CAGATGTGCCAATTGTTTTGACTGTCCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCTGCATGCACACCCTCTCTACTCGGGCCACGAGCATCTCCACACAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105363 GCTGCATGCACACCCTCTCTACTCGGGCCACGAGCATCTCCACACAGCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACAGATGACCCAGCCAAGACCACCATGAAGAAAGCCTATTACCTGGCATG
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105413 CCAGATGACCCAGCCAAGACCACCATGAAGAAAGCCTATTACCTGGCATG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGGATTTTGTCGCTGGACGTCTAGAGATGTGGGCATGGCAGACAAATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105463 TGGATTTTGTCGCTGGACGTCTAGAGATGTGGGCATGGCAGACAAATCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TAG         CTAGTGGCGGTTGGCAGGAACCTGAAAATCCTCACACA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105513 TAGGTG...TAGCTAGTGGCGGTTGGCAGGAACCTGAAAATCCTCACACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CAACGG         ATGAACAAATTGATTGAATATTACCAGCAGCTTGC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116875 CAACGGGTA...CAGATGAACAAATTGATTGAATATTACCAGCAGCTTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TCAGAAAGAGAAGGTTGAGCGAGATCGCAAGAAACTGGCACGACGTAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125554 TCAGAAAGAGAAGGTTGAGCGAGATCGCAAGAAACTGGCACGACGTAGAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACTATATGCCTCTGGCTTTTTCG         GACAAATATGGTCTTGGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 125604 ACTATATGCCTCTGGCTTTTTCGGTG...TAGGACAAATATGGTCTTGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ACCAGGCTTCAGCGACCACGAGCTGGTGCATCCATCAGTACCCTTGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127523 ACCAGGCTTCAGCGACCACGAGCTGGTGCATCCATCAGTACCCTTGCCGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 ACTTTC         CCTTAAAGAAGGAGAGGATCAGAAAGAGATAAAGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127573 ACTTTCGTA...CAGCCTTAAAGAAGGAGAGGATCAGAAAGAGATAAAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TTGAGCCAGCTCAGGCTGTGGATGAAGTGGAACCTCTACCTGAAGACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127873 TTGAGCCAGCTCAGGCTGTGGATGAAGTGGAACCTCTACCTGAAGACTAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TATACAAGACCAGTAAATTTAACAGAGG         TAACAACCCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 127923 TATACAAGACCAGTAAATTTAACAGAGGGTA...TAGTAACAACCCTTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GCAGCGTCTGTTACAGCCTGACTTCCAGCCAGTCTGTGCTTCACAGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128267 GCAGCGTCTGTTACAGCCTGACTTCCAGCCAGTCTGTGCTTCACAGCTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ATCCTCGCCACAAACATCTTCTGATCAAACGGTCCCTGCGCTGCCGT   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 128317 ATCCTCGCCACAAACATCTTCTGATCAAACGGTCCCTGCGCTGCCGTGTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    835       AAATGTGAACATAATTTGAGCAAGCCAGAATTTAACCCAACGTC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128367 ...TAGAAATGTGAACATAATTTGAGCAAGCCAGAATTTAACCCAACGTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 AATCAAATTCAAAATCCAGCTGGTCGCTGT         CAATTATATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 136058 AATCAAATTCAAAATCCAGCTGGTCGCTGTGTA...CAGCAATTATATTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CAGAAGTGAGAATCATGTCAATTCCCAACCTTCGCTACATGAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 139235 CAGAAGTGAGAATCATGTCAATTCCCAACCTTCGCTACATGAAGGTT...

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    964    GAGAGCCAGGTCCTCCTGACTCTTACAAATCCAGTTGAGAACCTCAC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140608 CAGGAGAGCCAGGTCCTCCTGACTCTTACAAATCCAGTTGAGAACCTCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CCATGTGACTCTATTCGAGTGTGAGGAGGGGGACCCTGATGATATCAACA
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140658 CCATGTGACTCTCTTCGAGTGTGAGGAGGGGGACCCTGATGATATCAACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 GCACTGCTAAG         GTGGTGGTGCCTCCCAAAGAGCTCGTTTTA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 140708 GCACTGCTAAGGTA...CAGGTGGTGGTGCCTCCCAAAGAGCTCGTTTTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 GCTGGCAAGGATGCAGCAGCAGAGTACGATGAGTTGGCAGAACCTCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143362 GCTGGCAAGGATGCAGCAGCAGAGTACGATGAGTTGGCAGAACCTCAAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 CTTTCAGGACGATCCTGA         CATTATAGCCTTCAGAAAGGCCA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 143412 CTTTCAGGACGATCCTGAGTG...TAGCATTATAGCCTTCAGAAAGGCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 ACAAAGTGGGTATTTTCATCAAAGTTACACCACAGCGTGAGGAGGGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147655 ACAAAGTGGGTATTTTCATCAAAGTTACACCACAGCGTGAGGAGGGTGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 GTGACCGTGTGCTTCAAGATGAAGCATGATTTTAAAAACCTGGCAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147705 GTGACCGTGTGCTTCAAGATGAAGCATGATTTTAAAAACCTGGCAGCCCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 CATTCGCCCCATTGAAGAAAGTGACCAGGGAACAGAAGTCATCTGGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147755 CATTCGCCCCATTGAAGAAAGTGACCAGGGAACAGAAGTCATCTGGCTCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .
   1343 CCCAGCATGTGGAACTTAGCTTGGGCCCACTTCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147805 CCCAGCATGTGGAACTTAGCTTGGGCCCACTTCTTCCT